Quand les portes de l’église de Macklin furent gardées par des soldats, George Wishart refusa que ses amis les forcent. Il leur rappela que ce qu’il prêchait était une parole de paix et que personne ne devait verser de sang pour lui. Puis il sortit dans la lande, où une foule l’attendait, et prêcha plus de trois heures. Ce jour-là, les hommes d’Église avaient fermé un bâtiment; ils n’avaient pas fait taire le prédicateur. Cette scène, racontée par la chronique que Borrow reprit au XIXe siècle, annonçait ce qui l’attendait : on le jugerait pour hérésie, mais il s’obstinerait à répondre par les Écritures.
Au retour d’Angleterre, Wishart enseignait dans les villes de Dundee et de Montrose. Le cardinal David Beaton, archevêque de Saint-André, était irrité de voir grossir son auditoire. Il fit interdire aux habitants de Dundee de le recevoir. Un notable, Robert Mill, transmit l’ordre au prédicateur après un sermon. Wishart marqua une pause, puis lui répondit qu’il avait travaillé pour le réconfort des habitants, et que le rejet de la parole ne les protégerait pas des épreuves. Il partit sans que Mill ni les fidèles le retiennent.
Il resta dans ces contrées un mois, puis apprit que la peste ravageait Dundee. Il revint aussitôt. À la porte est, il prêcha aux habitants séparés par les portes : les malades se tenaient dehors, les autres à l’intérieur. Il demeura dans la ville durant l’épidémie et, selon la chronique, veilla à ce que les pauvres ne manquent pas de vivres tandis que les familles aisées s’occupaient des leurs.
Un jour, un prêtre nommé John Weighton fut arrêté avec une arme à la main, soupçonné d’avoir voulu tuer Wishart. La nouvelle courut parmi les malades enfermés à l’extérieur des murs. Ils se précipitèrent dans la ville et réclamèrent le prêtre. Wishart le prit dans ses bras et demanda à la foule de se calmer : l’homme, dit-il, leur avait seulement montré le danger qui les menaçait. Celui qu’on avait voulu assassiner empêcha donc la foule de tuer son agresseur. Le prêtre fut épargné.
Plus tard, alors qu’il s’apprêtait à rejoindre un malade dans le comté de Fife, une lettre l’invita à se rendre rapidement auprès d’un certain lord Kenneir. Wishart s’arrêta peu après avoir quitté Montrose. Il sentait que le trajet était un piège. Il envoya des cavaliers reconnaître la route; ceux-ci découvrirent une soixantaine d’hommes cachés pour l’intercepter. La lettre était fausse. Wishart revint en ville, puis repartit quelques jours plus tard vers Édimbourg, malgré les conseils de ceux qui craignaient pour sa vie.
Sur la route d’Édimbourg, il passa une nuit à Inner Gowry. La chronique rapporte que William Spalding et John Watson, qui partageaient sa chambre, le virent sortir après minuit. Dans le jardin, il se mit à genoux, puis resta longuement prosterné. Au matin, ses compagnons le pressèrent de s’expliquer. Il leur annonça que ses voyages touchaient à leur fin et leur demanda de prier pour qu’il ne faiblisse pas dans l’épreuve. Le récit prête ainsi au futur martyr la prescience de sa mort; il ne permet pas de vérifier ce qu’il pressentait réellement.
D’autres sermons suivirent, à Leith puis à Haddington. C’est après ce dernier séjour qu’il prit à pied la route d’Ormiston, à cause du gel. John Knox voulait l’accompagner. Wishart le renvoya : selon la parole conservée par la chronique, une seule victime suffisait. Il gagna la maison du laird d’Ormiston sans Knox.
Les cavaliers encerclèrent la maison au milieu de la nuit. Le comte de Bothwell, shérif du comté, était venu le prendre au nom du régent. Le laird d’Ormiston refusa d’abord de livrer son hôte, mais Bothwell promit de protéger sa personne et de le garder sous sa garde jusqu’à ce qu’il puisse le libérer ou le ramener. Wishart accepta de sortir. Il demanda seulement que la procédure reste publique, car il craignait moins une mort légale qu’un meurtre dissimulé. L’assurance ne dura pas. Après l’avoir emmené à Édimbourg puis dans son château, Bothwell le remit finalement au cardinal, qui le fit transporter à Saint-André.
Beaton avait réuni les prélats et voulait que le procès avance sans délai. Le régent hésita à autoriser l’exécution avant d’avoir examiné l’affaire. Un conseiller lui rappela que son pouvoir ne devait pas devenir une arme contre un prisonnier. Quand Arran demanda que le procès soit retardé, le cardinal répondit que l’Église pourrait agir sans dépendre de lui. Il fit donc délivrer à Wishart, déjà détenu sous bonne garde, une citation à comparaître le lendemain pour des doctrines déclarées séditieuses et hérétiques. Le prisonnier observa l’absurdité d’être sommé d’obéir à une procédure alors qu’il était déjà dans les mains de ses juges.
Dans l’abbaye, devant les évêques et les représentants du clergé, Wishart fut installé face à John Lauder, son accusateur, qui tenait une longue liste d’articles. Le sous-prieur John Winram ouvrit l’audience par un sermon sur l’hérésie. Il définit celle-ci comme une opinion fausse soutenue avec obstination; il rappela que les prêtres devaient connaître la parole afin de ramener les fidèles égarés. Le prisonnier écouta sans l’interrompre. Lorsque vint son tour, il s’agenouilla pour prier, puis demanda qu’on le laisse exposer ce qu’il avait prêché depuis son retour en Écosse. Les prélats exigèrent des réponses brèves, oui ou non, et lui interdirent le discours qui, selon eux, risquait de gagner les auditeurs.
Les accusations mêlaient les désaccords de doctrine aux querelles de pouvoir. On lui reprochait d’avoir continué à prêcher malgré une interdiction, d’avoir critiqué les sacrements, le culte des saints, le purgatoire, les images, la confession et les vœux religieux, et d’avoir défié le régent. À chaque proposition, il expliquait la différence entre ce qu’il avait réellement dit et la version que les procureurs lui opposaient. À propos des sacrements, il répondit qu’il n’affirmerait rien au-delà de ce que les Écritures lui enseignaient. Quand on l’accusa d’avoir déprécié l’eucharistie, il rappela qu’il n’avait fait que rapporter les objections d’un voyageur juif, sans les soutenir. Les évêques lui reprochèrent de chercher à séduire l’auditoire en développant ses réponses.
Wishart demanda un juge impartial. Lauder répondit que Beaton, avec ses titres d’archevêque, de chancelier et de légat, était plus que compétent. Wishart ne condamna pas personnellement le cardinal; il demanda que la parole de Dieu soit son juge, et que le régent, qui l’avait reçu prisonnier, puisse être entendu. Des spectateurs lancèrent alors que le juge et l’accusé se ressemblaient. L’assemblée permit enfin que les articles soient lus un à un. Mais, lorsque Wishart réclamait le passage biblique qui prouverait une accusation, son procureur passait souvent au chef suivant.
Après plusieurs heures, le tribunal le déclara hérétique et le condamna au bûcher. Il passa la nuit en prière dans le logement du capitaine. Le lendemain matin, on lui refusa la communion, au motif qu’un hérétique condamné ne pouvait recevoir ce secours. Il demanda à parler au sous-prieur, celui qui avait prêché la veille. Celui-ci vint et l’entendit proclamer son innocence. Puis le capitaine du château l’invita à déjeuner. Wishart lui demanda d’attendre pendant qu’il bénissait le pain et la coupe; il évoqua la mort du Christ et exhorta les gens présents à s’aimer les uns les autres.
À l’extérieur, on dressait le gibet et installait les canons du château pour empêcher une tentative de libération. Les prélats avaient fait tendre des tapis et disposer des coussins pour regarder depuis une fenêtre. Les mains liées, Wishart passa devant des pauvres qui lui demandaient l’aumône. Il leur répondit qu’il ne pouvait plus se servir de ses mains, mais pria Dieu de leur donner ce dont ils avaient besoin. Sur l’échafaud, il exhorta la foule à ne pas rejeter sa doctrine parce qu’elle le voyait souffrir. Les bourreaux avaient attaché des sacs de poudre à ses vêtements. Le feu les fit exploser et brûla son corps; il resta vivant assez longtemps pour parler encore, puis le bourreau serra la corde et sa voix cessa.
Wishart fut exécuté à Saint-André en mars 1546. Le 29 mai suivant, des hommes armés attaquèrent Beaton dans le château et le tuèrent. Wishart n’était plus là pour empêcher une vengeance comme il avait empêché le meurtre du prêtre à Dundee. Son souvenir fut ensuite repris par les réformateurs, et la prédiction que Borrow met dans sa bouche au pied du bûcher donna à l’assassinat du cardinal l’allure d’un accomplissement. Dans la scène de Dundee, la chronique l’avait montré tenant contre lui le prêtre armé qu’une foule voulait lui arracher. Avant de devenir un nom invoqué pour venger une mort, il y apparaît occupé à empêcher celle d’un autre.