En Edimburgo, en agosto de 1793, durante el proceso de Thomas Muir, uno de los testigos mencionó un ejemplar de las obras de Thomas Paine que el acusado guardaba en su gabán. Henry Freeland, presidente de una sociedad de reforma, declaró haber deseado leerlo tras una reunión cerca de Campsie. Muir le entregó el libro; Freeland afirmó haberlo leído y luego prestado a varios vecinos. Para la acusación, aquel intercambio probaba la difusión de textos considerados sediciosos. Muir reconocía alentar la lectura de escritos sobre la reforma, pero sostenía aconsejar a las sociedades la defensa de sus reivindicaciones por vías constitucionales.
El acta de acusación reunía varios cargos. Muir habría arengado reuniones en Kirkintilloch y Campsie en noviembre de 1792, fomentado la compra y lectura de Paine y de otras publicaciones, difundido dichos textos y luego leído en una convención el manifiesto de los Irlandeses Unidos dirigido a los reformadores de Escocia. Negó los hechos en los términos formulados. No deseaba, afirmó, demorarse en la forma del pliego. Había presentado ya una defensa por escrito y sostendría que su conducta siempre había sido constitucional.
Antes incluso de escuchar a los testigos, impugnó la composición del jurado. Los hombres convocados, arguyó, habían contribuido todos a la asociación de Goldsmiths’ Hall, la cual había ofrecido una recompensa para identificar a los difusores de escritos tachados de sediciosos. A su juicio, ya habían tomado partido. El procurador general replicó que los propios jueces condenaban los escritos de Paine. El tribunal desestimó la recusación por unanimidad.
Alexander Johnston, blanqueador de Kincaid, testificó haber oído a Muir tomar la palabra en Kirkintilloch. El acusado había criticado la desigual representación del país, comparado las finanzas británicas y francesas, y aconsejado luego dirigir peticiones al Parlamento y publicar las resoluciones de la sociedad. En el contrainterrogatorio, Johnston reconoció que Muir recomendaba la paz y advertía que cualquier acto tumultuoso arruinaría su causa. Robert Widdel, vicepresidente de la sociedad, recordaba la crítica sobre la representación; según él, Muir había puntualizado que los escritos de Paine no se ajustaban a su propósito.
Un pastor de Campsie debía asimismo declarar, pero había asistido a la instrucción preliminar, tomado notas e interrogado a los testigos. Varias personas fueron oídas sobre este punto. El lord abogado terminó por renunciar a su declaración. En un proceso articulado en torno a palabras pronunciadas en sociedades de debate, la fiabilidad de quienes debían recoger tales palabras se convertía en objeto de litigio.
Freeland sostuvo que Muir le había confiado el ejemplar y que él lo había hecho circular después. William Muir, otro testigo, rehusó en un principio prestar juramento invocando escrúpulos de conciencia; tras consultar con el pastor Dun, aceptó comparecer. Afirmó haber visto a Freeland sacar la obra del bolsillo de Thomas Muir. Añadió que Muir le había entregado un ejemplar del Political Progress y diez o doce números de The Patriot, pidiéndole que los mostrase a los miembros de su sociedad sin recogerlos después.
Muir no negaba haber alentado la lectura; rechazaba que ese acto se equiparase a la incitación a la insurrección. En su alegato final, mantuvo esta línea sin ambages: si se le hubiese acusado de haber respaldado la reforma, se habría declarado culpable. Pidió al jurado que no sustituyese la acusación formulada por otra, de índole política, para condenarlo después por las opiniones que había expresado.
El testimonio de Ann Fisher extendió las pesquisas a la casa del padre de Muir. Había servido allí y declaró haber visto a Thomas leer y escribir con profusión el otoño anterior. Afirmó haber llevado a un impresor una declaración de derechos anotada para su corrección y reimpresión. También había adquirido varios ejemplares de Rights of Man a petición de Thomas y le había oído hablar elogiosamente de la obra, señalando que refutaba a Burke. Refirió conversaciones sobre la reforma de la representación parlamentaria y la posibilidad de que fuese elegido diputado por Calder. Su relato entrelazaba lecturas, conversaciones domésticas y ambiciones políticas; correspondía al jurado sopesar su alcance probatorio.
Otros testigos se centraron en la convención de delegados de diciembre. James Campbell y James Denholm declararon que Muir había leído el manifiesto remitido por los Irlandeses Unidos y propuesto darle respuesta. Otros miembros se opusieron y la moción fue rechazada. Muir admitió que ciertas declaraciones pronunciadas en Edimburgo y Stranraer eran suyas. Reconoció igualmente los papeles hallados en su poder. La defensa no se fundaba, pues, en la ausencia de palabras, sino en su verdadero sentido y en el modo en que las autoridades las habían acopiado.
William Skirving, secretario de la convención general, explicó que Muir había viajado a Londres y luego a Francia para asistir a reuniones e intentar, según el parecer de algunos, impedir la ejecución del rey. Recibió de él una carta desde París anunciando su regreso. Skirving jamás había oído a Muir hablar contra la constitución; al contrario, aseguraba haberle escuchado ensalzarla siempre. James Campbell aportó dos cartas desde Francia. Diversos testigos de la defensa aseveraron que Muir respetaba la constitución y recomendaba prudencia. Uno de ellos declaró que había calificado las obras de Paine de peligrosas para los espíritus débiles.
El lord abogado resumió la causa en términos abiertamente incriminatorios. Describió a Muir como a un hombre que, bajo el pretexto de la reforma, pretendía introducir en Escocia la anarquía francesa. Denunció en él una «malevolencia diabólica» y reclamó un veredicto acorde con el deber debido a la patria y a sus leyes. El acusado respondió que la sedición no era sino un pretexto. Su verdadero delito, alegó, era haber defendido la reforma, causa que en otro tiempo habían compartido William Pitt y el duque de Richmond. Negó haber recibido misión política alguna en Francia y sostuvo que su afán había sido evitar el derramamiento de sangre.
El tribunal levantó la sesión hacia las dos de la madrugada. A mediodía, el jurado regresó con un veredicto de culpabilidad. La sentencia impuso catorce años de deportación a ultramar. Muir manifestó que habría recibido con idéntica serenidad una condena a muerte, tan persuadido se hallaba de la justicia de su conducta. Fue conducido de nuevo a prisión.
Meses más tarde, refiere Borrow, Muir fue trasladado junto al reverendo Thomas Palmer a los pontones de Woolwich. Allí se le sujetó con grillos entre los penados y se le destinó a trabajos forzados en las orillas del Támesis. Las gestiones de Sheridan y de otros diputados para revocar la condena resultaron infructuosas.
El recluso abandonó clandestinamente Nueva Gales del Sur en febrero de 1796: tras elevar una súplica al gobernador Hunter, quien no se consideraba con derecho a retenerlo por la fuerza, aprovechó una oportunidad para ganar el mar en una pequeña embarcación junto a dos criados presidiarios, siendo rescatado por el buque estadounidense Otter. Recorrió después Vancouver, California y México, sufrió prisión en La Habana y resultó gravemente herido, perdiendo el ojo izquierdo, en un combate naval frente a Cádiz en 1797. Logró alcanzar Francia en noviembre de 1797 y falleció en Chantilly el 26 de enero de 1799, a la edad de treinta y tres años.