Il 4 marzo 1729, Thomas Woolston comparve a Guildhall dinanzi alla Corte del Banco del Re. Già membro del Sidney College di Cambridge, doveva rispondere di quattro distinte incriminazioni, ciascuna relativa a un volume dedicato ai miracoli di Gesù. L'accusa non gli rimproverava semplicemente di aver scritto di religione: sosteneva che le sue letture letterali riducessero le narrazioni evangeliche a favole assurde e che i suoi sarcasmi trasformassero Cristo in un prestigiatore o in un impostore. Woolston, dal canto suo, asseriva di voler difendere il Vangelo leggendolo in chiave allegorica.
Il primo processo si aprì con le argomentazioni degli avvocati della Corona: Woolston era stato un tempo un ecclesiastico dotto, ma i suoi libri presentavano i miracoli come romanzi d'invenzione e contraddizioni, anziché considerarli prove della divinità. Gli contestavano, in particolare, di aver alterato una citazione di sant'Agostino sulla trasfigurazione. La difesa non negò che Woolston avesse dato alle stampe l'opera. Contestò invece l'intenzione criminosa: il testo dichiarava di voler onorare Gesù e spiegava come numerosi passi dovessero intendersi quali figure o profezie, non già nel loro senso letterale. Venivano invocati, tra gli altri, Origene, Ilario, Ambrogio, Girolamo, Agostino, Teofilatto ed Erasmo. Il procuratore ribatté che il richiamo a tali autorità non sanava la traduzione di Agostino, a suo giudizio capziosa. Paragonò la linea difensiva al caso dell'autore di un libello sedizioso che aggiungesse «Dio salvi il re» all'ultima pagina: una professione di devozione, affermò, non mutava la sostanza dei fogli precedenti.
I magistrati fecero quindi dare lettura del passo relativo a Gesù che scaccia compratori e venditori dal Tempio. Woolston giudicava arduo credere che un sol uomo, pur armato di sferza, avesse potuto disperdere una folla in cui non figurava alcuno dei suoi discepoli. Ammetteva che si potesse supporre un timore ispirato dalla divina potenza, ma si chiedeva per quale ragione Gesù si scagliasse contro un luogo che sapeva destinato alla rovina. Il procuratore presentò tali interrogativi come uno scherno all'autorità di Cristo; la difesa ribatté che essi miravano unicamente a dimostrare che la pagina evangelica non andava intesa alla lettera.
Il libro passava poi ai demoni scacciati dagli ossessi e penetrati nella mandria di porci, alla trasfigurazione, e infine alla mutazione dell'acqua in vino. Sull'episodio dei porci, Woolston domandava perché gli indemoniati vivessero presso i sepolcri e se gli abitanti della contrada avessero realmente custodito bestie che gli ebrei non consumavano. Sosteneva che siffatti dettagli gettassero il dubbio sulla lettura letterale. Quanto alla trasfigurazione, da lui definita oscura, chiedeva come gli apostoli avessero potuto udire una voce calata dal cielo, evocando gli artifici dei saltimbanchi. Gli avvocati del re scorgevano in ciò un modo per gettare il Vangelo nel ridicolo; la difesa richiamava i Padri della Chiesa e la loro esegesi allegorica.
Thomas Tuskin testimoniò di aver acquistato il primo volume direttamente da Woolston, nella sua dimora di Old Jewry, per uno scellino. La difesa ammise la pubblicazione; la controversia verteva sul senso e sul tono. Al termine della prima udienza, la giuria lo dichiarò colpevole di aver redatto, stampato e pubblicato il libro. I giurati, nuovamente chiamati al giuramento, avrebbero ascoltato altri estratti, ritrovando nondimeno la medesima questione: dove si arrestava l'interpretazione allegorica e dove cominciava l'oltraggio?
Nel secondo discorso, Woolston tornava sulle guarigioni, rimproverando anzitutto agli evangelisti di non aver precisato la natura del male della donna che perdeva sangue da dodici anni; costei, scriveva, poteva aver patito un semplice flusso benigno. Poiché ella riusciva ad aprirsi un varco tra la calca, insinuava che non fosse poi così inferma, suggerendo quindi che l'arresto del sangue avrebbe potuto affrettarne la fine. Dileggiava inoltre quella virtù che, a suo dire, abbandonava Gesù con troppa facilità. La donna ricurva da diciotto anni diveniva sotto la sua penna una malata d'immaginazione; a proposito della Samaritana, ironizzava sull'attesa di un indovino, chiedendosi perché mai quegli uomini avessero percorso tanta strada per consultare Gesù, così ridotto alla stregua di un ciarlatano. Tali esempi concreti alimentarono il secondo procedimento, in cui la difesa invocava l'allegoria mentre l'accusa ravvisava il disprezzo del sacro. I giurati lo dichiararono colpevole anche per questa seconda opera. Woolston estendeva la propria critica a ogni prodigio di guarigione: non specificando il grado di infermità, i racconti potevano, a suo avviso, ascriversi alla natura o alla perizia d'un cerusico. Il risanamento di membra recise avrebbe costituito un segno ben più difficile da sminuire.
Nel terzo volume, Woolston rivolse l'attenzione al fico maledetto e al paralitico di Betzaeta. Paragonò la reazione di Gesù alla stizza di un uomo la cui mensa non sia pronta: un uomo che rovesci sedie e sgabelli perché il desinare tarda. Chiese inoltre dove si trovasse Giuda, cui spettava la custodia della borsa e dei viveri. A Betzaeta, presso la piscina dove sostavano gli infermi, insinuò che l'uomo allettato da trentotto anni soffrisse soprattutto d'ignavia e che l'angelo scendesse, forse, soltanto per mondarsi. Tali immagini, rilette in aula, suscitarono l'indignazione dei patrocinatori del re. Essi sostennero che l'autore non offrisse affatto una diversa esegesi, bensì svilisse la misericordia e l'autorità dei miracoli. La giuria pronunciò un terzo verdetto di colpevolezza.
Il quarto capo d'imputazione investiva la guarigione del cieco nato e le nozze di Cana. Woolston paragonò il miracolo del cieco all'applicazione di un medicamento, accostando Gesù a un medico empirico che ha fortuna senza conoscere l'anatomia. Citò Sir William Read, operatore privo di studi accademici, il quale affermava d'aver risanato migliaia di occhi malati; domandò se ne avesse guariti più Read o Gesù. Sul mutamento dell'acqua in vino, ironizzò sul fatto che i convitati avessero già bevuto a sazietà. I giurati prestarono giuramento per la quarta volta; lo dichiararono colpevole di aver pubblicato anche quest'ultimo tomo.
Il tribunale condannò Woolston a pagare un'ammenda di cento sterline, a scontare un anno di carcere e a garantire la propria buona condotta per il resto dei suoi giorni. Doveva impegnarsi personalmente per la somma di duemila sterline, con due mallevadori da mille sterline ciascuno o quattro da cinquecento. L'atto della pubblicazione, che la difesa non aveva contestato, finiva così per ritorcersi contro di lui a ogni singola lettura. Lo scellino versato da Tuskin aveva provato la vendita del primo volume; i passi letti ad alta voce ne avevano decretato la natura blasfema. Woolston aveva inteso imporre una diversa maniera di leggere i miracoli.