Quando le porte della chiesa di Mauchline furono presidiate dai soldati, George Wishart impedì ai suoi seguaci di forzarle. Ricordò loro che la sua predicazione era parola di pace e che nessuno doveva versare sangue per la sua causa. Uscì quindi nella brughiera, dove una folla lo attendeva, e parlò per oltre tre ore. Quel giorno, gli uomini di Chiesa avevano sprangato un edificio; non avevano fatto tacere il predicatore. Questa scena, tramandata dalla cronaca che Borrow riprese nell'Ottocento, prefigurava il destino imminente: lo avrebbero processato per eresia, ma egli si sarebbe ostinato a rispondere unicamente con le Scritture.
Al ritorno dall’Inghilterra, Wishart insegnava nelle città di Dundee e Montrose. Il cardinale David Beaton, arcivescovo di St Andrews, guardava con crescente irritazione quell'uditorio che s'ingrossava. Fece proibire agli abitanti di Dundee di accoglierlo. Un notabile, Robert Mill, notificò l’ingiunzione al predicatore al termine di un sermone. Wishart sostò un istante, poi replicò che aveva operato per il conforto della cittadinanza e che il rifiuto della parola non li avrebbe preservati dalle sventure. Se ne andò senza che Mill o i fedeli tentassero di trattenerlo.
Rimase in quelle contrade per un mese, finché non giunse notizia che la peste infuriava a Dundee. Vi fece ritorno all'istante. Presso la porta orientale, predicò agli abitanti separati dai battenti: gli appestati all'esterno, i sani all'interno. Si trattenne in città per tutta la durata dell’epidemia e, secondo la cronaca, vegliò affinché i poveri non fossero privi di sostentamento mentre le famiglie abbienti provvedevano ai propri congiunti.
Un giorno, un sacerdote di nome John Weighton fu disarmato e arrestato, sospettato di voler assassinare Wishart. La voce si diffuse tra gli appestati confinati fuori dalle mura. Questi si precipitarono in città esigendo la consegna del prete. Wishart lo strinse a sé e supplicò la folla di placarsi: quell'uomo, disse, si era limitato a mostrare il pericolo che incombeva su di loro. Colui che era stato designato come vittima impedì così il linciaggio del proprio aggressore. Il sacerdote ebbe salva la vita.
Più tardi, mentre si accingeva a recarsi da un malato nella contea di Fife, una lettera lo invitò a raggiungere con urgenza un certo lord Kenneir. Wishart si arrestò poco dopo aver lasciato Montrose. Avvertiva che il tragitto nascondeva un agguato. Mandò dei cavalieri in ricognizione lungo la strada; questi scovarono una sessantina di uomini appostati per intercettarlo. La missiva era un falso. Wishart rientrò in città, per poi ripartire qualche giorno dopo alla volta di Edimburgo, a dispetto degli avvertimenti di quanti temevano per i suoi giorni.
Sulla via di Edimburgo, trascorse una notte a Innergowrie. La cronaca riferisce che William Spalding e John Watson, che dividevano la camera con lui, lo videro uscire dopo la mezzanotte. Nel giardino cadde in ginocchio, rimanendo a lungo prostrato. Al mattino, i compagni lo incalzarono chiedendo spiegazioni. Egli annunciò loro che i suoi viaggi volgevano al termine e domandò di pregare affinché non vacillasse nella prova. Il racconto attribuisce così al futuro martire la prescienza della propria fine; non permette tuttavia di appurare cosa egli presagisse realmente.
Seguirono altri sermoni, a Leith e poi a Haddington. Fu dopo questo soggiorno che si incamminò a piedi verso Ormiston, a causa del gelo. John Knox intendeva accompagnarlo. Wishart lo congedò: stando alle parole serbate dalla cronaca, bastava una sola vittima. Raggiunse la dimora del laird di Ormiston senza Knox.
I cavalieri circondarono la casa nel cuore della notte. Il conte di Bothwell, sceriffo della contea, era giunto per trarlo in arresto a nome del reggente. Il laird di Ormiston rifiutò dapprima di consegnare l'ospite, ma Bothwell promise solennemente di garantire l'incolumità della sua persona e di custodirlo fino a quando non avesse potuto liberarlo o ricondurlo incolume. Wishart acconsentì a uscire. Domandò soltanto che il procedimento rimanesse pubblico, paventando assai meno una morte legale che un omicidio consumato nell'ombra. La garanzia ebbe vita breve. Dopo averlo condotto a Edimburgo e poi nel proprio castello, Bothwell lo consegnò infine al cardinale, che lo fece trasferire a St Andrews.
Beaton aveva convocato i prelati e intendeva istruire il processo senza indugio. Il reggente esitava ad autorizzare l’esecuzione prima di aver vagliato gli atti. Un consigliere gli ricordò che la sua autorità non doveva farsi strumento contro un prigioniero. Quando Arran ingiunse di rinviare il giudizio, il cardinale ribatté che la Chiesa avrebbe agito senza attendere il potere secolare. Fece quindi notificare a Wishart, già rinchiuso sotto stretta sorveglianza, una citazione a comparire per l'indomani, con l'accusa di dottrine sediziose ed eretiche. Il prigioniero rilevò l’assurdità di essere formalmente intimato a comparire quando già si trovava nelle mani dei suoi giudici.
Nell'abbazia, dinanzi ai vescovi e al ceto clericale, Wishart fu posto di fronte a John Lauder, il suo accusatore, che ostentava una lunga lista di capi d'imputazione. Il sottopriore John Winram aprì l’udienza con un sermone sull’eresia, definendola come una falsa opinione difesa con pertinacia, e rammentò che i sacerdoti dovevano padroneggiare la parola per ricondurre all'ovile i fedeli smarriti. L'imputato ascoltò senza interrompere. Venuto il suo turno, si inginocchiò per pregare, poi domandò di poter esporre quanto aveva predicato dal suo rientro in Scozia. I prelati pretesero risposte perentorie, un sì o un no, vietandogli quell'arringa che, a loro giudizio, rischiava di sedurre gli astanti.
Le accuse intrecciavano controversie dottrinali e contese di potere. Gli si contestava di aver continuato a predicare a dispetto del divieto, di aver denigrato i sacramenti, il culto dei santi, il purgatorio, le immagini sacre, la confessione e i voti religiosi, nonché di aver sfidato il reggente. Su ciascun punto, Wishart chiariva la distanza tra quanto aveva realmente affermato e la versione opposta dai procuratori. Riguardo ai sacramenti, replicò che nulla avrebbe sostenuto oltre ciò che le Scritture insegnavano. Quando fu accusato di aver sminuito l’eucaristia, ricordò di essersi limitato a riferire le obiezioni mosse da un viaggiatore ebreo, senza farle proprie. I vescovi gli rimproverarono di voler catturare la benevolenza del pubblico prolungando le risposte.
Wishart invocò un giudice imparziale. Lauder replicò che Beaton, assommando i titoli di arcivescovo, cancelliere e legato papale, era più che competente. Wishart non pronunciò una condanna personale contro il cardinale; chiese che la parola di Dio fosse il suo metro di giudizio e che il reggente, che lo aveva ricevuto prigioniero, potesse essere ascoltato. Tra gli spettatori si levò la voce che giudice e accusato si somigliavano. L’assemblea permise infine la lettura dei capi uno a uno. Ma ogni volta che Wishart esigeva il passo biblico atto a corroborare l'accusa, il procuratore passava sbrigativamente all'articolo successivo.
Dopo molte ore di dibattimento, il tribunale lo dichiarò eretico e lo condannò al rogo. Trascorse la notte in orazione nell'alloggio del capitano. L’indomani mattina gli fu negata la comunione, con la motivazione che un eretico condannato non poteva accedere a quel conforto. Chiese un colloquio con il sottopriore, il prelato che aveva predicato il giorno innanzi. Questi venne e lo udì proclamare la propria innocenza. Il capitano del castello lo invitò poi a dividere il pasto. Wishart lo pregò di attendere mentre benediceva il pane e la coppa; rievocò la passione di Cristo ed esortò i presenti a serbare la carità reciproca.
All'esterno si erigeva il patibolo e venivano puntati i cannoni della fortezza per scongiurare colpi di mano. I prelati avevano fatto stendere tappeti e disporre cuscini per assistere al supplizio da una finestra. Con le mani legate, Wishart passò dinanzi ai poveri che imploravano l'elemosina. Rispose loro che non poteva più fare uso delle proprie mani, ma pregò Dio di accordare loro il necessario. Sul palco, esortò la folla a non rinnegare la dottrina per il solo fatto di vederlo patire. I carnefici gli avevano assicurato sacchetti di polvere da sparo alle vesti. Il fuoco li fece deflagrare martoriandone il corpo; rimase in vita abbastanza per pronunciare ancora qualche parola, finché il boia non strinse il laccio, spegnendone la voce.
Wishart fu giustiziato a St Andrews nel marzo del 1546. Il 29 maggio successivo, manipoli armati fecero irruzione nel castello e trucidarono Beaton. Wishart non era più lì per frenare una vendetta, come aveva fatto impedendo l’uccisione del sacerdote a Dundee. La sua memoria fu prontamente fatta propria dai riformatori, e la profezia che Borrow gli pone in bocca ai piedi del rogo conferì all’assassinio del cardinale il crisma di un adempimento provvidenziale. Nell'episodio di Dundee, la cronaca lo aveva mostrato mentre stringeva al petto il prete armato che la folla voleva sbranare. Prima di trasformarsi in un nome brandito per vendicare un martirio, appare intento a salvare la vita di un altro.