El 5 de marzo de 1743, nueve hombres aguardan a John Coustos cerca de un café de Lisboa. Un portugués, a quien Coustos dirá haber tenido por amigo, lo ha localizado y ha dado aviso a los oficiales. Los alguaciles le arrebatan la espada, le colocan los grilletes y lo empujan al interior de un carruaje cerrado. Coustos, joyero suizo nacionalizado inglés, ignora todavía de qué se le acusa. En la cárcel de la Inquisición le despojan de su dinero, de sus papeles y hasta de las hebillas de su indumentaria. Lo arrojan a solas en una celda donde únicamente puede llamar a los guardias golpeando el candado contra los barrotes.
Poco a poco comprende el motivo de su arresto. Según el relato de Coustos, una mujer denunció una reunión de francmasones celebrada en la residencia privada de un amigo. Los miembros de la logia cenaban juntos y practicaban sus ritos; ignoraban, sostiene Coustos, que la masonería estuviese prohibida en Portugal. Su amigo Mouton ya ha sido apresado. Los oficiales han vigilado su correspondencia y procuran averiguar si tales reuniones encubren crímenes o un atentado contra la religión. Para Coustos, el secreto que ampara a los cofrades se convierte en indicio acusador contra ellos.
Los primeros interrogatorios dan comienzo tras dos noches de alaridos escuchados a través de los muros. Le inquieren el nombre, la filiación, el oficio, la religión y el tiempo de su estancia en Lisboa. Acto seguido se le acusa de haber ultrajado al Santo Oficio y se le exhorta a confesar cuanto hubiere cometido desde su infancia. Coustos exige que se le precise el cargo concreto. Criado en la religión protestante, replica, confiesa sus faltas a Dios y no a los hombres. Los inquisidores le replican que el tribunal sabe de sobra que ha hablado en su contra. Regresa a la celda ignorando quién lo ha delatado y qué testimonio ha prestado tal persona.
Transcurren siete semanas. Vuelven a convocarlo, esta vez para exigirle los secretos de la francmasonería. Coustos se niega a quebrantar el juramento prestado a su logia. Sus jueces afirman que tienen potestad para dispensarlo; él sostiene que nadie puede desligarlo de un compromiso contraído ante su propia conciencia. Propone que los ministros portugueses en Londres y París se informen sobre los usos masónicos. Menciona asimismo a un católico inglés, allegado al valido del rey, que podría deponer acerca de la vida de una logia lisboeta. Estos nombres no abren puerta alguna. Es devuelto a la celda.
La fe entra a su vez en el interrogatorio. Los magistrados le preguntan si ha socorrido a menesterosos; él refiere las limosnas dadas a una parturienta, a los franciscanos tras el incendio de su convento y a un padre de familia sin oficio. Le presentan el encierro como una coyuntura para retornar al catolicismo. Coustos asevera que desea morir en el seno de la Iglesia de Inglaterra. Advierte que la fidelidad a sus amigos y la observancia de su religión se confunden ante los ojos de sus examinadores: claudicar en la una equivaldría a traicionar la otra.
Con el tiempo le dan lectura al acta de acusación. En ella se define a la francmasonería como una secta donde convergen el sacrilegio y los desórdenes carnales; el sigilo y la exclusión de las mujeres se exhiben como indicios vehementes. Se le atribuye haber contravenido las órdenes del papa, rehusado esclarecer el objeto de la sociedad y persistido en proclamar su virtud. La fiscalía reclama la aplicación del tormento para arrancar su confesión. Coustos rehúsa suscribir los cargos. Solicita licencia para articular una defensa por escrito; los jueces le advierten que a los reos no se les concede pluma ni papel. Se le permite dictar sus descargos a una persona designada por el tribunal, mas se le veda la libre elección de letrado.
Tras nuevas semanas de privación de libertad, se le notifica la sentencia: habrá de sufrir los tormentos del Santo Oficio por negarse a «decir la verdad», en los términos de la curia, y por no revelar los secretos de la logia. En una estancia alumbrada por dos cirios, unos sayones lo despojan de sus ropas hasta dejarlo en calzones. Un collar de hierro lo sujeta a un estrado; sendos aros le inmovilizan los pies. Cuerdas ceñidas en torno a brazos y muslos son tensadas al unísono. Narra que los cordeles le desgarran la carne y que los verdugos suspenden la maniobra por intervalos a fin de que un médico y un cirujano reconozcan su estado. Al sobrevenirle el desmayo, lo restituyen a la celda.
Seis semanas más tarde lo someten a una nueva ordalía. Con los brazos extendidos y atados a la espalda, le desencajan los hombros tirando violentamente hacia atrás. Dos meses después, las cuerdas y un aparato de tracción le quebrantan el vientre, las muñecas y las clavículas. En cada ocasión, los cirujanos reducen las luxaciones de sus articulaciones. En su crónica, Coustos computa nueve sesiones de tormento en total. Los estragos le impiden más adelante llevarse la mano a la boca. El tribunal no consiguió hacerle confesar delito alguno; logró quebrantarlo físicamente sin arrancar los arcanos que reclamaba.
El 21 de junio de 1744 es conducido junto a otros reos en la procesión del auto de fe. El cortejo desfila ante el palacio real y se encamina a la iglesia de Santo Domingo, donde se proclama públicamente cada sentencia. Ciertos condenados habrán de perecer en la hoguera; otros, como Coustos, son remitidos a las galeras. Él consigna su propia suerte: cuatro años de trabajos forzados. Es el único penado a quien se priva del cirio amarillo que portan los demás, por ser un protestante «obstinado», según reza su testimonio. Del templo se le reintegra a las prisiones antes de su traslado a la chusma de las galeras.
La galera consiste en un presidio a la orilla del río. Los forzados faenan allí en las atarazanas, descargan navíos o acarrean agua. Dos hombres comparten una cadena remachada al tobillo; a Coustos se le asigna la tarea de trasegar cántaros de agua hacia las cárceles de Lisboa. Doce días más tarde cae enfermo. Ya adeuda dinero a los guardianes a cambio de ocupaciones menos fatigosas; pasa dos meses en la enfermería, donde religiosos irlandeses se ofrecen a mediar por él si consiente en abjurar y convertirse. Se niega una vez más.
Su excarcelación sobreviene finalmente por mediación de otro poder. Su cuñado previene al conde de Harrington, quien acude al duque de Newcastle y al monarca británico. El ministro plenipotenciario inglés en Lisboa insta al rey de Portugal a reconocer a Coustos como súbdito de Su Majestad Británica y ordenar su libertad. A finales de octubre de 1744 se le autoriza a abandonar la galera. No obstante, el inquisidor presidente le ordena comparecer en el Santo Oficio tres o cuatro días después. La puerta se ha franqueado; el emplazamiento permanece en pie.
Ningún bajel inglés se halla a la sazón fondeado en la rada. Coustos acude al representante de las Provincias Unidas y obtiene plaza a bordo del Damietta. Notifica a los inquisidores que se hará a la vela al día siguiente, a las nueve de la mañana. Se le conmina a presentarse a esa misma hora ante el tribunal, prometiéndole que una guardia lo escoltará hasta la embarcación. En su relación, explica que prefirió embarcar de inmediato, a hurtadillas. No estaba dispuesto a confiar por segunda vez su libertad a quienes acababan de restituírsela.
La partida no es perentoria. Permanece cerca de tres semanas anclado frente a Lisboa: Coustos refiere que varios hombres allanan su antigua morada, descerrajan arcones y alacenas, mientras oficiales del Santo Oficio rondan en botes las naves holandesas. El prófugo se halla libre, mas lo bastante cerca de su encierro como para divisar todavía sus contornos. El 15 de diciembre de 1744, tras una travesía que describe dilatada y azarosa, arriba a Londres. Su relación de cautiverio concluye en este desembarco, antes de transfigurarse en un alegato contra el tribunal que lo retuvo entre sus muros.