Zu Edinburgh erschien am 12. April 1567 James Hepburn, Graf von Bothwell, in eigener Person vor dem im Senatspalast tagenden Gerichtshof. Die Anklageschrift ließ keinen Zweifel an der Schwere des ihm zur Last gelegten Verbrechens: der Meuchelmord am König, Henry, Lord Darnley, dem Gemahl Maria Stuarts. In der Nacht des 9. Februar, so hieß es in der Urkunde, sei eine gewaltige Menge Schießpulver unter dem Hause entzündet worden, in dem der Fürst nahe der Kirche St. Mary in the Fields ruhte; die Detonation habe das Gebäude in die Luft geschleudert und seinen Bewohner getötet. Dieses Datum war dasjenige der Anklageschrift. Die eigentliche Explosion ereignete sich am frühen Morgen des 10. Februar.
Bothwell wählte zwei Advokaten, David Borthwick und Edmund Hay. Man sollte einen Hohen Peer für den Tod eines Königs richten, doch die erste aufgeworfene Frage betraf weder das Pulver noch die Stunde der Tat. Sie betraf die Gerichtsbarkeit.
Henry Kinloch trat für den Grafen von Erroll, den Großkonnetabel von Schottland, vor die Schranken. Er machte geltend, dem Konnetabel stehe die ausschließliche Zuständigkeit zu, Männer von solchem Rang abzuurteilen, sofern der Mord nahe den fürstlichen Gemächern verübt worden sei. Sollte der Gerichtshof von Argyll die Verhandlung fortführen, wandte er ein, vergreife er sich an einer uralten Jurisdiktion. Nachdem der Richter seinen Beisitzer befragt hatte, entschied er, den Fall dennoch zu verhandeln: Kinloch habe für seine Behauptung keinerlei Beweis erbracht. Bothwell verlangte, darüber ein Protokoll aufzunehmen. In wenigen Augenblicken hatten die Parteien die Richtschnur des Tages bestimmt: Jeder Vorbehalt sollte niedergeschrieben, jeder Einwand förmlich festgehalten werden, während das Verfahren seinen Fortgang nahm.
Eine andere Abwesenheit wog indes noch schwerer: jene Matthew Stewarts, Graf von Lennox, Vater des ermordeten Darnley und Nebenkläger. Er hatte den Saal nicht betreten. Robert Cunningham, sein Diener, erschien an seiner Statt, versehen mit einem eigenhändigen Schreiben und einer Vollmacht. Er ersuchte um die Anberaumung eines späteren Termins für seinen Herrn. Die Frist, so trug er vor, sei zu kurz bemessen gewesen; Lennox habe seine Freunde und Dienstmannen nicht herbeirufen können, deren Beistand er für seine Ehre und Sicherheit angesichts einer weitaus mächtigeren Gegenpartei bedurft hätte. Sollte das Gericht dennoch an jenem Tage urteilen, so legte er Verwahrung gegen die gesamte Verhandlungsführung ein.
Der von Borrow überlieferte Wortlaut bewahrt die schärfste Spitze dieses Protests. Lennox erklärte darin, sollten die Richter die Angeklagten freisprechen, so könnten sie sich nicht auf Unwissenheit berufen: Die Identität der Mörder sei in seinen Augen offenkundig. Er sprach nicht wie ein Zeuge, der zu berichten hatte, was er in dem vom Pulver zerrissenen Hause gesehen; er sprach wie ein anklagender Vater, der fürchtete, ein Freispruch werde jedem weiteren Beweis für immer den Weg versperren.
Der Gerichtshof lehnte eine Vertagung ab. Der Richter zog die Briefe von Lennox, die Weisung des Geheimen Rates, die Anträge der Advokaten und das Verlangen Bothwells in Betracht, die Sache in ihrer Gänze zu verhandeln. Gleichwohl gestattete er Cunningham, der Anklage beizutreten. So bewegte sich die Verhandlung zwischen zwei unvereinbaren Forderungen: der Eile, wie sie die Königin und der Rat beschlossen hatten, und dem Aufschub samt Schutz, den der Vater des Toten erbat. Lennox war nicht zugegen, um seine Beschuldigung selbst zu vertreten; seine Verwahrung jedoch blieb zu den Akten genommen.
Seine Briefe an die Königin verliehen dieser Abwesenheit eine Stimme. Im ersten, datiert aus Howstoun vom 26. Februar, dankte Lennox Maria für die erhaltenen Nachrichten und drängte sie, den Zusammentritt des Parlaments nicht abzuwarten. Die an den Toren des Senatssaals angeschlagenen Schriften, so meldete er, bezeichneten gewisse Männer namentlich als Urheber des Mordes. Er forderte deren Festnahme, die Einberufung des Adels und das Gerichtsverfahren gegen die Beschuldigten; erwiesen sich die Vorwürfe als haltlos, könnten sie entlassen werden. Er verlangte zugleich eine zügige Untersuchung und ein Verfahren, das prüfen sollte, was die Schmähschriften behaupteten.
In einem zweiten Brief vom 17. März nahm die Sprache eine schärfere Wendung. Lennox nannte nun jene, die er dringlich verdächtigte: Bothwell, James und Gilbert Balfour, David Chambers, John Spence, Franciscus Bastian, John de Bordeaux sowie Joseph, den Bruder des David Rizzio. Er flehte die Königin an, sie festzusetzen und zu verhören. Er behauptete nicht, die Verschwörer beisammen überrascht zu haben; er verlangte, man solle sie vernehmen.
Bothwell hingegen war gegenwärtig, umgeben von seinen Advokaten und den Peers, die bald über sein Schicksal zu entscheiden hatten. Der Gerichtshof hatte sechzehn Geschworene bestellt, darunter Grafen, Lords und freie Herren, die nach ihren Gütern benannt wurden. Er hieß sie in ein Nebenzimmer treten, um zu beraten. Darnleys Vater stand nicht vor ihnen; sein Diener, dem der Beitritt zur Anklage gewährt worden war, vertrat seine Interessen. Der Bericht überliefert weder das Verhör von Augenzeugen noch materielle Beweisstücke, die bei der Beratung erörtert worden wären. Er berichtet vielmehr, die Geschworenen hätten sich nach Beratung über die Anklagepunkte dahin geeinigt, Bothwell von der gesamten Bluttat und jedem einzelnen Vorwurf freizusprechen.
Der Freispruch wurde verkündet. Eine zweite Urkunde, erwirkt vom Obmann der Geschworenen, besiegelte den Ausgang noch unwiderruflicher: Weder die Ankläger noch ihre Gehilfen durften fortan weitere Schriften oder Beweise zur Untermauerung der Beschuldigung beibringen; niemand, so lautete der Spruch, habe die Wahrheit der Tat oder auch nur eines Teiles davon dargetan. Die Richter verwahrten sich überdies dagegen, dass ihre Entscheidung ihnen jemals zur Last gelegt werden dürfe. Diese Worte kamen vom Gerichtshof selbst, doch vermochten sie den Verdacht nicht zu tilgen.
Der Bericht schreibt Bothwell sodann eine Gebärde zu, die auf das Urteil der Straße antworten sollte. Er ließ auf dem Marktplatz anschlagen, er sei nach dem Gesetz freigesprochen worden, sei jedoch bereit, seine Unschuld im Zweikampf gegen jeden Mann von ehrenhafter Geburt und untadeligem Rufe zu verteidigen, der ihn des Mordes ziehe. Ein anderer Anschlag antwortete fast augenblicklich. Ein Edelmann nahm die Herausforderung an und erklärte, mit den Waffen beweisen zu wollen, dass Bothwell der Haupturheber der Tat gewesen sei; er ersuchte den König von Frankreich und die Königin von England um Vermittlung, auf dass ein Kampfplatz unter ihrem Schutz bestimmt werde. Der Name dieses Verfassers wird im Kapitel nicht genannt.
Auf diesen Aufruf berichtet die Chronik keine Antwort Bothwells. Lennox hatte seine Briefe gesandt; Cunningham hatte seinen Protest zu Protokoll gegeben; die Geschworenen hatten den Grafen freigesprochen. In den Gassen forderten die Anschläge weiterhin ein anderes Urteil – durch das Schwert. Im folgenden Monat, im Mai, sollte Maria Bothwell heiraten. Der Vater Darnleys hatte ein Gerichtsverfahren erhalten, doch weder den Aufschub noch das Geleit, deren er bedurft hätte, um die Anklage mit eigener Stimme zu erheben.