La bouteille avait déjà servi à condamner Étienne Pacot avant que les jurés de Lons-le-Saulnier ne concluent qu’il n’était même pas établi qu’un empoisonnement eût eu lieu. Entre ces deux phrases, l’abbé passa par trois instructions, deux longues détentions au secret, une condamnation à mort et un recours dont les papiers furent retenus. Quand le dernier jury l’acquitta, il le fit en l’absence de l’accusé. La justice lui rendait sa liberté ; elle ne lui rendait ni ses biens ni les années pendant lesquelles le soupçon avait occupé sa vie.
Pacot était prêtre et propriétaire à Bourberain, en Côte-d’Or. La Révolution l’avait forcé à quitter sa paroisse ; il s’était retiré sur ses terres. Un homme nommé Prétot vint s’établir dans la commune. Le mémoire que Pacot publierait plus tard présente d’abord leur relation comme celle d’un hôte accueilli sans défiance, puis décrit des vols commis dans sa maison et deux tentatives contre sa personne. À la première, Prétot aurait tiré par la fenêtre ; Nicolas Miel, qui l’accompagnait, en fit ensuite le récit à la justice. La seconde eut lieu sur la route de Bèze, le 7 nivôse an VII : un coup de pistolet fut tiré sur Pacot. Le jury estima que Prétot n’avait pas eu l’intention de le tuer ; il ne reçut qu’un mois de prison et vingt-cinq francs d’amende.
L’affaire qui entraîna l’arrestation de Pacot commença par une demi-bouteille. Le 7 germinal an IX, Prétot raconta à deux fermiers de Pacot que sa femme et lui avaient bu la moitié d’un liquide qui lui avait été adressé deux jours auparavant comme échantillon de vin. Deux officiers de santé furent arrêtés dans la commune et invités à goûter le reste. L’un trouva la liqueur douce et ne sentit qu’une légère chaleur après un délai ; l’autre la jugea corrosive. Le récit ne décrit aucune altération visible de la santé de Prétot. Il ne prévint pas tout de suite le maire, dont la maison était séparée de la sienne par un mur, ni le juge de paix, qui était son ami.
Prétot se rendit à Dijon à pied, puis retourna à Bourberain avant de porter plainte le lendemain. Il déclara alors ne pas connaître l’auteur du crime. Il retira sa plainte dans les vingt-quatre heures. Peu après, des rumeurs désignèrent Pacot ; Prétot déclara à son tour l’avoir soupçonné dès le début, parce qu’il n’avait pas d’autre ennemi. Selon le mémoire de l’abbé, la femme qui aurait vu les vomissements de Prétot fut encouragée à le dire lors d’un interrogatoire, bien qu’elle n’eût pas observé ces symptômes. La version du poison et la première accusation se construisaient ainsi au fil des démarches, plutôt que par une plainte immédiate accompagnée d’un examen médical.
Pacot fut arrêté. Prétot se présenta avec un fusil pour accompagner la gendarmerie. Louise Poinsot, domestique de l’abbé, fut arrêtée elle aussi. Une perquisition par deux gendarmes ne trouva pas d’arsenic ; deux jours plus tard, le juge de paix recommença la visite avec le beau-frère de l’accusateur comme témoin. Ce dernier avait quitté son troupeau pour aller à sa rencontre. Le mémoire lui attribue ensuite l’aveu d’avoir reçu de Prétot un cornet de poudre blanche destiné à être placé furtivement dans la maison de Pacot.
Il restait un fond de limonade médicinale contenant du sel d’oseille. Plutôt que d’appeler d’abord un expert, le juge de paix fit avaler la boisson à un poussin et enferma l’animal dans une soupière close. La domestique souleva le couvercle avant qu’il ne suffoque. Dans le récit de Pacot, l’incident montre combien un essai mal conduit aurait pu être pris pour la preuve d’un empoisonnement. L’abbé et Louise furent maintenus au secret : quatre-vingt-dix jours pour lui, tandis que l’instruction cherchait à établir que sa domestique avait porté la bouteille à Prétot.
Des enfants dirent avoir aperçu une fille portant un flacon. Ils reconnurent certains vêtements ressemblant à ceux de Louise, mais leur description du visage restait incertaine : l’un croyait pouvoir la reconnaître, les autres n’avaient pas assez regardé. Dans les interrogatoires, rapporte le mémoire, on insista auprès de Louise et on lui suggéra qu’une accusation sauverait sa propre vie. Le directeur du jury lui aurait dit que son maître était convaincu et qu’elle périrait avec lui ; quatre hommes entrèrent ensuite en lui promettant la prison ouverte si elle confirmait ce que la justice prétendait déjà savoir. Louise ne prononça pas l’accusation attendue.
À la première étape, le jury d’accusation déclara unanimement qu’il n’y avait pas lieu de poursuivre Pacot. Louise fut cependant renvoyée devant le tribunal, à cause de contradictions relevées dans ses déclarations. Puis un problème d’âge apparut : l’un des jurés de cette première délibération n’avait pas trente ans. Le commissaire du gouvernement demanda l’annulation de la procédure. Le tribunal criminel de Dijon cassa les décisions cinq mois après leur prononcé, alors que personne n’avait attaqué dans le délai la déclaration favorable à Pacot. Une nouvelle information recommença contre lui.
Le 1er nivôse an X, les gendarmes arrêtèrent de nouveau l’abbé à neuf heures du soir et saisirent ses papiers, que, selon son mémoire, il ne récupéra jamais. Cette fois, il demeura cent trois jours au secret. Une troisième instruction associa Pacot et Louise à une autre servante. Les trois furent renvoyés devant la cour d’assises après qu’un jury d’accusation eut été reconstitué de façon contestée. Un juré dit plus tard qu’on l’avait fait venir pour remplacer un absent, mais que tout était fini et qu’il n’avait eu qu’à signer ; un autre raconta que les magistrats leur avaient dit de ne pas prendre part à la décision.
Douze jurés spéciaux devaient statuer sur le sort de Pacot ; cinq manquaient. Le mémoire affirme qu’on les remplaça sans tirage au sort, par désignation arbitraire. Un témoin de la poursuite, commis-greffier de la première instruction, déclara avoir entendu Louise dire qu’elle avait porté la bouteille sans en connaître le contenu. Louise répondit qu’il lui avait lui-même répété qu’une telle déclaration suffirait à la faire libérer. Le greffier se tut. Pourtant, Pacot entendit prononcer contre lui la peine de mort. Les deux domestiques furent acquittées. Le verdict criminel et les irrégularités dont l’abbé se plaignait semblaient alors se rejoindre au pire endroit : dans une sentence qu’il n’avait presque aucun moyen de faire examiner.
Il lui restait trois jours pour se pourvoir en cassation. Enfermé, Pacot ne parvenait pas à faire parvenir sa demande aux magistrats. Son frère aîné, revenu d’émigration, réussit à entrer dans son cachot et à lui fournir les moyens de recours. Quarante jours passèrent avant que les pièces du procès soient envoyées à la Cour suprême. Entre-temps, les conditions de détention et la maladie de Pacot avaient empiré. Louise vendit à son frère le peu qu’elle possédait et partit à pied pour Paris. Elle demanda audience au ministre de la Justice, le comte Abrial, qui lui promit d’ordonner l’envoi des documents.
Pacot écrivit au commissaire du gouvernement pour demander pourquoi les dossiers n’étaient toujours pas partis. Il reçut le jour même une note disant qu’ils avaient été expédiés depuis dix jours. Abrial ne les reçut pourtant que le 3 thermidor, deux jours après la date de la lettre. La Cour de cassation finit par annuler l’arrêt de mort parce que les jurés n’avaient pas été tirés au sort. Dix-sept jours s’écoulèrent avant que cette décision fût notifiée à Pacot ; trente autres avant son transfert à Lons-le-Saulnier.
Le nouveau jury se prononça à l’unanimité : Pacot n’était pas coupable, et il n’était pas établi qu’un empoisonnement eût même eu lieu. Prétot soutenait avoir absorbé une forte dose et n’avoir souffert que de coliques et de vomissements. À l’audience, l’avocat de Pacot lui opposa le contenu de la bouteille et le mit au défi d’en prendre le quart de ce qui restait. Prétot garda le silence. Le chroniqueur présente cette scène comme le moment où l’accusation s’effondra ; le verdict, lui, fut un acquittement rendu hors de la présence de Pacot. Il ne put donc pas conclure contre son dénonciateur dans cette même audience.
La détention avait également atteint les biens de l’abbé. Pour payer les frais de la première procédure, ses propriétés furent mises en vente. Le mémoire rapporte qu’un des juges de Pacot en acquit une. Il demanda ensuite une réparation pour sa famille, affirmant ne pas agir pour lui-même, désormais âgé de plus de quatre-vingts ans. En 1817, lorsqu’il porta ses réclamations, des magistrats le condamnèrent comme calomniateur. La pièce qu’il publia ensuite avec l’avocat Dupin reprenait au contraire son innocence et demandait pourquoi la société pouvait poursuivre sans jamais réparer le tort causé par une erreur.
À Saint-Sulpice, Pacot reprenait encore cette question auprès de l’écrivain L. Hubert, auteur d’une nouvelle consacrée à l’accusé absous. Les deux hommes examinaient les limites d’une indemnité : comment chiffrer des journées de prison, une santé perdue, des affaires détruites et les atteintes portées à une famille ? Hubert exposait les raisons d’ordre public qui rendaient une réparation difficile ; Pacot revenait à son expérience propre, celle d’un homme condamné à mort pour un empoisonnement que le dernier jury ne tenait même pas pour établi. Champagnac dit que cette idée dominait désormais la vie de l’abbé, alors placé dans une maison de santé. Son mémoire n’avait pas seulement conservé la suite des jugements : il portait la question à laquelle, après sa libération, il ne cessa plus de demander réponse.