Cuando los comisarios de Isabel llegaron a Fotheringhay, no comparecían ante una acusada ordinaria. María Estuardo era reina de Escocia, recluida en Inglaterra desde hacía cerca de dieciocho años, y la soberana que ordenaba juzgarla era también su prima. La comisión había sido instituida al amparo de una ley reciente, concebida para castigar a quienes conspirasen contra la vida de Isabel. Mas una cuestión precedía a todas las demás: ¿podía una reina ser juzgada como un súbdito, por hombres designados por otra reina?
El 11 de octubre de 1586, varios comisarios se congregaron en el castillo de Fotheringhay, en Northamptonshire. Al día siguiente, tres de ellos entregaron a María las cartas que notificaban la apertura de la causa. Ella respondió que su prima la afligía al sospechar de ella, quien en otro tiempo había advertido a la reina sobre los peligros que la amenazaban. No reconocía el derecho de Inglaterra a juzgarla. Le habían incautado sus notas; carecía de consejero y de abogado; las leyes del reino le eran extrañas. Exigía ser oída como soberana, no como prisionera.
Los comisarios le aconsejaron comparecer. Se negó en un principio a reconocer la autoridad de la ley en que se fundaba el mandato, si bien declaró que respondería ante un parlamento libre y, bajo ciertas condiciones, ante la reina y su Consejo. Los intercambios fueron prolongados. María reiteraba que jamás consentiría en reconocerse súbdita de Isabel; los comisarios sostenían que quienquiera que cometiese un crimen en Inglaterra debía responder ante la ley inglesa. Finalmente, aceptó presentarse para salvar su honor, manteniendo en todo momento su protesta formal.
La sala había sido dispuesta como un alegato visual. En la cámara de presencia, un sitial de Estado aguardaba a Isabel bajo su dosel. Enfrente, a menor altura y a distancia, otra silla quedaba reservada para María. La reina de Inglaterra no acudió. En torno a los escaños tomaron asiento el canciller, los condes, los lores, los jueces y los letrados encargados de dirigir el interrogatorio. Aquel día, el propio aparato escénico manifestaba ya qué soberanía pretendía hacer valer el tribunal.
Apenas tomó asiento, María se puso en pie para protestar. Declaró que no era súbdita de la reina de Inglaterra, pero que comparecía no obstante a fin de rebatir los hechos que se le imputaban. El canciller le replicó que su protesta no podía derogar la ley del reino. El sargento de la reina expuso a continuación el cargo: María habría conocido el proyecto de Anthony Babington, lo habría aprobado y habría coadyuvado a preparar el asesinato de Isabel, con la esperanza de ocupar su trono.
María negó haber conocido a Babington, haber recibido sus misivas o haber escrito con el propósito de matar a Isabel. Reconoció haber mantenido correspondencia con diversas personas y haber anhelado recobrar su libertad; mas no consideraba aquellos intercambios prueba alguna de un complot homicida. Si se aducían cartas de su puño, reclamaba, que le mostrasen su propia caligrafía. Los letrados le opusieron transcripciones y las declaraciones de Babington, así como las confesiones de otros conjurados. Ella argüía que las palabras ajenas no podían serle imputadas y que los secretarios bien podían redactar aquello que ella jamás había dictado.
El debate se concentró en dos hombres: Claude Nau y Gilbert Curle, sus secretarios. Sus declaraciones, esgrimidas por los comisarios, sustentaban la acusación y servían para vincular a María con las cartas cifradas. Ella exigió que fuesen oídos en su presencia. Sospechaba que Nau podía haber sido sobornado o intimidado, y que Curle había escrito bajo sus órdenes sin verificar el contenido vertido en el papel. Sostenía que no se podía condenar a una reina basándose en testimonios de secretarios y en copias sobre las cuales ella no ejercía control alguno. Con todo, ninguno fue llamado a comparecer ante ella durante aquella audiencia.
Se examinaron las cartas, los códigos y los proyectos de intervención extranjera. Los consejeros aseveraban que la correspondencia revelaba el designio de franquear el paso de Inglaterra a un ejército español y apartar a Isabel del camino. María admitía que ciertos príncipes extranjeros le habían brindado su auxilio y que procuraba alcanzar su libertad; impugnaba que tales gestiones demostrasen su participación en un asesinato. Recordó que los católicos la instaban a defender su causa y negaba desear que su liberación se comprase con la sangre de persona alguna. En aquella estancia, los mismos términos —socorro, religión, sucesión— podían interpretarse como un ruego de amparo o como una amenaza contra la Corona.
Al día siguiente, María solicitó de nuevo sus papeles, un letrado y una audiencia con Isabel. Los comisarios invocaron el gran sello en que se fundaba su mandato. Ninguno de los dos secretarios acudió a declarar frente a ella.
El 25 de octubre, los comisarios se congregaron en la Cámara Estrellada, en Westminster. Nau y Curle confirmaron allí bajo juramento las cartas y las copias presentadas. La comisión dictaminó por unanimidad que, desde junio de 1584, María había participado en Inglaterra, junto con Babington y otros conjurados, en tramas que atentaban contra la vida de Isabel. La sentencia la declaró culpable de alta traición.
El veredicto fue ratificado por el Parlamento y proclamado públicamente en Londres en diciembre. María no lo acogió como una afrenta. Según la crónica, dio gracias a Dios por ser tenida por enemiga de la religión protestante y solicitó un sacerdote católico para disponer su conciencia. Isabel, por su parte, vacilaba en estampar su firma en la orden de ejecución. El relato de Borrow refiere que finalmente entregó el mandato a su secretario Davison, para luego reprocharle haber obrado con excesiva premura; el Consejo, creyendo contar con su aprobación, despachó el documento a Fotheringhay.
Los condes que llegaron al castillo notificaron a María que moriría al día siguiente. Solicitó recibir a su confesor, mas los nobles le negaron dicho consuelo y le ofrecieron en su lugar un obispo anglicano, ofrecimiento que ella rehusó. Al caer la tarde, cenó con sus servidores, les rogó que cesaran en su llanto, repasó su testamento, distribuyó sus enseres y escribió misivas al rey de Francia y al duque de Guisa en favor de su casa. Durmió unas horas y consagró el resto de la noche a la oración.
El 8 de febrero de 1587, María avanzó hacia el cadalso ataviada con solemnidad de gala y con un crucifijo en la mano. Pidió que algunos de sus criados pudieran permanecer a su lado. El conde de Kent temía que consumasen algún rito que juzgaba supersticioso; ella le replicó que tan solo deseaban despedirse. Se le leyó la orden de ejecución. El deán de Peterborough se dirigió a ella; María se negó a abjurar de la fe católica. Mientras los demás oraban en inglés, ella rezó en latín junto a sus sirvientes.
Encomendó su alma a Dios, perdonó a quienes la habían condenado y se tendió sobre el tajo. El relato de Borrow señala que fueron precisos dos golpes para decapitarla. La reina de Escocia expiró en Inglaterra sin haber reconocido jamás a sus jueces la potestad de juzgarla.