1743年3月5日，里斯本一家咖啡馆外，九名暗探正潜伏守候。一名素被约翰·库斯托斯引为至交的葡萄牙人探知其行踪，向官吏告密。缉拿人员当场卸其佩剑，戴上手铐，将他推进一辆封闭马车。这位加入英籍的瑞士珠宝匠，彼时对其蒙受的罪名一无所知。押至宗教裁判所监狱后，他的钱财、文书，乃至衣物上的扣饰皆被剥除殆尽。他被单独投入囚室，若要传唤狱卒，唯有抓起铁锁猛砸铁栏。
数日之后，被捕的原委始渐明朗。据库斯托斯记述，一名妇人告发了在一位朋友私宅举行的共济会集会。分会成员共同进餐、遵行仪轨；库斯托斯自陈，众人当时全不知晓共济会已在葡萄牙遭禁。其友人穆顿此前已然被捕。暗探秘密拆检信件，试图探查此类密会是否包藏罪愆，抑或蓄意颠覆国教。对库斯托斯而言，那道原本用以庇护同仁的秘密誓言，反倒成了构陷他们的铁证。
隔墙传来两昼夜撕心裂肺的惨嚎后，初审开始了。法官勘问其姓名、家世、行当、宗派及居留里斯本的年限；旋即指控其辱慢圣职部，责令彻底招供自幼以来的诸般劣迹。库斯托斯据理力争，要求出示具体罪状。他答称自己自幼信奉新教，向来只向神明而非凡人告解。宗教裁判官厉声反诘，声称法庭早已掌握他毁谤圣职的实证。随后，他被押回囚室，始终不知原告为谁，亦不知究竟受何等指斥。
如是度过七个星期，法庭再次提讯，直斥其交出共济会的密仪与誓约。库斯托斯断然拒绝背弃对兄弟会的誓言。法官宣称教会法庭足可赦免其誓约束缚；他则力持己见，坚称任何凡间权柄皆无权解脱基于良心所发之誓。他提议，葡萄牙驻伦敦与巴黎的使臣尽可查验共济会的行事规条；并引荐一位熟稔葡王宠臣的英国天主教徒作证，以明里斯本分会之清白。然而言语未动法官分毫，名姓未能开启半扇牢门。他再度被解回暗室。
审讯旋即转向信仰攻讦。法官盘诘其是否济贫行善；库斯托斯列举自己曾资助临产贫妇、在修道院回禄之灾后施舍方济各会修士，亦曾接济失业族长。审理官遂将牢狱描摹为重归罗马公教的救赎契机。库斯托斯则决绝立誓，唯愿长眠于英格兰教会的怀抱中。他心知肚明，在审问官眼中，对挚友的道义与对信仰的忠诚早已纠缠难分：若在任何一方低头，便意味着对另一方的全盘背叛。
起诉书终予宣读。共济会在文中被斥为杂糅渎神与淫邪罪行的异端教派，其谨守秘密与排斥妇人之举，皆被列为图谋不轨的佐证。文书罗织罪状，称其违抗教宗训谕，拒不交代结社宗旨，犹自固执称其清白无辜。检方呈请施用酷刑以逼取供词。库斯托斯严拒在起诉状上署名，并请求获准撰写辩护状；法官冷斥囚徒无权支领笔墨纸张。虽允其向指定专员口授抗辩，却断无自选诉讼代理之权。
羁押数周之后，判词下达：因其拒不遵照法庭所谓“道出实情”，且拒不揭露兄弟会隐秘，着令领受圣职部之酷刑惩戒。在一间仅以两茎残烛照明的地窖中，狱卒将他剥至仅着内裤。铁颈圈将他锁在刑台上，双足套入铁环。粗索牢牢勒紧臂膀与大腿，机轮绞索骤然收紧。据其自述，绳索深深勒入肌理，行刑者数度停顿，听任医官与外科郎中检视其脉息。每至痛极昏厥，便被拖回囚室。
六周之后，更酷烈之刑临头。双臂反剪于背后紧缚，随后被强行向后扯拽，直至双肩脱臼。两个月后，粗索与牵引机具继之碾挤其腹腹部、手腕及双肩。每受一轮摧折，外科郎中便当场将其脱臼的骨节生生推回复位。在库斯托斯的回忆中，通算受刑达九次之多。经此摧残，他甚至无法抬手进食。法庭终究未逼出任何叛逆实供；他们虽在肉体上将他彻底摧折，却终未能撬开那道紧锁誓约的唇齿。
1744年6月21日，他与一众囚徒被押解列入“信仰审判”的大游行队伍中。队伍行经王宫，直抵圣多明我堂，各项判决当众宣读。若干死囚将被绑赴火刑柱；库斯托斯等人则被判发配苦役。他在回忆录中记述自身宿命：服四年苦役。因其被法庭定性为“顽冥不化”的新教徒，他是通场唯一未获发游行黄烛的囚人。出得教堂，复押回大牢，旋即移交苦役所。
所谓苦役所，实为临河设立的劳改营。苦役犯被驱赶至造船工场服役，或装卸货船，或挑水度日。犯人两人一组，脚踝被同一副铁链锁死；库斯托斯领受的差役，是向里斯本各处监牢挑运重水。不过十二日，他便染病倒下。他早先已向狱卒行贿以求轻省杂务，此时在病房卧床两月；在此期间，几位爱尔兰修士许诺若他皈依天主教便出面代求宽宥，库斯托斯再次坚拒。
他的解救之机，最终来自另一股世俗权柄。其妹夫多方奔走，惊动哈林顿伯爵，伯爵继而呈请纽卡斯尔公爵及英国国王出面。英国驻里斯本公使遂向葡萄牙国王递交外交照会，要求正式承认库斯托斯为英国臣民并立即开释。1744年10月下旬，他终于迈出苦役所大门。然而，宗教法庭主审法官仍阴鸷下令，勒令他在三四天内重返圣职部听勘。铁扉虽已洞开，传票的幽影未散。
其时港口并无英国舰船停泊。库斯托斯转求荷兰公使，设法购得“达米埃塔号”商船的一张客票。他虚张声势向裁判官通报将于次晨九点登船，对方饬令他于该时刻先赴法庭报到，由差人护送至码头。在回忆录中他直言，自己深恐有变，未作任何交割便径自潜登海船。既已脱出虎口，他断不愿将性命重托于刚刚松开绞索之人。
然而启航长路漫漫。商船在里斯本外海抛锚滞留近三周：库斯托斯记述，暗探反复搜抄其旧日寓所，翻箱倒柜，圣职部的小艇更在荷兰船舷周围逡巡盘桓。逃亡者在距离地狱咫尺之遥的甲板上，日夜遥望囚禁过自己的海岸。1744年12月15日，历经一段凶险重重之远航，他终抵伦敦。这段囚徒血泪史至此戛然而止，旋即化作一篇声讨宗教裁判所专横暴虐的激愤檄文。