À l’Abbaye, les détenus entendirent d’abord le tocsin. Puis les portes s’ouvrirent sur des hommes qui leur annonçaient qu’ils seraient conduits à la Force pour y être jugés. Ce mot devait faire espérer un tribunal ; au-delà du guichet, des sabres attendaient. Dans les journées de septembre 1792, la promesse d’un examen fut ainsi convertie, pour beaucoup, en piège mortel.
La peur de l’invasion avait gagné Paris. Les troupes étrangères avançaient, et la nouvelle que Verdun était tombée se répandit le 1er septembre ; la ville crut qu’elle avait succombé à une trahison, alors qu’elle était seulement investie. Au même moment, les prisons recevaient des nobles, des prêtres réfractaires, d’anciens serviteurs de la cour et des hommes dénoncés. Dans son interprétation politique, Champagnac attribue à Danton et à Marat le projet d’éliminer les détenus avant l’arrivée des armées étrangères ; cette accusation lui appartient et ne constitue pas un fait établi par les scènes qui suivent.
Le dimanche 2 septembre, les rues étaient pleines. On avait ordonné une levée de citoyens, et l’on répétait que les Prussiens pourraient atteindre Paris en trois jours. À l’Abbaye, les gardiens avaient fait sortir leurs familles dès le matin. Le repas arriva plus tôt que d’habitude et les couteaux avaient disparu des serviettes. Les détenus s’interrogeaient sur ces précautions, mais leurs geôliers ne répondaient pas. Puis, vers deux heures, la générale battit, les cloches sonnèrent et le canon d’alarme retentit.
Vingt-quatre prêtres, arrêtés pour avoir refusé le serment, devaient être transférés de l’Hôtel-de-Ville à l’Abbaye. Six voitures les emportèrent sous l’escorte de fédérés bretons et marseillais. Sur les quais, une foule les désigna comme des conspirateurs qui auraient voulu égorger femmes et enfants pendant que les citoyens partiraient à la frontière. Les portières furent ouvertes ; les captifs furent frappés, insultés, puis poussés dans la cour de l’Abbaye. Maillard et ses hommes s’y tenaient. Les premiers prisonniers furent tués aussitôt. Un seul, l’abbé Sicard, échappa à la tuerie.
Billaud-Varennes se présenta dans la cour après le massacre des prêtres. Champagnac lui prête cette parole : « Peuple, tu immoles tes ennemis, tu fais ton devoir. » Maillard répondit qu’il n’y avait plus rien à faire là et conduisit ses hommes vers les Carmes, où environ deux cents prêtres avaient été enfermés. Parmi eux se trouvait l’archevêque d’Arles. Des hommes coururent le chercher et le tuèrent. Les détenus se dispersèrent dans l’église, le jardin et les salles ; certains cherchèrent refuge près de l’autel ou derrière les arbres. Deux frères de la maison de La Rochefoucauld, évêques de Beauvais et de Saintes, furent aussi frappés. Le massacre se prolongea à mesure que les assaillants parcouraient les lieux.
Maillard revint ensuite à l’Abbaye, couvert de sueur, et demanda du vin pour ses « travailleurs ». Le comité de section lui en fit distribuer vingt-quatre pintes. Les hommes burent dans la cour, parmi les cadavres, puis se tournèrent vers la prison. Les détenus entendirent les cris avant de voir les portes céder. Les premiers furent traînés dans la cour et tués sans examen. Maillard se fit apporter les registres et les clefs ; ses hommes improvisèrent alors un tribunal.
Un prisonnier devait être appelé devant une table, tandis que d’autres hommes restaient derrière le guichet. Le président lisait le nom et le motif de l’arrestation, puis prononçait une formule convenue. « Monsieur, à la Force » annonçait en réalité la sortie vers les assassins. Les mots donnaient à la violence l’apparence d’une décision, sans audience véritable ni juge légitime. Les Suisses détenus à l’Abbaye furent parmi les premiers conduits à la porte. Maillard leur reprocha les morts du 10 août ; ils répondirent qu’ils avaient combattu parce qu’on les attaquait et qu’ils obéissaient à leurs chefs. On leur promit un nouveau jugement. Ils savaient ce qui les attendait et reculèrent devant le guichet. L’un d’eux finit par s’élancer ; les autres le suivirent.
Reding, officier suisse blessé au combat, fut ensuite cherché dans sa cellule. Lorsque l’un des hommes voulut l’emporter, il lui dit qu’il avait assez souffert et ne craignait pas la mort, mais demandait qu’on la lui donnât sur place. L’un des assaillants resta un instant immobile. Son compagnon le pressa ; Reding fut porté dans la rue et tué. Dans cette suite de scènes, le geste suspendu ne sauva pas le prisonnier. Ailleurs, le registre et les formules suffisaient à faire sortir les détenus vers la même issue.
L’ancien ministre Montmorin réclama un véritable tribunal. Maillard lui répondit qu’il irait à la Force « attendre un nouveau jugement ». Montmorin demanda une voiture et quelques effets, puis fit quelques pas vers la porte. Il fut tué. Le valet de chambre du roi fut, selon la formule attribuée à Maillard, condamné comme son maître. Pendant la soirée, l’abbé Lenfant et l’abbé Chapt de Rastignac bénirent les prisonniers depuis la tribune de la chapelle. Une heure plus tard, ils furent eux-mêmes massacrés.
Journiac de Saint-Méard, qui se trouvait dans l’Abbaye, fut conduit devant Maillard. L’accusation principale portait sur son appartenance à un journal de la cour ; le détenu niait en avoir été l’auteur. On lui reprocha aussi de s’être rendu auprès des émigrés. Il répondit qu’un certificat attestait qu’il n’avait pas quitté Paris depuis vingt-trois mois. Un homme présent reconnut la signature. L’attestation fut examinée et jugée authentique. Saint-Méard admit ensuite qu’on le tenait pour royaliste, mais nia avoir conspiré.
Le verdict fut la grâce. Les détenus l’embrassèrent ; deux hommes le couvrirent de leurs bras et l’aidèrent à franchir la haie des piques. Saint-Méard voulut leur donner de l’argent. Ils refusèrent et demandèrent seulement à l’embrasser. La vérification du document, puis la reconnaissance de son signataire, lui donnèrent une issue que tant d’autres prisonniers conduits au guichet n’obtinrent pas.
Les massacres s’étendirent du 2 au 6 septembre à la Force, au Châtelet, à la Conciergerie, aux Bernardins, à Saint-Firmin, à la Salpêtrière et à Bicêtre. À la Force, Champagnac raconte le passage de la princesse de Lamballe devant un guichet semblable à celui de l’Abbaye. À la question sur les complots de la cour, elle répondit qu’elle n’en connaissait aucun. On lui demanda de jurer fidélité à la liberté et de haïr le roi et la reine ; elle accepta le premier serment et refusa le second. Le chef du guichet ordonna qu’on la laisse sortir. Dans la rue, elle fut tuée. La chronique rapporte que des parties de son corps furent promenées dans Paris et que la foule se rendit au Temple, où la famille royale était enfermée. La reine s’évanouit lorsqu’on lui annonça ce qui était arrivé ; le roi reprocha aux visiteurs d’avoir appris à son épouse ce malheur de cette manière.
La princesse de Tarente, interrogée pendant de longues heures, fut épargnée après avoir réfuté les accusations contre la reine. À l’Abbaye, Cazotte échappa à la foule lorsque sa fille s’interposa et s’attacha à lui ; Sombreuil fut sauvé, selon Champagnac, par l’intervention et l’abnégation de sa fille. Roland refusa de payer les hommes qui avaient participé aux massacres. La chronique rapporte cependant que la Commune versa des sommes aux exécuteurs, dont une dépense de 1 463 livres inscrite le 4 septembre.
À Bicêtre, les détenus opposèrent une résistance et le canon fut employé pour les réduire. Les tueries y continuèrent jusqu’au 5 septembre ; un auteur cité par Champagnac situe encore des exécutions à la Force le lendemain. Puis les portes cessèrent de s’ouvrir sur ces prétendus transferts. Il resta les registres, les sommes inscrites dans les dépenses et les récits de ceux qui avaient attendu leur tour au guichet. Parmi eux, Saint-Méard avait survécu parce qu’un certificat avait été reconnu. Pour les autres, l’annonce d’un second jugement n’avait été qu’un dernier mot avant la rue.