Le 5 mars 1743, neuf hommes attendent John Coustos près d’un café de Lisbonne. Un Portugais, que Coustos dira avoir tenu pour un ami, l’a repéré et a prévenu les officiers. Les officiers lui prennent son épée, lui passent les menottes et le poussent dans une voiture fermée. Coustos, joaillier suisse naturalisé anglais, ne sait pas encore ce qu’on lui reproche. À la prison de l’Inquisition, on lui retire son argent, ses papiers et jusqu’aux boucles de ses vêtements. On le jette seul dans une cellule dont il ne peut appeler les gardiens qu’en frappant le cadenas contre les barreaux.
Il comprend peu à peu la raison de l’arrestation. Selon le récit de Coustos, une femme a dénoncé une réunion de francs-maçons, tenue dans la maison privée d’un ami. Les membres de la loge dînaient ensemble et pratiquaient leurs rites; ils ne savaient pas, dit Coustos, que la franc-maçonnerie était interdite au Portugal. Son ami Mouton a déjà été arrêté. Les officiers ont surveillé leur courrier et cherchent à savoir si les réunions cachent des crimes ou une attaque contre la religion. Pour Coustos, le secret qui protège les membres devient une preuve contre eux.
Les premiers interrogatoires commencent après deux nuits de cris entendus à travers les murs. On lui demande son nom, ses parents, son métier, sa religion et le temps passé à Lisbonne. Puis on l’accuse d’avoir insulté le Saint-Office et on l’exhorte à confesser tout ce qu’il aurait commis depuis son enfance. Coustos réclame qu’on lui indique le fait précis. Élevé dans la religion protestante, répond-il, il confesse ses fautes à Dieu, non aux hommes. Les inquisiteurs lui rétorquent que le tribunal sait déjà qu’il a parlé contre eux. Il retourne dans sa cellule sans savoir qui l’a dénoncé ni ce que cette personne a dit.
Sept semaines s’écoulent. On le convoque à nouveau, cette fois pour exiger les secrets de la franc-maçonnerie. Coustos refuse de trahir le serment prêté à sa loge. Ses juges affirment qu’ils peuvent l’en délier; il soutient que nul ne peut le libérer d’un engagement donné sur sa conscience. Il propose que les ministres portugais à Londres et à Paris se renseignent sur les pratiques maçonniques. Il cite aussi un catholique anglais, familier du favori du roi, qui pourrait témoigner de la vie d’une loge à Lisbonne. Ces noms n’ouvrent aucune porte. Il est renvoyé dans la cellule.
La foi entre à son tour dans l’interrogatoire. Les juges lui demandent s’il a aidé des pauvres; il cite l’argent donné à une femme en couches, aux franciscains après l’incendie de leur couvent et à un père de famille sans travail. Ils présentent la prison comme une occasion de revenir au catholicisme. Coustos affirme qu’il veut mourir dans la communion de l’Église d’Angleterre. Il comprend que la fidélité à ses amis et la fidélité à sa religion se superposent aux yeux de ses interrogateurs : céder sur l’une lui ferait trahir l’autre.
Un acte d’accusation finit par lui être lu. La franc-maçonnerie y est décrite comme une secte mêlant sacrilège et crimes sexuels; son secret et l’exclusion des femmes sont présentés comme des indices. Il aurait enfreint les ordres du pape, refusé d’expliquer le but de la société et persisté à la déclarer vertueuse. L’accusation demande que la torture soit employée pour obtenir sa confession. Coustos refuse de signer les chefs de l’accusation. Il demande de pouvoir préparer une défense écrite; les juges lui disent que les prisonniers ne reçoivent ni plume ni papier. Il est autorisé à dicter ses arguments à une personne désignée par eux, mais ne peut choisir son défenseur.
Après d’autres semaines de détention, on lui annonce la sentence : il doit subir les tortures du Saint-Office pour avoir refusé de « dire la vérité », selon les termes du tribunal, et de révéler les secrets de la loge. Dans une pièce éclairée par deux chandelles, des hommes le déshabillent jusqu’aux caleçons. Un collier de fer l’attache à une estrade; des anneaux retiennent ses pieds. Des cordes serrées autour de ses bras et de ses cuisses sont tirées ensemble. Il raconte que les liens lui entaillent la chair et que les tortionnaires s’arrêtent par moments pour qu’un médecin et un chirurgien vérifient son état. Lorsqu’il s’évanouit, on le rapporte dans sa cellule.
Six semaines plus tard, on lui fait subir une autre épreuve. Les bras tendus et liés derrière lui, ses épaules sont tirées vers l’arrière jusqu’à ce qu’elles se déboîtent. Deux mois après, les cordes et un appareil de traction lui broient le ventre, les poignets et les épaules. À chaque reprise, les chirurgiens remettent ses articulations en place. Dans son récit, Coustos compte neuf séances de torture au total. Les blessures l’empêchent ensuite de porter la main à sa bouche. Le tribunal ne lui a pas fait avouer de crime; il a réussi à le briser physiquement sans obtenir les secrets qu’il réclamait.
Le 21 juin 1744, il est conduit avec d’autres prisonniers dans la procession de l’auto-da-fé. Le cortège passe devant le palais royal et se rend à l’église Saint-Dominique, où chaque sentence est lue publiquement. Certains condamnés doivent être brûlés; d’autres, comme Coustos, sont envoyés aux galères. Il décrit son propre sort : quatre ans de travaux forcés. Il est le seul prisonnier à ne pas recevoir le cierge jaune porté par les autres, parce qu’il est un protestant « obstiné », selon le récit qu’il donne. De l’église, on le ramène à la prison avant son transfert à la galère.
La galère est un bagne au bord du fleuve. Les détenus y travaillent au chantier naval, déchargent les navires ou transportent l’eau. Deux hommes partagent une chaîne fixée à la cheville; Coustos reçoit un travail consistant à porter des charges d’eau vers les prisons de Lisbonne. Douze jours plus tard, il tombe malade. Il doit déjà de l’argent aux gardiens pour obtenir un travail moins pénible; il passe deux mois à l’infirmerie, où des religieux irlandais lui offrent d’intercéder s’il accepte de se convertir. Il refuse encore.
Sa libération vient finalement d’un autre pouvoir. Son beau-frère alerte le comte de Harrington, qui sollicite le duc de Newcastle et le roi britannique. Le ministre anglais à Lisbonne demande au roi du Portugal de reconnaître Coustos comme sujet britannique et de le libérer. À la fin d’octobre 1744, on le fait sortir de la galère. Le président du tribunal lui ordonne pourtant de revenir au Saint-Office trois ou quatre jours plus tard. La porte s’est ouverte; la convocation demeure.
Aucun navire anglais ne se trouve alors dans le port. Coustos sollicite le représentant de la Hollande et obtient une place à bord du Damietta. Il annonce aux inquisiteurs qu’il embarquera le lendemain à neuf heures. On lui demande de se présenter à cette heure au tribunal : des officiers l’accompagneront jusqu’au bateau. Dans son témoignage, il explique avoir préféré monter à bord immédiatement, sans prévenir. Il ne confie pas une seconde fois sa liberté à ceux qui viennent de la lui rendre.
Le départ n’est pas immédiat. Près de trois semaines au mouillage devant Lisbonne : Coustos rapporte que des hommes fouillent son ancien logement, ouvrent coffres et placards, puis que des officiers du Saint-Office tournent en barque autour des bâtiments hollandais. Le fugitif est libre assez près de sa prison pour en voir encore les environs. Le 15 décembre 1744, après une traversée qu’il dit longue et dangereuse, il atteint Londres. Son récit de captivité s’arrête à cette arrivée, avant de devenir un réquisitoire contre le tribunal qui l’a détenu.