A bordo del Burnet, los demás marineros afirman haber protestado antes de que Richard Pye muriera. John Jayne, el capitán, lo golpeaba con tal dureza que el segundo de a bordo y otro tripulante acabaron por abandonar el navío en Carolina. Su partida no puso fin a los castigos. Durante el juicio, la acusación reconstruye las últimas semanas del joven grumete a partir de las palabras de quienes habían compartido la cubierta con él: una petición de luz atendida con demasiada lentitud, un trozo de pudín, una noche a la intemperie y, finalmente, un cuerpo incapaz de articular palabra.
El acta de acusación sitúa los golpes mortales el 15 de marzo de 1725, a bordo del Burnet, en alta mar, a menos de treinta leguas de Carolina del Sur. Pye habría languidecido hasta el 21 de marzo. John Jayne, marinero de Londres, es convocado ante un tribunal del Almirantazgo el 26 de mayo de 1725. Declara bajo juramento que dos testigos de relieve, el capitán Samuel Jennings y Morpeth, se hicieron a la mar unas dos semanas antes. El tribunal aplaza entonces el juicio.
La vista se reanuda el 25 de abril de 1726. Los hombres del Burnet son llamados a declarar. Richard Faring afirma haber servido en la nave del capitán durante la travesía desde Bristol hacia Carolina del Sur. La suerte de Pye, el criado de cabina, le pareció tan alarmante que él mismo y otros marineros advirtieron a Jayne: si no cesaba, abandonarían el buque a la llegada. Según Faring, el segundo oficial Ireland y otro marinero hicieron exactamente eso.
La partida de Ireland tuvo consecuencias en tierra. Tras haber hablado del trato infligido a Pye, el marinero fue demandado por Jayne por difamación y calumnia, sostiene Faring, viéndose envuelto en gastos y penalidades en Carolina. Ireland había desembarcado para escapar de semejante espectáculo; la querella con su antiguo capitán lo retenía ahora ante las autoridades de la colonia.
Anthony Harper se incorporó al Burnet en Carolina, el 29 de diciembre de 1724, tras aceptar el puesto de segundo oficial de Jayne para el viaje de regreso. El navío, cargado de pez y arroz, debía alcanzar Bristol. Harper ya conocía las quejas contra el capitán. Al interrogar a Pye, el muchacho le dijo que llevaba unos días sin recibir golpes, pero que temía que se reanudaran en cuanto estuvieran en alta mar. Había intentado escapar en varias ocasiones, ya fuera ganando la orilla o subiendo a otra embarcación; siempre se lo habían impedido.
La nave no tardó en dejar Charles Town para fondear en Rebellion Road. Harper relata que la violencia recomenzó. Jayne llevaba al muchacho a sotavento, apartado de las otras naves vecinas, para que sus gritos no llegaran hasta sus tripulaciones. Una noche, el Burnet chocó contra el cable del ancla del capitán Jollop. Jayne ordenó a Pye que trajera una luz; como el grumete no se apresuró lo suficiente, le propinó, según Harper, varias cuchilladas cerca de la cabeza. El capitán alegó más tarde que solo se trataba de una pequeña llave. Harper, por su parte, identifica el objeto como una navaja.
En alta mar, el alimento y el descanso se convirtieron a su vez en motivo de castigo. Por haber tomado pudín de la despensa, Pye fue supuestamente lastrado con un saco de arena y piezas de hierro colgadas del cuello. Le estiraron los brazos y se los ataron a la espalda con un palo de escoba; Jayne lo empujaba y lo golpeaba por la cubierta. Harper refiere que el capitán reía mientras la víctima forcejeaba. Después mantuvieron al muchacho al sereno, en pleno frío, y le sirvieron la comida cruda. El tormento duró cerca de una semana, relata Harper.
En mitad de su guardia nocturna, Harper halló a Pye de rodillas, implorándole bajar a resguardarse y comer algo. El oficial le permitió descender bajo cubierta mientras Jayne dormía en su camarote. En otra ocasión, por un pedazo de pastel marinero y un poco de ron tomado de una jarra, el muchacho fue presuntamente desnudado, atado en la misma posición, azotado y abandonado así hasta las cuatro de la madrugada. Harper solicitó varias veces que lo apartaran de tales escenas. Su frase a Jayne —que si había resuelto matar al muchacho, no lo hiciera ante sus ojos— evidencia que la tripulación comprendía el riesgo sin acertar a impedirlo.
Harper refiere después que ataron a Pye al mástil día y noche. Jayne le propinaba patadas en el vientre y le arrojaba agua. Una noche, tras haberlo azotado por el extravío de un hacha, el capitán ordenó a William Phipps que soplara por un megáfono mientras el muchacho gritaba, a fin de ahogar sus lamentos. Cuando Pye estuvo demasiado aturdido para sostenerse en pie, Jayne lo envió bajo cubierta. Harper declara que le estrelló la cabeza contra la escala y luego le arrojó un caldero de hierro lleno de agua. El metal le hirió la cabeza; acto seguido, Jayne le introdujo trapos húmedos por la camisa para acrecentar su sufrimiento, según la declaración testimonial.
El testimonio describe un cuerpo que se cubría de hematomas y mudaba de color. Pye habría perdido el habla durante unos dos días; aun así, continuaba atado al mástil. Harper calcula en cuarenta y ocho días el tiempo durante el cual el chico soportó los malos tratos, hasta su muerte a finales de marzo, hallándose el barco cerca de las islas Terceras. Estos cuarenta y ocho días describen una sucesión continua de sevicias, mientras que el acta de acusación aísla las heridas mortales sufridas en marzo. Las indicaciones geográficas tampoco conciernen al mismo momento: el acta sitúa los golpes fatales cerca de Carolina del Sur, mientras que Harper ubica el óbito en las inmediaciones de las islas Terceras. Anthony Willis corroboró gran parte del relato de Harper, en particular el silencio de los últimos días y la sujeción de Pye al mástil.
El 25 de abril de 1726, Jayne fue conducido de nuevo ante el estrado y se declaró inocente. Las fuentes recogen las declaraciones y, a continuación, el veredicto del jurado: culpable, con condena a la pena de muerte. Richard Pye no había podido narrar en persona ante aquellos jueces lo que había padecido. Harper había transmitido su ruego de amparo; Faring, las protestas de la tripulación; Willis, las dos jornadas en que el muchacho ya no hablaba.
El viernes 13 de mayo de 1726, hacia las diez de la mañana, Jayne abandonó Newgate visiblemente debilitado. Lo acomodaron en una carreta y lo condujeron lentamente hasta Execution Dock. La multitud temía que muriera antes de llegar; cuando pareció recobrar un ápice de fuerzas, la chusma celebró el alivio. Ya sobre el cadalso, entregó un papel al alto alguacil y se cubrió el rostro con el sombrero. Así permaneció durante la oración del clérigo, repitiendo sin embargo cada palabra. Al despedirse este, Jayne se incorporó presa de una honda agitación, imploró el auxilio de Dios y suplicó clemencia para su alma. Se procedió al ahorcamiento. Tras la muerte, un herrero sujetó los hierros al cadáver, que fue transportado por vía fluvial y suspendido con cadenas cerca del polvorín real de Greenwich. A bordo del Burnet, Jayne había mandado apagar los alaridos del grumete con el bramido de un megáfono. Ante el tribunal, los hombres que habían escuchado aquellos lamentos terminaron por hacerlos audibles.