一七四三年三月五日、リスボン市内の茶館の傍らで、九人の男がジョン・クストスを待ち伏せていた。クストスが友と恃んでいた一人のポルトガル人がその姿を認め、ひそかに官吏らへ急報したのである。役人たちは彼から佩刀を奪い、手枷をはめ、窓を閉ざした馬車の中へと押し込めた。スイスに生まれ英国籍を得ていたこの宝石細工師には、己に何の咎があるのか見当もつかなかった。異端審問所の獄舎へ引き立てられるや、金銭も書類も、果ては着衣の留め金に至るまで剥ぎ取られた。孤独のまま放り込まれた地下牢にあっては、錠前を鉄格子に打ち打ち鳴らすほかに、獄卒を呼ぶ術さえなかった。
やがて、捕縛の理由が少しずつ知れてきた。クストスの述懐によれば、ある女が友人の私邸で開かれていたフリーメイソンの会合を密告したのだという。ロッジの同志たちはともに食卓を囲み、古来の儀礼を執り行っていたに過ぎず、ポルトガルにおいて結社が禁じられているとは夢にも知らなかった。すでに盟友のムートンも捕らわれの身となっていた。役人は書状を検閲し、その寄り合いが国家への大逆や信仰への冒涜を孕むものか否かを血眼で探っていた。会員の身を護るはずの秘め事が、この法廷においては、そのまま動かぬ有罪の証憑と見做されたのである。
壁越しに響く囚人の絶叫を二夜聞き明かしたのち、最初の訊問が始まった。名、父母の素性、生業、宗旨、そしてリスボンでの滞在期間を問われた。次いで、聖庁を侮辱したとの告発が突きつけられ、幼少のみぎりより犯したすべての罪を白状せよと迫られた。クストスはいかなる事実に基づく嫌疑であるかを明示するよう求めた。プロテスタントとして育てられた己は、過ちを神にのみ告解するものであり、人に告げる筋合いはない、と彼は突っぱねた。審問官らは、法廷はすでにお前が聖庁を謗った証言を握っているのだと冷ややかに言い放った。誰が密告し、いかなる讒言を弄したのかも知らされぬまま、彼は再び暗い独房へと戻された。
それから七週間が流れた。再び呼び出された彼に課されたのは、結社の秘儀をすべて明かせという要求であった。クストスはロッジで立てた誓約を破ることを断固として拒んだ。裁判官らは、宣誓を解く権能が教会にあると説いたが、彼は良心にかけて神に捧げた誓いを解約できる者など地上のどこにもおらぬと主張した。ロンドンやパリ駐在のポルトガル公使に照会し、メイソンの実情を確かめてはどうかとさえ提案した。さらには、国王の寵臣とも親交があり、リスボンのロッジの内情を証言し得る英国人カトリック信徒の名をも挙げた。だが、それらの名は何の救いにもならなかった。彼はふたたび獄底へと退けられた。
訊問の矛先は信仰そのものへと向けられた。裁判官らは貧民に施しをしたかと尋ね、彼は産褥の女や、火災に見舞われたフランシスコ会修道院、職を失った家父へ金銭を恵んだよしを答えた。審問官らは、この入獄こそカトリックへ帰依するための神の配慮であると説いた。しかしクストスは、英国国教会の信徒として死ぬことを望むと答えた。彼の目には、友への信義を守ることと、己の信仰を守ることが完全に重なり合っていた。一方を譲れば、他方をも裏切ることになるのだと彼は覚悟していた。
やがて起訴状が読み上げられた。フリーメイソン結社は冒涜と淫靡な悪徳をないまぜにした邪宗と断じられ、その秘密主義や女人を交えぬ掟が罪の証左として並べ立てられた。教皇の禁令を破り、結社の真の目的を明かさず、それを徳あるものと言い張り続けたというのである。起訴状は自白を引き出すための拷問の執行を求めていた。クストスは告発の箇条への署名を拒絶した。文書による弁明の機会を請うたが、裁判官らは囚人に筆も紙も与えられぬと一蹴した。法廷が指定した書記官に口頭で口述することは許されたものの、自ら弁護人を選ぶ自由は剥奪されていた。
さらに数週間の拘禁ののち、宣告が下された。法廷の言を借りれば「真実を語る」ことを拒み、ロッジの秘密を隠し立てした罪により、聖庁の拷問に処すというものであった。二本の蝋燭が揺れる薄暗い部屋で、男たちは彼の下着一枚を残して着衣を剥ぎ取った。鉄の首輪で処刑台に固定され、両足は金具で締めつけられた。両腕と大腿部に固く巻きつけられた太い麻縄が、一斉に張り詰められた。縄は肉に食い込み、血潮を滲ませた。医師と外科医が容態を改めるため、拷問の手は折々止められた。彼がこと切れるように気を失うと、男たちはその体を独房へと担ぎ戻した。
六週間後、さらなる苦患が彼を襲った。腕を背後で縛り上げられ、両肩が外れるまで後方へと引き絞られた。その二か月後には、縄と牽引具によって腹部、手首、肩の骨が砕かれんばかりに締め上げられた。その都度、外科医が外れた関節を強引に嵌め直した。クストスの記録によれば、拷問の座に引き出された回数は実に九度に及んだという。手負いの傷はあまりに深く、後には自らの手で口へ食糧を運ぶことすら叶わぬほどであった。法廷は何ひとつ犯罪の自白を得られず、肉体を徹底して損壊させながらも、求めた秘密を聞き出すことはついにできなかった。
一七四四年六月二十一日、彼は他の囚人たちとともに、異端審問の火刑宣告式（アウト・ダ・フェ）の行列に引き出された。隊列は王宮の前を通り、サン・ドミンゴス教会へと向かった。堂内では判決が公に読み上げられた。ある者は火刑に処され、クストスのような者はガレー船送りとなった。彼に下されたのは四年の徒刑であった。手記によれば、彼が「強情なる」プロテスタントであったがゆえに、他の囚人が手にする黄色い蝋燭すら持たされなかったという。教会からふたたび牢へと戻され、徒刑場への移送を待った。
ガレー船の徒刑場とは、テージョ川の畔に設けられた過酷な労役場であった。囚人らは造船所で働き、船の荷を揚げ、あるいは水を運んだ。足首に巻かれた一つの鉄鎖を二人の囚人が分かち合っていた。クストスに割り当てられたのは、リスボン市内の各監獄へ水樽を担いで運ぶ重労働であった。わずか十二日後、彼は病に倒れた。少しでも労苦の少ない作業へ回してもらうため、すでに看守へ賄賂を握らせていたが、そのまま二か月を病室で過ごすこととなった。アイルランド人の修道士が訪れ、改宗を呑むならば減免を取り成そうと持ちかけたが、彼は頑として首を縦に振らなかった。
救の手は、思いがけぬ権力からもたらされた。彼の義兄が英国のハリントン伯爵に窮状を訴え、伯爵がニューカッスル公爵と国王を動かしたのである。リスボン駐在の英国公使がポルトガル国王に対し、クストスを英国臣民として認めて釈放するよう正式に要求した。一七四四年十月末、彼はついに徒刑場から出獄を許された。しかし、法廷の長老は三、四日のうちに再び聖庁へ出頭せよと言い渡した。獄の扉は開いたものの、召喚の軛は外れていなかった。
折悪しく、港には一隻の英国船も投錨していなかった。クストスはオランダの公使に掛け合い、ダミエッタ号への乗船の便宜を取りつけた。彼は審問官らに対し、翌朝九時に乗船する旨を伝えた。法廷側はその時刻に出頭せよ、役人が船まで同行すると応じた。だが、彼の手記によれば、彼は予告することなく直ちに船へと駆け込み、身を隠したという。辛うじて取り戻した自由を、再びあの冷酷な手の中に委ねる気など毛頭なかったのである。
船はすぐには出航しなかった。リスボン沖の投錨地で、およそ三週間もの足止めを食らった。クストスの記すところによれば、男たちがかつての彼の借家を捜索して長持や戸棚を荒らし、聖庁の役人を乗せた小舟がオランダ船の周囲を執拗に警戒していたという。逃亡者は自由の身となりながらも、獄舎の輪郭をなお間近に望む海上に釘づけにされていた。長く危険に満ちた航海を経て、彼がロンドンの土を踏んだのは一七四四年十二月十五日のことであった。彼の獄中記はこの生還をもって幕を閉じ、やがて己を苛んだ異端審問所を告発する苛烈な弾劾の書へと姿を変えることとなる。