Als die Kommissare Elisabeths auf Schloss Fotheringhay eintrafen, traten sie nicht vor eine gewöhnliche Angeklagte. Maria Stuart war Königin von Schottland, seit beinahe achtzehn Jahren in England gefangen gehalten, und die Herrscherin, die über sie zu Gericht sitzen ließ, war zugleich ihre leibliche Cousine. Der Gerichtshof war kraft eines unlängst erlassenen Gesetzes errichtet worden, das darauf abzielte, jegliche Verschwörung gegen das Leben Elisabeths mit dem Tode zu strafen. Doch eine grundlegende Frage ging allen anderen voraus: Konnte eine gekrönte Königin wie ein gewöhnlicher Untertan gerichtet werden, und dies durch Männer, die von einer anderen Königin bestallt worden waren?
Am 11. Oktober 1586 versammelten sich mehrere Kommissare im Schloss Fotheringhay in der Grafschaft Northamptonshire. Am darauffolgenden Tage überbrachten drei von ihnen Maria die Schreiben, welche die Eröffnung der Untersuchung verkündeten. Sie entgegnete, ihre Cousine kränke sie zutiefst mit diesem Argwohn – sie, die die Königin doch einst vor den Gefahren gewarnt habe, die ihr drohten. Sie erkenne das Recht Englands, über sie zu richten, keineswegs an. Man habe ihr ihre Aufzeichnungen entzogen; sie besitze weder Rechtsbeistand noch Verteidiger, und die Gesetze dieses Reiches seien ihr fremd. Sie verlangte, als Souveränin angehört zu werden, nicht als Gefangene.
Die Kommissare drängten sie zum Erscheinen. Sie weigerte sich zunächst beharrlich, die Autorität des Gesetzes anzuerkennen, auf dem ihr Mandat beruhte, erklärte sich jedoch bereit, vor einem freien Parlament und unter gewissen Bedingungen vor der Königin und deren Geheimen Rat Rede und Antwort zu stehen. Die Wechselreden zogen sich lange hin. Maria wiederholte unentwegt, sie werde sich niemals als Untertanin Elisabeths bekennen; die Kommissare hingegen hielten ihr entgegen, dass jeder, der auf englischem Boden ein Verbrechen begehe, der englischen Gerichtsbarkeit unterstehe. Schließlich willigte sie ein, vor den Schranken zu erscheinen, um ihre Ehre reinzuwaschen – freilich unter feierlicher Aufrechterhaltung ihres rechtlichen Protests.
Der Saal war wie eine sichtbare Beweisführung hergerichtet worden. Im Thronsaal stand unter einem Baldachin ein Prunksessel für Elisabeth bereit. Gegenüber, merklich niedriger und in deutlicher Distanz, war ein anderer Stuhl für Maria bestimmt. Die Königin von England erschien nicht. Rings um die Sitze nahmen der Kanzler, die Grafen, die Lords, die Richter und die mit der Vernehmung betrauten Rechtsgelehrten Platz. An diesem Tage verkündete schon das bloße Zeremoniell, wessen Souveränität der Gerichtshof durchzusetzen gedachte.
Kaum hatte sie Platz genommen, erhob sich Maria zum Einspruch. Sie erklärte von neuem, sie sei keineswegs eine Untertanin der Königin von England, erscheine jedoch vor ihnen, um die ihr zur Last gelegten Anschuldigungen zu widerlegen. Der Lordkanzler entgegnete ihr kühl, dass ihr Protest das Gesetz des Königreiches nicht aufheben könne. Sodann trug der Kronanwalt die Anklage vor: Maria habe von den Anschlägen Anthony Babingtons gewusst, diese gutgeheißen und daran mitgewirkt, die Ermordung Elisabeths in der Absicht vorzubereiten, sich selbst des Thrones zu bemächtigen.
Maria bestritt entschieden, Babington gekannt, Briefe von ihm empfangen oder jemals in der Absicht geschrieben zu haben, Elisabeth den Tod zu bringen. Sie räumte ein, mit verschiedenen Personen im Briefwechsel gestanden und ihre Befreiung ersehnt zu haben; doch dürfe man diese Korrespondenzen keineswegs als Beweis für ein mörderisches Komplott deuten. Sollte man Briefe vorlegen, die von ihrer Hand stammten, so forderte sie, möge man ihr ihre eigene Handschrift vorweisen. Die Kronjuristen hielten ihr daraufhin Abschriften, die Aussagen Babingtons sowie die Geständnisse anderer Mitverschwörer entgegen. Sie erwiderte, dass ihr fremde Worte nicht zur Last gelegt werden könnten und dass Schreiber gar wohl Dinge niederschreiben könnten, die sie ihnen niemals diktiert habe.
Der Streit spitzte sich auf zwei Männer zu: Claude Nau und Gilbert Curle, ihre beiden Geheimschreiber. Deren von den Kommissaren angeführte Aussagen stützten die Anklage und dienten dazu, die abgefangenen Chiffreschreiben mit Maria in Verbindung zu bringen. Sie verlangte unnachgiebig, dass die beiden ihr gegenübergestellt würden. Sie hegte den Verdacht, Nau könne bestochen oder eingeschüchtert worden sein, während Curle möglicherweise blindlings unter Befehl geschrieben habe, ohne den Sinn dessen zu prüfen, was er zu Papier brachte. Eine Königin, so betonte sie, dürfe nicht auf das bloße Zeugnis von Schreibern und auf Kopien hin verurteilt werden, deren Echtheit sie nicht überprüfen könne. Dennoch wurden die Zeugen während dieser Sitzung nicht vorgerufen, um ihr ins Angesicht zu blicken.
Briefe, Geheimschriften und Pläne einer ausländischen Intervention wurden eingehend erörtert. Die Räte der Krone behaupteten, der Briefwechsel offenbare die Absicht, einer spanischen Streitmacht die Tore Englands zu öffnen und Elisabeth aus dem Weg zu räumen. Maria räumte ein, dass ausländische Fürsten ihr Beistand angeboten hätten und dass sie nach Freiheit trachte; sie bestritt jedoch mit Nachdruck, dass dergleichen Schritte eine Teilnahme an einem Mordkomplott belegten. Sie rief in Erinnerung, dass viele Katholiken sie bedrängt hätten, für ihre Sache einzutreten, doch leugnete sie, gewollt zu haben, dass ihre Befreiung mit dem Blute eines Menschen erkauft werde. In diesem Saal konnten dieselben Worte – Beistand, Religion, Thronfolge – gleichermaßen als Hilferuf um Schutz wie auch als Hochverrat gegen die Krone ausgelegt werden.
Am folgenden Tag verlangte Maria erneut ihre Papiere, einen Rechtsbeistand und eine persönliche Unterredung mit Elisabeth. Die Kommissare beriefen sich starr auf das Große Siegel, das ihre Vollmacht begründete. Keiner der beiden Schreiber wurde ihr zur Gegenüberstellung vorgeführt.
Am 25. Oktober traten die Kommissare in der Sternkammer zu Westminster zusammen. Nau und Curle bestätigten dort unter Eid die Echtheit der vorgelegten Briefe und Abschriften. Daraufhin erkannte die Kommission einstimmig, dass Maria seit Juni 1584 in England gemeinsam mit Babington und anderen an Anschlägen teilgenommen habe, die auf das Leben Elisabeths abzielten. Der Spruch lautete auf Hochverrat.
Das Urteil wurde vom Parlament bestätigt und im Dezember zu London feierlich verkündet. Maria nahm die Botschaft nicht als Schmach auf. Der Chronik zufolge dankte sie Gott dafür, dass man sie als Feindin der protestantischen Religion betrachte, und bat um einen katholischen Priester, um ihr Gewissen vorzubereiten. Elisabeth ihrerseits zögerte lange, den Hinrichtungsbefehl zu unterzeichnen. Der Text von Borrow berichtet, dass sie die Vollmacht schließlich ihrem Staatssekretär Davison aushändigte und ihm alsdann vorwarf, übereilt gehandelt zu haben; der Geheime Rat jedoch, im Glauben, sie billige den Vollzug, sandte das Dokument unverzüglich nach Fotheringhay ab.
Die Grafen, die auf dem Schlosse eintrafen, eröffneten Maria, dass sie am nächsten Morgen sterben müsse. Sie bat um ihren Beichtvater; doch die Lords verweigerten ihr diesen Trost und boten ihr stattdessen einen anglikanischen Bischof an, was sie entschieden von sich wies. Am Abend speiste sie ein letztes Mal mit ihren Getreuen, hieß sie, ihre Tränen zu trocknen, las ihr Testament durch, verteilte ihren Nachlass und richtete Briefe an den König von Frankreich sowie an den Herzog von Guise, um ihr Gefolge deren Fürsorge zu empfehlen. Sie schlief wenige Stunden und verbrachte den Rest der Nacht im Gebet.
Am 8. Februar 1587 betrat Maria das Schafott, gekleidet wie zu einem Festtage, das Kruzifix in der Hand. Sie erbat die Erlaubnis, dass einige ihrer Diener in ihrer Nähe verweilen durften. Der Graf von Kent fürchtete, sie könnten abergläubische Riten vollziehen; sie erwiderte ihm gefasst, dass jene ihr lediglich das letzte Geleit geben wollten. Man verlas das Todesurteil. Der Dekan von Peterborough redete auf sie ein; sie weigerte sich standhaft, dem katholischen Glauben abzuschwören. Als die Umstehenden auf Englisch beteten, stimmte sie mit ihren Dienern ein Gebet in lateinischer Sprache an.
Sie befahl ihre Seele in die Hände Gottes, vergab denen, die sie verurteilt hatten, und legte ihr Haupt auf den Richtblock. Borrows Bericht vermerkt, dass es zweier Streiche bedurfte, um sie zu enthaupten. Die Königin von Schottland starb auf englischem Boden, ohne ihren Richtern jemals das Recht zuerkannt zu haben, über sie zu Gericht zu sitzen.