An Bord der Burnet beteuerten die Seeleute später, sie hätten Einspruch erhoben, ehe Richard Pye starb. John Jayne, der Kapitän, züchtigte ihn mit solcher Härte, dass der Erste Steuermann und ein weiterer Mann in Carolina schließlich das Schiff verließen. Ihr Fortgang setzte den Schlägen kein Ende. Vor Gericht rekonstruierte die Anklage die letzten Lebenswochen des jungen Schiffsjungen anhand der Aussagen jener, die das Deck mit ihm geteilt hatten: eine zu säumig herbeigebrachte Laterne, ein Stück Pudding, eine Nacht in eisiger Kälte und schließlich ein Körper, der nicht mehr zu sprechen vermochte.
Die Anklageschrift datiert die tödlichen Misshandlungen auf den 15. März 1725, verübt an Bord der Burnet auf hoher See, weniger als dreißig Leguas vor der Küste South Carolinas. Pye habe noch bis zum 21. März dahingesiecht. John Jayne, Seemann aus London, wurde am 26. Mai 1725 vor ein Seegericht der Admiralität geladen. Er erklärte an Eides statt, zwei wesentliche Entlastungszeugen, Kapitän Samuel Jennings und ein Mann namens Morpeth, seien vor etwa vierzehn Tagen wieder in See gestochen. Das Gericht vertagte daraufhin die Verhandlung.
Das Verfahren wurde am 25. April 1726 wiederaufgenommen. Die Männer der Burnet wurden in den Zeugenstand gerufen. Richard Faring gab zu Protokoll, er habe während der Überfahrt von Bristol nach South Carolina auf dem Schiff des Kapitäns gedient. Das Schicksal Pyes, des Kajütenjungen, sei ihm derart besorgniserregend erschienen, dass er und andere Seeleute Jayne gewarnt hätten: Sollte er nicht einhalten, würden sie das Schiff bei der Ankunft verlassen. Laut Faring taten der Steuermann Ireland und ein weiterer Matrose genau dies.
Irelands Abschied zog an Land ein juristisches Nachspiel nach sich. Nachdem er die Behandlung Pyes öffentlich angeprangert hatte, wurde der Seemann von Jayne wegen Ehrabschneidung und Verleumdung verklagt, wie Faring bekundete, und geriet in Carolina in schwere Unkosten und Bedrängnis. Ireland war von Bord gegangen, um dem grausamen Schauspiel zu entfliehen; nun hielt ihn der Rechtsstreit mit seinem ehemaligen Kapitän vor den Kolonialbehörden fest.
Anthony Harper heuerte am 29. Dezember 1724 in Carolina auf der Burnet an, nachdem er eingewilligt hatte, Jayne für die Heimreise als Steuermann zu dienen. Das Schiff, beladen mit Pech und Reis, sollte Kurs auf Bristol nehmen. Harper waren die Klagen gegen den Kapitän bereits zu Ohren gekommen. Als er Pye befragte, vertraute der Junge ihm an, er habe zwar einige Tage ohne Prügel verlebt, erwarte jedoch, dass die Qualen von Neuem begännen, sobald man auf See sei. Mehrmals habe er zu fliehen versucht – sei es, indem er das Ufer zu erreichen suchte, sei es, indem er auf ein anderes Schiff flüchtete –, man habe ihn jedoch stets daran gehindert.
Wenig später verließ das Schiff Charles Town in Richtung der Reede von Rebellion Road. Harper berichtete, dass die Gewalttaten alsbald wieder einsetzten. Jayne zerrte den Knaben stets nach Lee, abgewandt von den benachbarten Schiffen, damit dessen Schreie die dortigen Besatzungen nicht erreichten. In einer Nacht kollidierte die Burnet mit dem Ankertau eines Kapitäns Jollop. Jayne befahl Pye, Licht zu bringen; da der Knabe die Laterne nicht hurtig genug herbeitrug, versetzte er ihm, so Harper, mehrere Stiche mit einer Klinge nahe am Kopf. Der Kapitän behauptete später, er habe lediglich einen kleinen Schlüssel geführt. Harper bezeichnete die Waffe als Federmesser.
Auf offener See wurden Nahrung und Nachtruhe ihrerseits zu Anlässen für Züchtigungen. Weil er sich an einem Stück Pudding aus der Backkiste vergriffen hatte, soll Pye mit einem Sandsack und eisernen Gewichten um den Hals beschwert worden sein. Seine Arme wurden ausgestreckt und mit einem Besenstiel auf dem Rücken fixiert; Jayne stieß und schlug ihn über das Deck. Harper sagte aus, der Kapitän habe gelacht, während der Knabe sich wand. Daraufhin hielt man den Jungen im Freien, inmitten bitterer Kälte, und verabreichte ihm seine Kost ungekocht. Diese Strafe währte etwa eine Woche, so Harper.
Mitten in seiner Nachtwache fand Harper den Jungen auf den Knien vor, wie er darum flehte, hinabsteigen zu dürfen, um sich zu wärmen und einen Bissen zu essen. Er erlaubte ihm, unter Deck zu schlüpfen, während Jayne in seiner Kajüte schlief. Ein anderes Mal, wegen eines Stücks Schiffspastete und eines Schlucks Rum aus einem Krug, sei der Knabe entkleidet, in derselben Haltung gefesselt, ausgepeitscht und bis vier Uhr morgens so belassen worden. Harper bat wiederholt darum, von solchen Szenen verschont zu bleiben. Seine Worte an Jayne – wenn er beschlossen habe, den Jungen umzubringen, so solle er dies nicht vor seinen Augen tun – verdeutlichen, dass die Mannschaft die tödliche Gefahr wohl erkannte, ihr jedoch keinen Einhalt zu gebieten vermochte.
Harper berichtete weiter, Pye sei schließlich Tag und Nacht an den Mast gebunden worden. Jayne habe ihm in den Leib getreten und ihn mit Wasser übergossen. Eines Nachts, nachdem er ihn wegen des Verlusts eines Beils gegeißelt hatte, befahl der Kapitän dem Seemann William Phipps, durch ein Sprachrohr zu blasen, während das Kind schrie, um dessen Wehklagen zu übertönen. Als Pye zu benommen war, um auf den Beinen zu bleiben, schickte Jayne ihn unter Deck. Harper sagte aus, er habe seinen Kopf gegen die Niedergangsleiter geschlagen und dann einen eisernen, mit Wasser gefüllten Kessel nach ihm geschleudert. Das Eisen verletzte ihn am Kopf; Jayne habe ihm daraufhin nasse Lumpen ins Hemd gestopft, um seine Pein noch zu mehren, so das Protokoll.
Das Zeugnis beschreibt einen Körper, der von Striemen und Blutergüssen übersät war und sich verfärbte. Pye habe für etwa zwei Tage die Sprache verloren; selbst in diesem Zustand blieb er an den Mast gebunden. Harper schätzte die Zeitspanne, in der der Knabe diesen Misshandlungen ausgesetzt war, auf achtundvierzig Tage, bis zu seinem Tode gegen Ende März, als sich das Schiff nahe den Westlichen Inseln befand. Diese achtundvierzig Tage umreißen eine Kette fortgesetzter Qualen, während die Anklageschrift die tödlichen Verwundungen auf den März eingrenzt. Auch die geografischen Angaben beziehen sich nicht auf denselben Augenblick: Die Anklage verortet die tödlichen Schläge nahe South Carolina, während Harper das Ableben in die Nähe der Westlichen Inseln legt. Anthony Willis bestätigte Harpers Bericht in weiten Teilen, namentlich das Verstummen der letzten Tage und Pyes Fesselung am Mast.
Am 25. April 1726 wurde Jayne erneut vor die Schranken gerufen und plädierte auf nicht schuldig. Die Quelle überliefert die Zeugenaussagen und das Urteil der Geschworenen: schuldig, Verurteilung zum Tode. Richard Pye hatte vor diesen Richtern nicht mehr selbst berichten können, was er erlitten hatte. Harper hatte sein Flehen um Schutz bezeugt; Faring den Protest der Mannschaft; Willis die zwei Tage, an denen der Knabe nicht mehr sprach.
Am Freitag, dem 13. Mai 1726, gegen zehn Uhr morgens, verließ Jayne den Newgate-Kerker in stark geschwächtem Zustand. Man bettete ihn auf einen Karren und fuhr ihn im Schritttempo zum Execution Dock. Die Menge bangte, er könne vor der Ankunft verscheiden; als er sich ein wenig zu erholen schien, frohlockte das Volk. Auf dem Schafott händigte er dem High Constable ein Papier aus und verhüllte sein Antlitz mit dem Hut. So verharrte er während des Gebets des Geistlichen, sprach jedoch jedes Wort nach. Als dieser Abschied nahm, richtete sich Jayne in heftiger Erregung auf, rief Gott um Beistand an und erflehte Gnade für seine Seele. Man schritt zur Hinrichtung. Nach dem Tode legte ein Schmied dem Leichnam Ketten an, woraufhin dieser auf dem Wasserwege fortgeschafft und nahe dem königlichen Pulvermagazin zu Greenwich in Ketten aufgehängt wurde. Auf der Burnet hatte Jayne die Schreie des Schiffsjungen durch den Lärm eines Sprachrohrs ersticken lassen. Vor Gericht hatten die Männer, die diese Schreie vernommen hatten, ihnen endlich Gehör verschafft.