Zu Edinburgh, im August 1793, sprach im Prozess gegen Thomas Muir einer der Zeugen von einem Exemplar der Schriften Thomas Paines, das der Angeklagte in seinem weiten Reisemantel bei sich trug. Henry Freeland, der Vorsteher einer Reformgesellschaft, erklärte, er habe nach einer Zusammenkunft nahe Campsie den Wunsch geäußert, das Werk zu lesen. Muir habe ihm das Buch überreicht; Freeland gab zu Protokoll, er habe es gelesen und daraufhin an mehrere Nachbarn weiterverliehen. Für die Anklagebehörde bewies dieser Austausch die Verbreitung staatsgefährdender Schriften. Muir räumte zwar ein, zur Lektüre von Schriften über die parlamentarische Reform ermutigt zu haben, versicherte jedoch, er habe den Gesellschaften stets ans Herz gelegt, ihre Forderungen ausschließlich auf verfassungsmäßigem Wege vorzubringen.
Die Anklageschrift vereinte mehrere Beschuldigungen. Muir solle im November 1792 Versammlungen in Kirkintilloch und Campsie aufgehetzt, den Kauf und die Lektüre von Paines Werken und anderen Veröffentlichungen befördert, derlei Texte in Umlauf gebracht und überdies vor einem Konvent die Adresse der Vereinigten Iren an die Reformer Schottlands verlesen haben. Er bestritt die Tatsachen in der ihnen beigelegten Form. Er hege nicht die Absicht, so sagte er, sich bei Formmängeln der Klageschrift aufzuhalten; er habe bereits eine schriftliche Verteidigung eingereicht und werde unerschütterlich dartun, dass sein Wandel stets der Verfassung treu geblieben sei.
Noch vor der Vernehmung der Zeugen erhob er Einspruch gegen die Zusammensetzung der Geschworenenbank. Die einberufenen Männer, so führte er aus, hätten ausnahmslos der Vereinigung in der Goldsmiths’ Hall Beiträge geleistet, ebenjener Gesellschaft, die ein Kopfgeld auf die Ergreifung der Verbreiter aufrührerischer Schriften ausgesetzt hatte. Sie seien mithin in der Sache bereits befangen. Der Generaladvokat erwiderte hierauf, die Richter selbst verdammten die Schriften Paines. Der Gerichtshof verwarf die Einrede einstimmig.
Alexander Johnston, ein Bleicher aus Kincaid, bezeugte, er habe Muirs Ansprache in Kirkintilloch mit angehört. Der Angeklagte habe das ungleiche Vertretungssystem des Landes getadelt, die Staatsfinanzen Großbritanniens mit jenen Frankreichs verglichen und schließlich gemahnt, Petitionen an das Parlament zu richten sowie die Schritte der Gesellschaft öffentlich bekannt zu machen. Im Kreuzverhör räumte Johnston ein, Muir habe zu Besonnenheit und Frieden gemahnt und davor gewarnt, dass jeglicher Tumult ihrer Sache zum Verderben gereichen müsse. Robert Widdel, der zweite Vorsteher der Gesellschaft, entsann sich ebenfalls der Rügen an der Volksvertretung; seinen Worten zufolge hatte Muir ausdrücklich bemerkt, die Schriften Paines träfen ihren eigentlichen Zweck nicht.
Ein Geistlicher aus Campsie sollte gleichfalls zeugen; da er jedoch den Voruntersuchungen beigewohnt, Notizen verfasst und den Zeugen eigenmächtig Fragen vorgelegt hatte, wurden hierüber mehrere Personen vernommen. Der Lordadvokat sah schließlich von dessen eidlicher Einvernahme ab. In einem Gerichtsverfahren, das sich um Worte drehte, die in Diskussionszirkeln gefallen waren, ward die Glaubwürdigkeit jener Männer, welche diese Aussprüche sammelten, selbst zu einem Gegenstand des Streites.
Freeland beharrte darauf, Muir habe ihm den Band überlassen, den er hernach weitergereicht habe. William Muir, ein weiterer Zeuge, weigerte sich anfänglich, den Eid zu leisten, indem er Gewissensbisse vorschützte; erst nach einem Zuspruch des Pfarrers Dun willigte er in die Aussage ein. Er gab an, gesehen zu haben, wie Freeland das Schriftstück aus Thomas Muirs Manteltasche zog. Überdies fügte er hinzu, Muir habe ihm ein Exemplar des Political Progress und zehn oder zwölf Nummern des Patriot übergeben, mit der Weisung, sie den Mitgliedern seiner Gesellschaft vorzulegen, ohne sie jemals wieder an sich zu nehmen.
Muir leugnete mitnichten, das Lesen gefördert zu haben; doch wehrte er sich mit Entschiedenheit dagegen, dass man dieses Tun einem Aufruf zum Aufruhr gleichstelle. In seiner Schlussansprache hielt er an dieser Linie ohne Wanken fest: Wäre er angeklagt worden, die Sache der Reform unterstützt zu haben, so hätte er sich ohne Zögern schuldig bekannt. Er beschwor die Geschworenen, die erhobene Klage nicht heimlich durch eine andere, rein politische zu ersetzen und ihn für Meinungen zu verdammen, die er frei geäußert habe.
Das Zeugnis der Ann Fisher dehnte das Verhör auf das Haus von Muirs Vater aus. Sie hatte dort im Dienst gestanden und berichtete, sie habe Thomas im vergangenen Herbst unablässig lesen und schreiben sehen. Sie gab an, eine mit handschriftlichen Zusätzen versehene Erklärung der Rechte zur Korrektur und zum Neudruck an einen Buchdrucker überbracht zu haben. Ebenso habe sie auf Geheiß von Thomas mehrere Exemplare der Rights of Man erworben und gehört, wie er sich lobend darüber aussprach, namentlich dass das Buch Burkes Auffassungen widerlege. Sie wusste von Gesprächen über eine Reform des Wahlrechts und von Erwägungen zu berichten, ob er dereinst Abgeordneter für Calder werden könne. Ihr Bericht verknüpfte Lektüren, häusliche Plaudereien und politischen Ehrgeiz; es oblag den Geschworenen, den Beweiswert dieser Umstände zu wägen.
Andere Zeugen beleuchteten den Delegiertenkonvent vom Dezember. James Campbell und James Denholm bekundeten, Muir habe die von den Vereinigten Iren übersandte Adresse vorgelesen und beantragt, darauf zu antworten. Andere Versammelte hätten sich dagegen verwahrt, und der Antrag sei verworfen worden. Muir gestand zu, dass gewisse Erklärungen, die zu Edinburgh und Stranraer gefallen waren, von ihm stammten. Auch die bei ihm vorgefundenen Papiere erkannte er an. Seine Verteidigung gründete sich mithin nicht auf das Leugnen gefallener Worte, sondern auf deren wahren Sinn und auf die Art und Weise, wie die Obrigkeit sie zusammengetragen hatte.
William Skirving, der Sekretär des Generalkonvents, legte dar, Muir sei nach London und alsdann nach Frankreich gereist, um dort Zusammenkünften beizuwohnen und nach dem Dafürhalten mancher zu versuchen, die Hinrichtung des Königs abzuwenden. Er habe aus Paris einen Brief von ihm erhalten, worin dieser seine Rückkehr ankündigte. Skirving habe Muir niemals ein Wort gegen die Verfassung sprechen hören; vielmehr habe er sie stets rühmen hören. James Campbell brachte zwei Schreiben aus Frankreich bei. Mehrere Zeugen der Verteidigung beteuerten, Muir habe die Gesetze hochgeachtet und zur Mäßigung gemahnt. Einer von ihnen bekundete gar, der Angeklagte habe Paines Werke als gefährlich für schwache Geister bezeichnet.
Der Lordadvokat fasste die Sache in weitaus schärferen Anklagetönen zusammen. Er schilderte Muir als einen Mann, der unter dem Deckmantel der Reform die französische Anarchie nach Schottland verpflanzen wolle. Er warf ihm eine „teuflische Bosheit“ vor und forderte einen Schuldspruch, wie ihn die Pflicht gegenüber dem Vaterlande und seinen Gesetzen gebiete. Der Angeklagte erwiderte, die Bezichtigung des Aufruhrs diene bloß als Vorwand. Sein wahres Vergehen sei, die Reform verfochten zu haben – eine Haltung, die ehedem auch William Pitt und der Herzog von Richmond geteilt hätten. Er bestritt jede politische Mission in Frankreich und betonte, er habe einzig das Vergießen von Blut verhüten wollen.
Das Gericht vertagte sich gegen zwei Uhr des Morgens. Zur Mittagsstunde traten die Geschworenen mit einem Schuldspruch wieder vor die Schranken. Das Urteil lautete auf vierzehn Jahre Verbannung und Deportation über die Meere. Muir erklärte, er hätte ein Todesurteil mit derselben Seelenruhe entgegengenommen, da er von der Rechtschaffenheit seines Handelns unerschütterlich überzeugt bleibe. Hierauf wurde er in das Gefängnis zurückgeführt.
Wenige Monate später, so berichtet Borrow, wurde Muir gemeinsam mit dem Pfarrer Thomas Palmer auf die Gefängnisschiffe vor Woolwich verbracht. Dort schlug man ihn mitten unter gewöhnlichen Verbrechern in Eisen und hielt ihn an den Ufern der Themse zu harter Zwangsarbeit an. Die Bemühungen Sheridans und anderer Parlamentarier, die Aufhebung des Urteils zu erwirken, schlugen fehl.
Der Verurteilte entfloh Neusüdwales heimlich im Februar 1796: Nachdem er dem Gouverneur Hunter ein Gesuch vorgelegt hatte – der sich nicht für befugt hielt, ihn gewaltsam festzuhalten –, ergriff er die Gelegenheit, mit zwei verurteilten Dienern in einem kleinen Boot die offene See zu gewinnen, wo ihn das amerikanische Schiff Otter an Bord nahm. Über Vancouver, Kalifornien und Mexiko gelangte er nach Havanna, wo er neuerlich eingekerkert wurde; im Jahre 1797 erlitt er bei einem Seegefecht vor Cadiz schwere Verwundungen und verlor sein linkes Auge. Im November 1797 erreichte er Frankreich und starb am 26. Januar 1799 im Alter von dreiunddreißig Jahren zu Chantilly.