Am 5. März 1743 erwarten neun Männer John Coustos nahe einem Kaffeehaus in Lissabon. Ein Portugiese, den Coustos nach eigener Aussage für einen Freund hielt, hat ihn erspäht und die Häscher verständigt. Die Schergen nehmen ihm den Degen ab, legen ihm Handschellen an und stoßen ihn in eine geschlossene Kutsche. Coustos, ein in England eingebürgerter Schweizer Juwelier, weiß noch nicht, was man ihm zur Last legt. Im Gefängnis der Inquisition nimmt man ihm sein Geld, seine Papiere und selbst die Schnallen seiner Kleider ab. Man wirft ihn allein in eine Zelle, deren Wärter er nur herbeirufen kann, indem er mit dem Vorhängeschloss gegen das Gitter schlägt.
Allmählich begreift er den Grund der Festnahme. Nach Coustos’ Bericht hat eine Frau eine Zusammenkunft von Freimaurern denunziert, die im Privathaus eines Freundes stattgefunden hatte. Die Mitglieder der Loge speisten gemeinsam und übten ihre Riten aus; sie wussten nicht, so Coustos, dass die Freimaurerei in Portugal verboten war. Sein Freund Mouton ist bereits verhaftet worden. Die Beamten haben ihre Briefwechsel überwacht und trachten danach zu erfahren, ob die Zusammenkünfte Verbrechen oder einen Anschlag auf die Religion verbergen. Für Coustos wird das Geheimnis, welches die Mitglieder schützt, zum Beweis gegen sie.
Die ersten Verhöre beginnen nach zwei Nächten, in denen Schreie durch das Gemäuer drangen. Man fragt ihn nach seinem Namen, seinen Eltern, seinem Gewerbe, seinem Glauben und der Dauer seines Aufenthalts in Lissabon. Sodann beschuldigt man ihn, das Heilige Offizium beleidigt zu haben, und ermahnt ihn, alles zu gestehen, was er seit seiner Kindheit begangen haben mag. Coustos verlangt, dass man ihm die genaue Anschuldigung nenne. Im protestantischen Glauben erzogen, so erwidert er, bekenne er seine Sünden Gott und nicht den Menschen. Die Inquisitoren halten ihm entgegen, das Tribunal wisse bereits, dass er sich gegen sie geäußert habe. Er kehrt in seine Zelle zurück, ohne zu wissen, wer ihn denunziert hat noch was diese Person vorbrachte.
Sieben Wochen verstreichen. Man ruft ihn erneut vor, diesmal, um die Geheimnisse der Freimaurerei zu erzwingen. Coustos weigert sich, den seiner Loge geleisteten Eid zu brechen. Seine Richter behaupten, sie könnten ihn davon entbinden; er hält dagegen, dass niemand ihn von einer Verpflichtung befreien könne, die er auf sein Gewissen eingegangen sei. Er schlägt vor, die portugiesischen Gesandten in London und Paris möchten Erkundigungen über die maurerischen Gebräuche einholen. Er nennt auch einen englischen Katholiken, einen Vertrauten des königlichen Günstlings, der über das Leben einer Loge in Lissabon Zeugnis ablegen könne. Diese Namen öffnen keine Tür. Er wird in die Zelle zurückgeschickt.
Nunmehr hält auch der Glaube Einzug in das Verhör. Die Richter befragen ihn, ob er Armen geholfen habe; er verweist auf Gelder, die er einer Wöchnerin, den Franziskanern nach dem Brand ihres Klosters und einem arbeitslosen Familienvater gereicht habe. Sie stellen das Gefängnis als eine Gelegenheit dar, zum Katholizismus zurückzukehren. Coustos beteuert, er wolle in der Gemeinschaft der Kirche von England sterben. Er begreift, dass die Treue zu seinen Freunden und die Treue zu seiner Religion in den Augen seiner Peiniger eins werden: Wer an einem Punkt nachgibt, verrät den anderen.
Schließlich wird ihm eine Anklageschrift verlesen. Die Freimaurerei wird darin als eine Sekte beschrieben, die Frevel und Unzucht vereine; ihre Geheimhaltung und der Ausschluss von Frauen werden als Indizien vorgebracht. Er habe die Befehle des Papstes missachtet, sich geweigert, den Zweck der Gesellschaft darzulegen, und beharre darauf, sie als tugendhaft zu bezeichnen. Die Anklage verlangt die Anwendung der Folter, um sein Geständnis zu erlangen. Coustos weigert sich, die Anklagepunkte zu unterschreiben. Er bittet darum, eine schriftliche Verteidigung vorbereiten zu dürfen; die Richter entgegnen ihm, dass Gefangene weder Feder noch Papier erhalten. Es wird ihm gestattet, seine Entgegnungen einer von ihnen bestimmten Person zu diktieren, doch darf er seinen Verteidiger nicht selbst wählen.
Nach weiteren Wochen der Haft verkündet man ihm das Urteil: Er habe sich den Foltern des Heiligen Offiziums zu unterwerfen, weil er sich geweigert habe, nach den Worten des Tribunals „die Wahrheit zu sagen“ und die Geheimnisse der Loge zu offenbaren. In einem von zwei Kerzen erhellten Raum entkleiden ihn Männer bis auf die Unterhosen. Ein Halseisen kettet ihn an ein Schafott; Ringe halten seine Füße fest. Stricke, die um seine Arme und Schenkel geschnürt sind, werden straff zusammengezogen. Er berichtet, dass die Seile ihm ins Fleisch schnitten und die Folterknechte von Zeit zu Zeit innehielten, damit ein Arzt und ein Wundarzt seinen Zustand prüften. Als er das Bewusstsein verliert, trägt man ihn in seine Zelle zurück.
Sechs Wochen später unterwirft man ihn einer weiteren Peinigung. Bei nach hinten gestreckten und gefesselten Armen werden seine Schultern rückwärts gezerrt, bis sie auskugeln. Zwei Monate darauf quetschen Stricke und ein Zugapparat seinen Leib, seine Handgelenke und seine Schultern. Jedes Mal renken die Chirurgen seine Gelenke wieder ein. In seinem Bericht zählt Coustos insgesamt neun Foltersitzungen. Die Wunden hindern ihn danach daran, die Hand an den Mund zu führen. Das Gericht hat ihm kein Verbrechen entlocken können; es hat ihn körperlich gebrochen, ohne die verlangten Geheimnisse zu erlangen.
Am 21. Juni 1744 wird er mit anderen Gefangenen in die Prozession des Autodafés geführt. Der Zug zieht am königlichen Palast vorüber und begibt sich zur Kirche Sankt Dominikus, wo jedes Urteil öffentlich verlesen wird. Manche Verurteilte sollen verbrannt werden; andere, wie Coustos, werden auf die Galeeren geschickt. Er schildert sein eigenes Los: vier Jahre Zwangsarbeit. Er ist der einzige Gefangene, der nicht die gelbe Kerze erhält, die die anderen tragen, weil er nach seinem eigenen Bericht ein „verstockter“ Protestant ist. Aus der Kirche führt man ihn zurück ins Gefängnis, ehe er auf die Galeere überstellt wird.
Die Galeere ist ein Zuchthaus am Ufer des Flusses. Die Sträflinge verrichten Arbeit auf der Schiffswerft, löschen Schiffe oder tragen Wasser. Zwei Männer teilen sich eine am Knöchel befestigte Kette; Coustos erhält die Arbeit, Wasserlasten zu den Gefängnissen von Lissabon zu schleppen. Zwölf Tage später erkrankt er. Er schuldet den Wärtern bereits Geld, um eine weniger mühselige Arbeit zu erhalten; er verbringt zwei Monate im Lazarett, wo irische Ordensleute ihm anbieten, sich für ihn zu verwenden, wenn er zur Konversion einwillige. Erneut schlägt er es aus.
Seine Befreiung geht schließlich von einer anderen Macht aus. Sein Schwager alarmiert den Grafen von Harrington, welcher den Herzog von Newcastle und den britischen König anruft. Der englische Gesandte in Lissabon ersucht den König von Portugal, Coustos als britischen Untertanen anzuerkennen und ihn freizulassen. Ende Oktober 1744 führt man ihn von der Galeere fort. Der Präsident des Tribunals befiehlt ihm jedoch, sich drei oder vier Tage später wieder beim Heiligen Offizium einzufinden. Die Pforte hat sich geöffnet; die Vorladung bleibt bestehen.
Zu jener Zeit liegt kein englisches Schiff im Hafen. Coustos wendet sich an den Gesandten Hollands und erhält einen Platz an Bord der Damietta. Er kündigt den Inquisitoren an, dass er am folgenden Morgen um neun Uhr einschiffen werde. Man verlangt von ihm, sich zu dieser Stunde beim Tribunal einzufinden: Gerichtsdiener würden ihn zum Schiff geleiten. In seinem Zeugnis erklärt er, es vorgezogen zu haben, unverzüglich und ohne Vorwarnung an Bord zu gehen. Er vertraut seine Freiheit nicht ein zweites Mal jenen an, die sie ihm soeben erst zurückgegeben haben.
Die Abreise erfolgt nicht sogleich. Nahezu drei Wochen liegt das Schiff vor Lissabon auf Reede: Coustos berichtet, dass Männer seine frühere Unterkunft durchsuchen, Truhen und Schränke aufbrechen und dass Häscher des Heiligen Offiziums in Barken um die holländischen Schiffe kreisen. Der Flüchtling ist frei, doch nahe genug an seinem Gefängnis, um dessen Umgebung noch vor Augen zu haben. Am 15. Dezember 1744 erreicht er nach einer Überfahrt, die er als langwierig und gefährlich schildert, London. Sein Gefangenschaftsbericht endet mit dieser Ankunft, ehe er zu einer Anklageschrift gegen das Gericht wird, das ihn gefangen hielt.