Cuando las puertas de la iglesia de Mauchline fueron custodiadas por soldados, George Wishart se negó a que sus amigos las forzaran. Les recordó que lo que predicaba era una palabra de paz y que nadie debía derramar sangre por él. Luego se dirigió al páramo, donde una multitud lo esperaba, y predicó durante más de tres horas. Aquel día, los hombres de la Iglesia habían cerrado un edificio; no habían hecho callar al predicador. Esta escena, narrada por la crónica que Borrow retomó en el siglo XIX, presagiaba lo que le aguardaba: sería juzgado por herejía, pero se obstinaría en responder mediante las Escrituras.
A su regreso de Inglaterra, Wishart enseñaba en las ciudades de Dundee y Montrose. El cardenal David Beaton, arzobispo de Saint Andrews, se irritaba al ver aumentar su auditorio. Prohibió a los habitantes de Dundee recibirlo. Un notable, Robert Mill, transmitió la orden al predicador tras un sermón. Wishart hizo una pausa y luego le respondió que había trabajado para el consuelo de los habitantes, y que el rechazo de la palabra no los protegería de las tribulaciones. Se marchó sin que Mill ni los fieles lo retuvieran.
Permaneció en aquellas tierras un mes, hasta que supo que la peste asolaba Dundee. Regresó de inmediato. En la puerta oriental, predicó a los habitantes separados por los batientes: los enfermos se apostaban fuera, los demás en el interior. Se quedó en la ciudad durante la epidemia y, según la crónica, veló para que a los pobres no les faltaran víveres mientras las familias acomodadas cuidaban de los suyos.
Un día, un sacerdote llamado John Weighton fue detenido con un arma en la mano, sospechoso de haber intentado matar a Wishart. La noticia corrió entre los enfermos confinados extramuros. Se precipitaron al interior de la ciudad y exigieron al sacerdote. Wishart lo tomó en sus brazos y pidió a la multitud que se calmara: el hombre, dijo, solo les había mostrado el peligro que los amenazaba. Aquel a quien se había querido asesinar impidió así que la multitud matara a su agresor. La vida del sacerdote fue perdonada.
Más tarde, cuando se disponía a asistir a un enfermo en el condado de Fife, una carta lo instó a acudir con presteza junto a un tal lord Kenneir. Wishart se detuvo poco después de salir de Montrose. Percibió que el viaje era una trampa. Envió jinetes a reconocer el camino; estos descubrieron a unos sesenta hombres ocultos para interceptarlo. La carta era falsa. Wishart regresó a la ciudad y partió días después hacia Edimburgo, a pesar de las advertencias de quienes temían por su vida.
De camino a Edimburgo, pasó una noche en Inner Gowrie. La crónica refiere que William Spalding y John Watson, que compartían su alcoba, lo vieron salir pasada la medianoche. En el jardín, cayó de rodillas y permaneció largo tiempo postrado. Por la mañana, sus compañeros le instaron a dar explicaciones. Les anunció que sus viajes llegaban a su término y les pidió que rezaran para que no flaqueara en la prueba. El relato atribuye así al futuro mártir la presciencia de su muerte; no permite verificar lo que en verdad presentía.
Siguieron otros sermones, en Leith y luego en Haddington. Fue tras esta última estancia cuando emprendió a pie la ruta hacia Ormiston, a causa de las heladas. John Knox quiso acompañarlo. Wishart lo despidió: según las palabras preservadas por la crónica, una sola víctima bastaba. Llegó a la mansión del señor de Ormiston sin Knox.
Los jinetes cercaron la casa en mitad de la noche. El conde de Bothwell, sheriff del condado, había acudido a prenderlo en nombre del regente. El señor de Ormiston se negó al principio a entregar a su huésped, pero Bothwell juró salvaguardar su persona y mantenerlo bajo su custodia hasta que pudiera liberarlo o devolverlo. Wishart aceptó entregarse. Solo exigió que el procedimiento fuera público, pues temía menos una muerte con arreglo a la ley que un asesinato clandestino. La garantía no duró. Tras conducirlo a Edimburgo y después a su castillo, Bothwell lo entregó finalmente al cardenal, quien lo hizo trasladar a Saint Andrews.
Beaton había congregado a los prelados y deseaba que el proceso avanzara sin dilación. El regente vaciló en autorizar la ejecución antes de examinar el caso. Un consejero le recordó que su autoridad no debía trocarse en arma contra un reo. Cuando Arran pidió que se pospusiera el juicio, el cardenal replicó que la Iglesia sabría actuar con independencia de su arbitrio. Hizo entregar a Wishart, ya custodiado bajo estrecha guardia, una citación a comparecer al día siguiente por doctrinas declaradas sediciosas y heréticas. El prisionero señaló la absurdidad de ser intimado a someterse a un procedimiento hallándose ya en manos de sus jueces.
En la abadía, ante los obispos y dignatarios del clero, Wishart fue ubicado frente a John Lauder, su acusador, que blandía una extensa lista de artículos. El subprior John Winram abrió la sesión con un sermón sobre la herejía. La definió como una opinión falsa sostenida con pertinacia; recordó que los sacerdotes debían conocer la palabra para reconducir a los fieles descarriados. El reo escuchó sin interrumpir. Cuando llegó su turno, se arrodilló a rezar y luego solicitó que se le permitiera exponer lo que había predicado desde su regreso a Escocia. Los prelados le exigieron respuestas escuetas, sí o no, prohibiéndole un discurso que, a su juicio, corría el riesgo de seducir a los asistentes.
Las acusaciones entrelazaban discrepancias doctrinales con pugnas de poder. Se le imputaba haber continuado predicando pese a una prohibición formal, haber criticado los sacramentos, el culto a los santos, el purgatorio, las imágenes, la confesión y los votos religiosos, y haber desafiado al regente. A cada cargo, explicaba la diferencia entre lo que había expresado en verdad y la versión que los acusadores le oponían. Respecto a los sacramentos, contestó que no afirmaría nada más allá de lo que le enseñaban las Escrituras. Al ser increpado por depreciar la eucaristía, recordó que se había limitado a referir los reparos de un viajero judío, sin compartirlos. Los obispos le reprocharon que intentara embaucar al auditorio mediante prolijos alegatos.
Wishart recusó el tribunal y solicitó un juez imparcial. Lauder replicó que Beaton, investido con los títulos de arzobispo, canciller y legado, poseía sobrada competencia. Wishart no condenó en lo personal al cardenal; pidió que la palabra de Dios fuera su juez y que el regente, bajo cuya autoridad había sido capturado, pudiera ser oído. Algunos espectadores comentaron entonces en voz alta que el juez y el acusado mostraban semejante soberbia. La asamblea permitió por fin que los artículos fueran leídos uno a uno. Sin embargo, cada vez que Wishart requería el pasaje bíblico que sustentara una imputación, su acusador pasaba de largo al cargo siguiente.
Tras varias horas, el tribunal lo declaró hereje y lo condenó a la hoguera. Pasó la noche en oración en la cámara del capitán. A la mañana siguiente, se le denegó la comunión, con el argumento de que un hereje condenado no podía recibir tales auxilios espirituales. Solicitó conferenciar con el subprior, el mismo que había predicado el día anterior. Este acudió y lo escuchó proclamar su inocencia. Luego, el capitán del castillo lo invitó a almorzar. Wishart le pidió aguardar mientras bendecía el pan y la copa; evocó la muerte de Cristo y exhortó a los presentes a amarse los unos a los otros.
En el exterior, se erigía el cadalso y se disponían las piezas de artillería del castillo para conjurar todo intento de rescate. Los prelados habían ordenado tender tapices y acomodar cojines para presenciar el suplicio desde una ventana. Con las manos atadas, Wishart pasó ante unos mendigos que le pedían limosna. Les contestó que ya no disponía del uso de sus manos, pero rogó a Dios que les concediera cuanto necesitasen. En el cadalso, exhortó al pueblo a no renegar de su doctrina al verlo padecer tales tormentos. Los verdugos habían adosado saquillos de pólvora a sus vestiduras. El fuego los hizo estallar, abrasando su cuerpo; permaneció con vida el tiempo suficiente para articular palabras postreras, hasta que el verdugo apretó el lazo y su voz se extinguió.
Wishart fue ejecutado en Saint Andrews en marzo de 1546. El 29 de mayo subsiguiente, hombres armados asaltaron a Beaton en el interior del castillo y le dieron muerte. Wishart ya no estaba allí para refrenar una venganza, como antaño detuviera el linchamiento del clérigo en Dundee. Su memoria fue más tarde reivindicada por los reformadores, y la profecía que Borrow pone en sus labios al pie de la hoguera confirió al regicidio del cardenal el viso de un designio cumplido. En el episodio de Dundee, la crónica lo había mostrado estrechando contra sí al sacerdote armado que la muchedumbre pretendía despedazar. Antes de convertirse en un nombre invocado para vengar una muerte, aparece afanado en preservar la vida de otro.