一七九三年八月、エディンバラにおいて開かれたトマス・ミューアの公判において、一人の証人が、被告が外套の懐に忍ばせていたトマス・ペインの著述の一冊について口を開いた。改革派結社の議長を務めるヘンリー・フリーランドの証言によれば、キャムジー近郊での会合の後、その書を読みたいと申し出たところ、ミューアから手渡されたという。フリーランドはそれを読了した後、近隣の数人に貸し与えたと述べた。検察側は、この貸借こそが扇動的と見なされた文書の流布を立証するものであると主張した。ミューア自身は改革に関する書物の読書を奨励したことは認めたものの、結社に対しては常に国憲の枠内において要求を訴えるよう諭していたと弁じた。
起訴状には複数の罪状が列挙されていた。一七九二年十一月にカーキンティロックおよびキャムジーの集会において演説を行い、ペインの著作をはじめとする刊行物の購入と閲読を勧め、それらを配布したこと、さらには改革派スコットランド人へ宛てた統一アイルランド人協会の宣言文を代議員大会で朗読したことなどが挙げられた。ミューアは起訴状に記された形での事実関係を否認した。ただし、訴状の形式的な不備をあげつらうつもりはないとし、すでに書面にて弁駁を提出済みであり、自らの行いは終始合憲であったと主張し続ける構えを示した。
証人尋問に先立ち、ミューアは陪審員の構成に対して異議を申し立てた。召喚された陪審員らは、扇動文書の配布者を特定するために懸賞金を拠出していた「ゴールドスミス・ホール協会」にいずれも寄付を行っていた者たちであった。彼らはすでに予断を抱いている、というのがミューアの論拠であった。これに対し副検事総長は、裁判官ら自身がペインの著作を有罪視していると反論した。裁判所は満場一致でこの異議を退けた。
キンケイドの晒粉製造業者アレグザンダー・ジョンストンの証言によれば、カーキンティロックにおいてミューアが演説するのを耳にしたという。被告は当時の議席配分の不平等を批判し、英国とフランスの国家財政を対比したうえで、議会への請願および結社の活動を公表することを勧めていた。反対尋問においてジョンストンは、ミューアが終始平穏を促し、暴動じみた行動はかえって大義を損なうと警告していた事実を認めた。同結社の副議長ロバート・ウィデルも議席配分への批判を記憶していたが、ミューア自身はペインの書物は結社の目的に合致せぬと言明していたと証言した。
キャムジーの牧師も証言台に立つ予定であったが、この男は事前の取り調べに同席して筆記し、証人らに問いを発していた経緯があった。この点をめぐり複数の者が証言を行った結果、司法総監はこの牧師の証人尋問を断念せざるを得なくなった。議論を旨とする結社内で交わされた言葉そのものが裁かれる法廷において、それらの言葉を収集した者の信憑性自体が重大な争点となっていたのである。
フリーランドは、ミューアから冊子を託され、それを他者へと回覧させたと述べた。別の証人ウィリアム・ミューアは、当初良心の呵責を理由に宣誓を拒んでいたが、ダン牧師との対話を経て証言に応じた。彼は、フリーランドがトマス・ミューアの懐からその書物を取り出すのを見たと証言した。さらに被告から『政治の進歩』一冊および『愛国者』十数冊を手渡され、返却に及ばぬゆえ結社の仲間に見せるよう指示されたとも付け加えた。
ミューアは読書を奨励したこと自体を否定しなかった。しかし、その行為を反乱の教唆と同一視されることには断固として抗した。最終弁論において、彼はその立場を率直に繰り返した。もし改革を支持した罪で告発されたのであれば、喜んで罪を認めたであろう。彼は陪審に対し、掲げられた起訴事実を別の、より政治的な意図をもった罪名にすり替え、自らが表明した思想のゆえに有罪を下すことのないよう求めた。
アン・フィッシャーの証言により、審理の目はミューアの生家へと向けられた。かつて同家で奉公していた彼女は、前年の秋、トマスが盛んに読み書きに耽っていた姿を目撃したと語った。彼女によれば、加筆修正された人権宣言の写しを印刷所へ持ち込み、再版の手配をしたことがあったという。またトマスの言いつけで『人間の権利』を数冊購入し、彼が同書をエドマンド・バークへの見事な反駁であると称賛するのを耳にしていた。さらに議会改革や、彼がカルダー選出の議員になる可能性についての雑談も証言した。彼女の語りは、読書、家庭内の私語、そして政治的野心とを綯い交ぜにするものであり、それが何を立証し得るのかの判断は陪審の手に委ねられた。
他の証人らは、十二月に開かれた代議員大会の模様に焦点を当てた。ジェイムズ・キャンベルとジェイムズ・デンホルムの証言によれば、ミューアは統一アイルランド人協会から送られた宣言文を朗読し、返答を送ることを動議したという。他の参加者がこれに反対し、動議は否決された。ミューアは、エディンバラやストランラーでなされたとされる発言の一部が自らのものであることを認めた。また押収された書類が自らの所持品であることも認めた。弁護側の拠って立つところは、発言の有無ではなく、それらの言葉が帯びていた真の意図、そして官憲がいかにしてそれらを収集したかという点にあった。
総大会の書記ウィリアム・スカーヴィングは、ミューアが諸集会への参加、また一説には国王の処刑を阻止せんがためにロンドン、次いでフランスへ渡航したと証言した。スカーヴィングはパリから帰国を告げる手紙を彼より受け取っていた。スカーヴィングはミューアが国憲を誹謗するのを一度も聞いたことがなく、それどころか常に称賛していたと語った。ジェイムズ・キャンベルはフランスから届いた二通の手紙を提出した。弁護側の複数の証人が、ミューアは国憲を敬重し、軽挙妄動を慎むよう説いていたと証言した。ある証人は、彼がペインの著作を思慮の浅い者には危険な書物と評していたとさえ述べた。
司法総監は、これとは全く異なる断罪の調子をもって事件を総括した。ミューアを、改革を隠れ蓑にしてフランスの無政府状態をスコットランドに持ち込もうとした男と断じたのである。そこに「悪魔のごとき害意」を認めた総監は、国家と法に対する義務に違わぬ評決を下すよう求めた。被告は、反逆罪の容疑などは単なる口実にすぎないと応じた。自らの真の咎は改革を唱えたことにあり、その主張はかつてウィリアム・ピットやリッチモンド公爵も分かち持っていたものであると述べた。フランスでの政治的使命など帯びてはおらず、ただ流血の惨を防ぎたかったのだと抗弁した。
法廷の審理が閉廷したのは午前二時頃であった。正午、陪審は有罪の評決を携えて戻った。宣告された刑罰は、十四年間の海外流刑であった。ミューアは、自らの行為の正しさを確信しているゆえ、仮に死刑の宣告であっても同じ平静さをもって受け止めたであろうと述べ、再び獄舎へと引かれていった。
数か月後、ボロウの記すところによれば、ミューアはトマス・パーマー牧師とともにウーリッジの囚人船へと送られた。そこで足枷をはめられて受刑者の中に置かれ、テムズ川の河岸での過酷な重労働に服した。シェリダンら国会議員による判決破棄の働きかけも功を奏することはなかった。
この囚人は一七九六年二月、ニューサウスウェールズを密かに脱出した。ハンター総督に請願書を提出したところ、総督は武力をもって留め置く権限なしと判断したため、ミューアはその間隙を突き、二人の受刑従者とともに小舟で海へ出航し、アメリカ船オッター号に救助されたのである。その後、バンクーバー、カリフォルニア、メキシコを経てハバナで投獄され、一七九七年にはカディス近海での海戦で負傷して左目を失った。同年十一月にフランスへ辿り着いたものの、一七九九年一月二十六日、シャンティイの地で三十三歳の若さで世を去った。