1793年8月，爱丁堡，托马斯·缪尔案庭审现场。一名证人提及被告大氅内袋中藏有一本托马斯·潘恩的著作。改良会社主席亨利·弗里兰陈述称，在坎普西附近的一场集会后，他向缪尔借阅该书。缪尔当即授书；弗里兰自承阅毕后又辗转借予数名邻人。在控方眼中，此番转手正是传播煽动性文字的铁证。缪尔承认自己鼓励公众阅读改良政论，但坚称其一贯规劝会社须经由宪法途径申诉诉求。
起诉书罗列了数项罪名：缪尔涉嫌于1792年11月在柯金蒂洛赫与坎普西的集会上发表演说，煽动公众购买并阅读潘恩等人之出版物，分发上述文册，并在大会上宣读“爱尔兰人联合会”致苏格兰改良派的通函。缪尔对起诉书所列事实予以否认。他直言不愿在诉状的形式琐节上纠缠，此前已呈交书面辩词，坚称其一言一行皆未逾越宪法藩篱。
尚未质询证人，缪尔便当庭质疑陪审团的名册构成。他指出，在座候任陪审员皆曾出资赞助“金匠大厅协会”——该组织曾悬赏缉拿涉嫌散布煽动言论之人。缪尔据此认定，他们早已预设立场。副检察长则反唇相讥，称法官本人亦斥责潘恩的学说。法庭最终一致驳回了被告的回避申请。
金凯德的漂白工亚历山大·约翰斯顿出庭作证，称其曾听闻缪尔在柯金蒂洛赫发表演讲。被告批评国会代表席位分配不公，对比了英法两国的财政状况，并建议向国会请愿，公开发布会社的各项交涉。经辩方交叉质询，约翰斯顿承认缪尔当时力倡和平，告诫众人任何骚乱之举都将毁掉改良事业。会社副主席罗伯特·威德尔亦忆及缪尔对代表制度的针砭，但他指出，缪尔曾明确声明潘恩的著作与会社宗旨并不契合。
坎普西的一位牧师原本亦在证人席之列，但他曾参与审前调查，不仅手记笔录，还擅自向证人发问。多名证人就此作证。苏格兰检察长最终放弃传召该牧师。在一场围绕清谈会社言论展开的诉讼中，采集言论者的公信力本身，已然沦为控辩交锋的焦点。
弗里兰证实缪尔确曾私授其书，随后流转于乡邻之间。另一名证人威廉·缪尔起初援引良心抵触，拒绝宣誓；后经邓恩牧师开导，方才应允作证。他称亲眼目睹弗里兰从托马斯·缪尔的口袋中抽出该书。他进一步供称，缪尔曾交给他一本《政治进程》及十余册《爱国者》期刊，嘱其向会社同仁传阅，事后无须收回。
缪尔并不否认劝人读书之举；他所抗辩的，乃是将此等行为罗织为煽动叛乱之罪。在最后的陈词中，他毫无隐晦地重申：若指控其主张改良，他自当认罪伏法。他恳请陪审团切莫以政治偏见偷换控罪，因其表达的政见而加以定罪。
仆妇安·费希尔的出庭，将侦查的触角延伸至缪尔父亲的私邸。她曾在那处宅邸帮佣，称前一年秋日曾见托马斯埋头读写。她证实曾将一份批注过的《权利宣言》送往印刷所勘校重印；亦曾遵托马斯之命购得数册《人权论》，并听闻他对该书大加赞赏，称其有力驳斥了伯克的论调。她还转述了关于议会改革的私下议论，以及缪尔有意竞选考尔德选区议员的传言。她的证词将私人阅读、家闱碎语与政治野心交织在一起；至于这些细节究竟坐实了何种罪名，全凭陪审团裁量。
另有数名证人指涉了12月的代表大会。詹姆斯·坎贝尔与詹姆斯·登霍尔姆称，缪尔宣读了爱尔兰人联合会的来函，并提议予以答复。其他代表反对，该动议遂遭否决。缪尔承认爱丁堡与斯特兰拉尔的若干演说确系己出，亦认可了搜获的随身字条。由此，辩方的防线并不在于否认曾发此言，而在于辩白言辞的本义，以及官府罗织取证的手段。
大会秘书威廉·斯克温解释称，缪尔前往伦敦及法兰西，乃是为出席集会，并力图阻遏法王被处决。他曾接获缪尔自巴黎寄来的复信，告知行将归国。斯克温坚称从未听闻缪尔攻讦宪法，反倒处处尊崇宪章。詹姆斯·坎贝尔亦呈递了两封自法国寄来的书信。多位辩方证人附议，称缪尔笃守宪政，行事审慎。其中一位证人更称，缪尔曾明言潘恩的学说于心智孱弱者而言实属鸩毒。
苏格兰检察长在结案陈词中抛出了极具杀伤力的指控。他将缪尔描绘为一名借改良为幌子、企图将法兰西无政府暴乱引至苏格兰的乱党。他痛斥被告怀有“魔鬼般的险恶用心”，要求陪审团恪尽对国家与律法的忠诚，予以严惩。被告答辩称，所谓煽乱不过是构陷之词；他的真正罪愆，不过是坚持了皮特与里士满公爵昔日亦曾倡导的改良主张。他否认在法国领受过政治密令，声称所行一切不过是为了避免生灵涂炭。
法庭休庭时已近凌晨两点。翌日正午，陪审团复庭，裁定罪名成立。法官判处其流放海外十四年。缪尔当庭称，即便面对死刑他亦能从容受之，因他深信自身行为之正当。言毕，被押解还监。
据借罗记述，数月后，缪尔与托马斯·帕尔默牧师一同被押解至伍尔维奇的废弃浮动监船。他被锁上脚镣，杂处于苦役犯中，在泰晤士河畔服苦役。谢里登等国会议员奔走斡旋、试图撤销原判的努力终告失败。
1796年2月，这名囚徒秘密逃离新南威尔士：在向亨特总督陈情且后者自认无权强加拘禁后，缪尔趁机携两名流放仆从搭乘一叶扁舟出海，被美国商船“水獭号”救起。其后，他辗转途经温哥华、加利福尼亚与墨西哥，一度被囚禁于哈瓦那；1797年在加的斯附近的惨烈海战中身负重伤，左目失明。1797年11月，他辗转抵法，1799年1月26日客死尚蒂伊，年仅三十三岁。