Als die Tore der Kirche von Mauchline durch Bewaffnete verriegelt wurden, untersagte George Wishart seinen Begleitern jeden gewaltsamen Einlass. Er hielt ihnen vor, das Wort, das er verkündige, sei ein Werk des Friedens, und um seinetwillen dürfe kein Blut vergossen werden. Daraufhin zog er hinaus in das Heideland, wo eine dichte Menge ihn erwartete, und predigte über drei Stunden lang. Die Geistlichen hatten an jenem Tage wohl ein Gebäude verschlossen, die Stimme des Predigers jedoch vermochten sie nicht zu ersticken. Diese Begebenheit, überliefert in jener Chronik, die Borrow im 19. Jahrhundert aufgriff, kündigte bereits das Kommende an: Man würde ihn der Ketzerei anklagen, er aber würde unbeirrt allein mit der Heiligen Schrift antworten.
Nach seiner Rückkehr aus England lehrte Wishart in Dundee und Montrose. Kardinal David Beaton, der Erzbischof von St. Andrews, sah den Zulauf des Volkes mit wachsendem Ingrimm. Er verbot den Bürgern von Dundee unter Strafe, den Wanderprediger zu beherbergen. Ein angesehener Mann der Stadt, Robert Mill, trat nach einer Predigt an Wishart heran und überbrachte den bischöflichen Befehl. Wishart verharrte einen Augenblick im Schweigen und erwiderte sodann, er habe sich allein um das Seelenheil der Einwohner gemüht; wer aber das göttliche Wort verwerfe, den würden schwere Heimsuchungen nicht verschonen. Ohne dass Mill oder die Gemeinde ihn aufzuhalten suchten, verließ er den Ort.
Einen Monat weilte er in jenen Landstrichen, als ihn die Kunde erreichte, die Pest wüte erbarmungslos in Dundee. Ohne Zögern kehrte er um. Am Osttor predigte er zu den Einwohnern, die durch die schweren Torflügel getrennt waren: Vor den Mauern lagerten die Verpesteten, im Innern hielten sich die noch Unversehrten auf. Die Chronik vermerkt, dass er die gesamte Zeit des Sterbens in der Stadt ausharrte und persönlich dafür Sorge trug, dass die Armen nicht des Brotes entbehrten, während die Wohlhabenden für die Ihrigen sorgten.
Eines Tages wurde ein Priester namens John Weighton mit gezückter Waffe ergriffen; man verdächtigte ihn, Wishart nach dem Leben getrachtet zu haben. Das Gerücht drang rasch zu den Siechen vor die Stadtmauern. In wildem Aufruhr drangen sie durch die Pforte und verlangten den Meuchelmörder. Wishart trat vor, schlang die Arme um den Priester und gebot der tobenden Menge Einhalt: Der Mann, so sprach er, habe ihnen lediglich vor Augen geführt, welch stete Gefahr ihnen allen drohe. So schützte der Todgeweihte seinen eigenen Angreifer vor dem Zorn des Volkes, und das Leben des Priesters blieb verschont.
Wenig später, als er im Begriff stand, einem Kranken in der Grafschaft Fife beizustehen, erreichte ihn ein Schreiben, das ihn dringend zu einem gewissen Lord Kenneir entbot. Kaum hatte Wishart Montrose hinter sich gelassen, hielt er mitten auf dem Weg inne; eine düstere Ahnung warnte ihn vor einem Hinterhalt. Er sandte Reiter zur Erkundung aus, die bald darauf rund sechzig Bewaffnete aufspürten, welche im Dickicht lauerten, um ihn abzufangen. Der Brief war gefälscht gewesen. Wishart kehrte in die Stadt zurück, ritt jedoch wenige Tage darauf gen Edinburgh, ungeachtet aller Warnungen jener, die um sein Leben bangten.
Auf dem Weg dorthin verbrachte er eine Nacht in Inner Gowry. Die Chronik berichtet, William Spalding und John Watson, die mit ihm das Gemach teilten, hätten gesehen, wie er sich nach Mitternacht hinausstahl. Im Garten sank er auf die Knie und verharrte lange Zeit im Staub. Am Morgen bestürmten ihn seine Gefährten mit Fragen. Er eröffnete ihnen, seine irdische Wanderschaft neige sich dem Ende zu, und hieß sie beten, auf dass er in der Stunde der Prüfung nicht wanken möge. Die Überlieferung legt dem künftigen Märtyrer damit die Vorsehung seines eigenen Todes in den Mund, wenngleich sich historisch kaum ermessen lässt, was damals wirklich in seiner Seele vorging.
Weitere Predigten folgten in Leith und Haddington. Nach diesem Aufenthalt trat er wegen des klirrenden Frostes zu Fuß den Weg nach Ormiston an. John Knox bot sich an, ihm das Geleit zu geben. Wishart jedoch wies ihn bestimmt zurück; wie die Chronik überliefert, sprach er die Worte: Ein einziges Opfer genüge. So erreichte er das Gut des Laird von Ormiston ohne Knox.
Mitten in der Nacht umstellten Reiter das Anwesen. Der Earl of Bothwell, Sheriff der Grafschaft, erschien, um ihn im Namen des Regenten festzusetzen. Der Laird weigerte sich zunächst standhaft, seinen Gast preiszugeben; Bothwell gelobte jedoch bei seiner Ehre, Leib und Leben des Predigers zu schützen und ihn in Gewahrsam zu halten, bis er ihn entweder freilassen oder unversehrt zurückbringen könne. Daraufhin willigte Wishart ein, sich zu stellen. Er verlangte lediglich ein geordnetes, öffentliches Verfahren, da er ein rechtliches Urteil weniger fürchtete als einen heimtückischen Mord im Verborgenen. Die ritterliche Zusage hielt nicht stand. Nachdem man ihn nach Edinburgh und später auf sein eigenes Schloss gebracht hatte, lieferte Bothwell den Gefangenen schließlich an den Kardinal aus, der ihn unverzüglich nach St. Andrews überführen ließ.
Beaton hatte die Prälaten bereits um sich geschart und drängte auf einen raschen Abschluss des Prozesses. Der Regent James Hamilton zögerte, die Vollstreckung zu gestatten, ehe er den Fall eingehend geprüft habe; ein Ratgeber hatte ihn gewarnt, seine fürstliche Gewalt nicht zur Waffe gegen einen wehrlosen Gefangenen machen zu lassen. Als Arran eine Vertagung forderte, entgegnete der Kardinal herrisch, die Kirche werde auch ohne weltliche Hilfe ihr Recht erzwingen. Er ließ Wishart, der bereits streng verwahrt lag, für den folgenden Tag eine Vorladung wegen aufrührerischer und ketzerischer Lehren zustellen. Der Gefangene vermochte die bittere Ironie nicht zu übersehen, dass man ihn förmlich vorzuladen beliebte, obschon er sich längst in den Händen seiner Richter befand.
In der Abteikirche, vor den versammelten Bischöfen und Würdenträgern, wurde Wishart seinem Ankläger John Lauder gegenübergestellt, der eine endlose Liste von Artikeln vorwies. Subprior John Winram eröffnete die Verhandlung mit einer Predigt über das Wesen der Ketzerei. Er bestimmte diese als einen hartnäckig behaupteten Irrglauben und mahnte, die Priester müssten die Heilige Schrift wohl verstehen, um Verführte auf den rechten Pfad zurückzuführen. Der Gefangene lauschte schweigend. Als ihm das Wort erteilt wurde, kniete er nieder zum Gebet und erbat sich die Erlaubnis, frei darzulegen, was er seit seiner Rückkehr nach Schottland gelehrt habe. Die Prälaten schnitten ihm das Wort ab: Sie forderten knappe Antworten, ein schlichtes Ja oder Nein, und verwehrten ihm jede Rede, aus Furcht, seine Beredsamkeit könnte die Zuhörer für sich einnehmen.
Die Anklagepunkte mengten theologische Differenzen unentwirrbar mit machtpolitischem Argwohn. Man warf ihm vor, trotz ausdrücklichen Verbots gepredigt, die Sakramente geschmäht, die Heiligenverehrung, das Fegefeuer, die Bildnisse, die Beichte und die Klostergelübde verworfen und sich der weltlichen Obrigkeit widersetzt zu haben. Zu jedem Vorwurf wies Wishart den Unterschied nach zwischen dem, was er tatsächlich gelehrt hatte, und der böswilligen Deutung der Ankläger. Zu den Sakramenten bekannte er, nichts behaupten zu wollen, was nicht ausdrücklich in der Heiligen Schrift verbürgt sei. Als man ihn beschuldigte, die Eucharistie herabgewürdigt zu haben, erklärte er, er habe lediglich die Einwände eines jüdischen Reisenden wiedergegeben, ohne sich diese zu eigen zu machen. Die Bischöfe fielen ihm ins Wort und schalten ihn, er wolle durch weitwendige Reden nur das Volk betören.
Wishart forderte einen unparteiischen Richter. Lauder entgegnete höhnisch, Beaton sei kraft seiner Würden als Erzbischof, Kanzler und päpstlicher Legat über jeden Zweifel erhaben. Wishart vermied einen persönlichen Angriff auf den Kardinal; er verlangte einzig, das Wort Gottes möge sein Richter sein und der Regent, dem er ursprünglich übergeben worden war, solle angehört werden. Aus den Reihen der Zuschauer erschollen Rufe, dass Richter und Kläger hier ein und dasselbe seien. Schließlich erlaubte das Tribunal, die Anklagepunkte einzeln zu verlesen. Doch sooft Wishart nach der Bibelstelle verlangte, die seine Verurteilung rechtfertigen sollte, ging der Ankläger rasch zum nächsten Punkt über.
Nach stundenlanger Verhandlung sprach das Tribunal ihn der Häresie schuldig und verurteilte ihn zum Feuertod. Die Nacht verbrachte er betend in der Kammer des Schlosskommandanten. Am Morgen verweigerte man ihm die Sterbekommunion mit der Begründung, ein verurteilter Ketzer dürfe dieses Sakramentes nicht teilhaftig werden. Er erbat die Unterredung mit jenem Subprior, der tags zuvor gepredigt hatte; dieser erschien und hörte Wisharts erneutes Bekenntnis seiner Unschuld. Daraufhin lud der Kommandant ihn an seine Tafel. Wishart bat um einen Augenblick der Andacht, segnete Brot und Wein, gedachte des Leidens Christi und ermahnte die Anwesenden zur brüderlichen Liebe.
Vor den Mauern war der Galgen errichtet worden; die Geschütze der Festung standen geladen und gerichtet, um jeden Befreiungsversuch im Keim zu ersticken. Die Prälaten hatten Fensterbänke mit kostbaren Teppichen und Kissen belegen lassen, um dem Schauspiel bequem beizuwohnen. Mit gebundenen Händen schritt Wishart an Armen vorbei, die ihn um ein Almosen anflehten. Er bedauerte, seine Hände nicht mehr gebrauchen zu können, bat aber Gott, ihnen die nötige Nahrung zu schenken. Auf dem Schafott flehte er das Volk an, nicht an seiner Lehre irrezuwerden, nur weil es ihn also leiden sehe. Die Henkersknechte hatten ihm Beutel mit Schießpulver an die Gewänder gebunden. Das Feuer entzündete das Pulver und versengte seinen Leib; er blieb lange genug am Leben, um noch Worte des Trostes zu sprechen, bis der Henker die Schlinge zuzog und seine Stimme für immer verstummte.
Wishart starb zu St. Andrews im März 1546. Am 29. Mai desselben Jahres drangen Verschwörer in das Schloss ein und erschlugen Kardinal Beaton. Wishart war nicht mehr am Leben, um der Blutrache zu wehren, wie er einst den Priester vor den Toren Dundees beschirmt hatte. Die Reformatoren erhoben sein Gedächtnis zum Banner ihres Glaubens, und die Weissagung, die Borrow ihm am Fuße des Scheiterhaufens in den Mund legt, verlieh dem Mord am Kardinal den Anschein einer göttlichen Vergeltung. In jener früheren Szene zu Dundee zeigte die Chronik ihn noch, wie er den bewaffneten Priester an seine Brust zog, um ihn der blutdürstigen Menge zu entreißen. Ehe sein Name zum Schlachtruf der Rache gewendet wurde, hatte er sein Leben daran gesetzt, das eines anderen zu retten.