Il 5 marzo 1743, nove uomini attendono John Coustos nei pressi di un caffè di Lisbona. Un portoghese, che Coustos dirà di aver creduto un amico, lo ha individuato e ha avvertito gli sbirri. Gli ufficiali gli tolgono la spada, gli stringono i ferri ai polsi e lo spingono dentro una carrozza chiusa. Coustos, gioielliere svizzero naturalizzato inglese, non sa ancora di cosa lo si incolpi. Nelle carceri dell'Inquisizione gli vengono sottratti il denaro, le carte e persino le fibbie degli abiti. Viene gettato solo in una cella, dove non può chiamare i carcerieri se non battendo il lucchetto contro le sbarre.
Comprende a poco a poco la ragione della cattura. Secondo il racconto di Coustos, una donna ha denunciato una riunione di liberi muratori tenutasi nella casa privata di un conoscente. I membri della loggia cenavano insieme ed eseguivano i loro riti; ignoravano, afferma Coustos, che la massoneria fosse bandita in Portogallo. Il suo compagno Mouton è già stato arrestato. Gli inquisitori hanno intercettato la corrispondenza e cercano di accertare se quei convegni celino delitti o trame contro la religione. Per Coustos, il segreto che protegge i confratelli diviene il principale indizio a loro carico.
I primi interrogatori cominciano dopo due notti scandite dalle grida che filtrano attraverso le pareti. Gli si chiedono le generalità, i natali, la professione, la fede e il tempo trascorso a Lisbona. Poi lo si accusa di aver recato oltraggio al Sant'Uffizio, esortandolo a confessare ogni colpa commessa fin dall'infanzia. Coustos esige che gli sia contestato un fatto preciso. Educato nella confessione protestante, replica di rimettere i propri peccati a Dio, non agli uomini. Gli inquisitori ribattono che il tribunale sa già come egli abbia parlato contro di loro. Viene ricondotto in cella senza sapere chi lo abbia denunciato né quale accusa sia stata formulata.
Trascorrono sette settimane. Viene convocato di nuovo, questa volta per estorcergli i segreti della massoneria. Coustos rifiuta di tradire il giuramento prestato alla loggia. I giudici sostengono di avere il potere di scioglierlo dal vincolo; egli obietta che nessuno può cancellare un impegno assunto davanti alla propria coscienza. Propone che i ministri portoghesi a Londra e a Parigi assumano informazioni sulle usanze muratorie. Menziona inoltre un cattolico inglese, intimo del favorito del re, che potrebbe testimoniare sulla condotta della loggia di Lisbona. Nomi che non aprono alcuno spiraglio: viene rispedito nella sua cella.
Anche la dottrina entra nel fuoco dell'esame. I giudici gli domandano se abbia soccorso i bisognosi; egli elenca il denaro offerto a una partoriente, ai francescani dopo il rogo del loro convento e a un padre di famiglia disoccupato. Gli prospettano il carcere come una provvidenziale occasione per rientrare nel grembo del cattolicesimo. Coustos dichiara di voler morire nella comunione della Chiesa d'Inghilterra. Comprende che la lealtà verso gli amici e la fedeltà alla propria fede si confondono agli occhi dei giudici: cedere sull'una significherebbe abiurare l'altra.
Gli viene infine data lettura dell'atto d'accusa. La massoneria vi è descritta come una setta in cui si mescolano sacrilegio e nefandezze carnali; la segretezza e l'esclusione delle donne ne costituirebbero la prova manifesta. Avrebbe trasgredito le disposizioni pontificie, taciuto i fini della confraternita e perseverato nel definirla virtuosa. L'accusa invoca i tormenti per strappargli la confessione. Coustos rifiuta di sottoscrivere i capi d'imputazione. Chiede di redigere una difesa scritta; i giudici replicano che ai prigionieri non si concedono né penna né carta. Gli viene accordata la facoltà di dettare le proprie ragioni a un fiduciario della corte, senza possibilità di scegliersi il patrocinatore.
Dopo altre settimane di segregazione, gli viene notificata la sentenza: subirà la tortura del Sant'Uffizio per essersi ostinato a non «dire la verità», secondo le formule del rito, e a tacere i segreti della loggia. In una stanza rischiarata da due candele, gli sgherri lo spogliano lasciandogli solo le mutande. Un collare di ferro lo assicura a un palco; anelli di metallo gli serrano i piedi. Funi strette attorno alle braccia e alle cosce vengono tese all'unisono. Coustos narra che i canapi gli tagliano le carni e che i carnefici si arrestano a intervalli affinché un medico e un chirurgo ne saggino la resistenza. Quando perde i sensi, viene trascinato nuovamente in cella.
Sei settimane più tardi, gli viene imposto un nuovo supplizio. Con le braccia tese e legate dietro il dorso, le spalle gli vengono tirate all'indietro fino alla lussazione. Due mesi dopo, le corde e un argano di trazione gli schiacciano il ventre, i polsi e le spalle. A ogni seduta, i cerusici gli rimettono a posto le giunture disarticolate. Nel suo scritto, Coustos enumera nove sessioni di tortura in tutto. Le lesioni gli tolgono perfino la forza di portarsi la mano alla bocca. Il tribunale non gli ha strappato alcuna confessione di delitto: è riuscito a spezzarlo nel corpo, ma non a carpire i segreti pretesi.
Il 21 giugno 1744 viene condotto insieme agli altri rei nella processione dell'autodafé. Il corteo sfila davanti al palazzo reale e muove verso la chiesa di San Domenico, dove ciascuna condanna riceve pubblica lettura. Alcuni condannati sono destinati al rogo; altri, come Coustos, vengono assegnati alle galere. Egli annota la propria pena: quattro anni di lavori forzati. È il solo detenuto a non ricevere il cero giallo stretto dagli altri, poiché protestante «ostinato», stando alla sua relazione. Dalla chiesa viene ricondotto alle carceri prima del trasferimento ai remi.
La galera è un bagno penale sulle rive del fiume. I condannati sgobbano nei cantieri navali, scaricano i bastimenti o trasportano l'acqua. Due forzati condividono una catena ribattuta alla caviglia; a Coustos tocca l'incombenza di recare carichi d'acqua verso le prigioni di Lisbona. Dodici giorni dopo cade infermo. Ha già accumulato debiti con i custodi per ottenere una fatica meno gravosa; passa due mesi in infermeria, dove alcuni religiosi irlandesi gli offrono intercessione purché accetti di convertirsi. Rifiuta ancora.
La salvezza giunge infine da un altro potere. Il cognato allarma il conte di Harrington, che sollecita il duca di Newcastle e la corona britannica. L'inviato inglese a Lisbona chiede al re del Portogallo di riconoscere Coustos come suddito di Sua Maestà e di disporne il rilascio. Verso la fine di ottobre del 1744 viene fatto uscire dal bagno penale. Il presidente del tribunale gli intima tuttavia di ripresentarsi al Sant'Uffizio tre o quattro giorni più tardi. La porta si è aperta, ma la citazione non è revocata.
Nessun vascello inglese si trova allora alla fonda. Coustos interpella il rappresentante delle Province Unite e ottiene un imbarco sul Damietta. Annuncia agli inquisitori che salperà l'indomani alle nove. Gli ordinano di presentarsi a quell'ora al tribunale: alcuni ufficiali lo scorteranno fino alla nave. Nel suo memoriale spiega di aver preferito salire a bordo all'istante, senza far parola. Non intende affidare una seconda volta la propria libertà a coloro che gliel'hanno appena restituita.
La partenza non è immediata. Seguono quasi tre settimane all'ancora davanti a Lisbona: Coustos riferisce che alcuni uomini perquisiscono il suo vecchio alloggio, forzano forzieri e credenze, mentre le lance del Sant'Uffizio incrociano attorno ai legni olandesi. Il fuggiasco è libero, ma abbastanza vicino alla prigione da distinguerne ancora i dintorni. Il 15 dicembre 1744, dopo una traversata che definisce lunga e perigliosa, tocca terra a Londra. La cronaca della prigionia si arresta a questo approdo, prima di farsi formidabile requisitoria contro il tribunale che lo ha tenuto in ceppi.