伊丽莎白一世的特派专员们抵达福瑟灵盖时，心知此行面对的绝非寻常囚徒。玛丽·斯图亚特乃苏格兰执政女王，已被软禁于英格兰近十八载；而下令对其设堂提审的英格兰君主，正是她的堂姐。这处特设审判委员会依据一项刚颁布不久的法令设立，旨在严惩一切谋害伊丽莎白性命的阴谋图谋。然而，一个更具根本性的法理难题横亘于前：一位在位的执政女王，岂能作为属臣受审，并俯首听命于另一位女王指派的臣僚法官？
1586年10月11日，数名审判专员齐集于北安普敦郡的福瑟灵盖城堡。次日，三位专员亲往玛丽幽禁之处，呈递正式传唤文书，申明立案调查之意。玛丽答复称，伊丽莎白对她起疑令她深感痛心，并提醒专员自己以往曾多次向女王告警身边的祸患。她坚决否认英格兰司法管辖本人的权力。彼时，她的一切私人笔札均遭查扣；既无顾问亦乏辩护律师；对该国律法条文更是一无所知。她严正要求，若须答辩，必须以主权君主而非待罪囚徒之身份受审。
审判专员力劝她出庭应诉。玛丽起初拒绝承认作为委任授权渊源之法令的合法性，但表明若在自由召集的议会之中，或在特定先决条件下由女王及其枢密院亲自提讯，她愿予答辩。双方交涉旷日弥久。玛丽屡次重申，绝不自贬为伊丽莎白的臣民；专员们则坚称，凡在英格兰境内涉嫌犯法者，皆须对英格兰法律负责。最终，为昭雪名誉，她同意出庭受审，同时对其合法性保留严正抗辩。
审判大厅的陈设本身便是一场精密的权力宣示。在朝见厅内，象征至高王权的御座高踞华盖之下，静候伊丽莎白亲临。在长厅另一端稍显低矮的次位上，则为玛丽备下一张座椅。英格兰女王终未现身。围坐于席次周遭的，是负责讯问的大法官、伯爵、贵族、各级法官及深谙典章的法学家。法庭陈设之森严，已然无声宣示了这处法庭决意捍卫的主权归属。
玛丽落座后旋即起立抗辩，声明自己并非英格兰女王属民，出庭唯为驳斥强加于己的不实罪状。大法官当场反驳，声称其主权抗辩不足以对抗王国的法律效力。女王检控官随后宣读起诉书：指控玛丽明知安东尼·巴宾顿的暗杀密谋，对此予以首肯赞许，并协同策划弑杀伊丽莎白，以期僭取英格兰王位。
玛丽矢口否认曾结识巴宾顿、收受其密件或发信谋害伊丽莎白。她承认曾与外界各色人等通信，以图脱困并重获人身自由；但坚决否认此类书信可被视为谋逆行刺的罪证。她质问法庭，若控方执意出示所谓信函，理应呈验其亲笔手迹。检控官员则以抄本、巴宾顿供述以及其他涉案者的伏罪词作证。玛丽辩称，他人言词不足为己罪，且秘书官完全可能在未经口授的情况下擅自伪造文书。
控辩交锋的焦点迅速收窄至其两名秘书身上——克劳德·诺与吉尔伯特·柯尔。审判专员援引这二人的供词支撑指控，以此建立密码信件与玛丽之间的直接关联。玛丽当庭请求传召二人当面对质。她怀疑诺或已遭人收买或屈从于威逼，而柯尔可能只是盲目听命笔录而未核对其誊抄内容。她坚决主张，绝不能仅凭仆从秘书的证词与未经本人过目的抄本给一位女王定罪。然而，法庭在此次聆讯中未准二人出庭与她对质。
密信、密码本以及借助外邦干涉的计划在庭上逐一受到盘查。枢密顾问官坚称，往来密信暴露出企图引西班牙军力入侵英格兰并除掉伊丽莎白的险恶图谋。玛丽承认曾有外国君主允诺施以援手，自己亦始终在谋求脱身之途；但她严词否认这些接洽足以证明自己参与弑君密谋。她坦言天主教徒不断敦请她庇护其教运，但她坚决否认曾企图以人命流血换取解救。在这座法厅之内，“援救”、“信仰”与“王位继承”等词汇，既可被诠释为托庇呼号，亦可被定性为颠覆王权的弥天叛逆。
次日，玛丽再度要求索回其私家案卷，获准律师辩护，并请求与伊丽莎白面陈。专员们仅搬出代表王权意志的国家大印为法庭授权辩护。两名秘书始终未被准许出庭对簿公堂。
10月25日，特派审判专员移席威斯敏斯特的星室法庭。诺与柯尔在宣誓之下，核实确认了所出示密信及抄件的真实性。委员会最终一致裁决：自1584年6月以来，玛丽在英格兰境内与巴宾顿等人沆瀣一气，积极参与图谋谋害伊丽莎白性命之罪行。该裁决正式判定其犯有大逆罪。
判决经议会联席会议确认，并于同年12月在伦敦公诸于世。玛丽闻讯并未视之为奇耻大辱。据史料记载，她反而感谢上帝让她被视为新教信仰之宿敌而死，并申请一名天主教神父为己料理临终圣事。另一边，伊丽莎白在签署死刑执行令一事上犹豫不决。博罗的记载显示，女王最终将处决令移交国务秘书戴维森，事后却反指其处事孟浪；而枢密院则笃定女王已恩准行刑，当即飞骑将文书发往福瑟灵盖城堡。
奉命抵达城堡的几位伯爵正式向玛丽宣告，其死期定于次日清晨。她恳请临终忏悔神父随侍，但几位贵族断然回绝，仅提议由一名安立甘宗主教引路。玛丽坚拒。当晚，她与仆从共进最后的晚餐，劝慰众人拭泪止哀，重新检视遗嘱，分赐随身物品，并修书致法国国王与吉斯公爵托孤求援。她安卧数小时，夜色残余时光皆在默祷中度过。
1587年2月8日，玛丽身披盛装步上刑台，宛若奔赴庆典，手执受难像。她请求准许数名贴身侍从在侧相送。肯特伯爵心存忌惮，唯恐仆从施行其视为“迷信”的旧教仪式；玛丽正色告知，众人不过是向其作最后告别。执达官当场宣读执行令。彼得伯勒教长上前训话劝诱，遭其当场斥拒，决不背弃天主教信仰。当周围众人以英语念诵祷词时，玛丽以拉丁语同侍从齐声长祷。
她将灵魂托付上帝，宽恕了宣判其罪名之人，随即伏于断头台上。博罗记载，刽子手连挥两斧方使身首分离。这位苏格兰女王就此殒命英格兰，至死未曾承认她的审判者享有分毫审判她的合法权力。