Am 9. Februar 1555 bat John Hooper darum, dem Feuer weiteres Holz beizugeben. Er stand, an den Pfahl geschmiedet, die Beine bereits von den Flammen versehrt, während das noch grüne Reisig nur zögernd Feuer fing. „Um Gottes willen, gute Leute, gebt mir mehr Feuer!“, überliefert George Borrow in seiner Kompilation aus dem Jahre 1825.
Die Richtstätte war vor dem Priesterkollegium zu Gloucester errichtet worden, im Sprengel eben jener Diözese, in der Hooper das Wort verkündet hatte. Dieser Ort führte den Verurteilten mitten in den einstigen Wirkungskreis seines geistlichen Amtes zurück. Er hatte einst Europa durchwandert, um den Religionsverfolgungen zu entgehen, und war nach England zurückgekehrt, als die Regierungszeit Eduards VI. der Reformation Bahn brach. Man hatte ihn zum Bischof von Gloucester und Worcester erhoben. Unter Maria Tudor wurden ebenjene Lehren, die er verkündet hatte, zum Anlass seiner Gefangensetzung und seines Todes.
Hooper hatte in Oxford die Gottesgelehrtheit studiert. Als er begann, gewisse Lehrsätze und Bräuche der römischen Kirche anzufechten, musste er die Universität verlassen und nach Deutschland fliehen. Später ließ er sich in der Schweiz nieder, wo er bis zum Tode Heinrichs VIII. verweilte. Nach seiner Rückkehr nach England widmete er sich mit allem Eifer der Verbreitung der Reformation. Der junge König Eduard VI. übertrug ihm nacheinander zwei Bischofssitze, zunächst Gloucester, sodann Worcester, und belohnte damit jenen Eifer, den ihm die Chronik zuschreibt.
Der Thronwechsel zugunsten Marias veränderte seine Lage binnen kurzem von Grund auf. Die Doktoren Heath und Bonner, Bischöfe, die unter der vorangegangenen Regentschaft ihrer Ämter enthoben worden waren, legten Berufung gegen ihn ein. Hooper selbst hatte Bonner einst bei Eduard VI. wegen Missachtung der damals geltenden Gesetze angezeigt; Heath war seiner Diözese beraubt worden. Nun wurde Hooper nach London entboten, um sich zu verantworten. Seine Freunde rieten ihm dringend, der Hauptstadt fernzubleiben. Er kannte die Gefahren, die mit dem Wiedererstarken des katholischen Einflusses einhergingen, und hätte abermals fliehen können; dennoch erwiderte er nach den Worten, die Borrow ihm beilegt, er sei einst geflohen, nun aber gerufen, bei seiner Herde auszuharren.
Sein erstes Erscheinen vor dem von Bischof Gardiner geleiteten Staatsrat drehte sich um seine Verehelichung sowie um die leibliche Gegenwart Christi in der Eucharistie. Auf die Frage, ob er verheiratet sei, antwortete Hooper mit Ja und fügte hinzu, dass ihn von seinem Weibe nichts scheiden werde, bis der Tod sie scheide. Befragt nach den Gründen für seine Ablehnung des eucharistischen Dogmas, berief er sich auf die Heilige Schrift und zitierte die Worte des Apostels Petrus aus der Apostelgeschichte (3, 21). Die Schreiber nahmen seine Antworten zu Protokoll. Ein Entschluss der privaten Lebensführung und eine theologische Differenz wurden so in ein und derselben Anklageakte zusammengeführt.
Gardiner eröffnete ihm einen Weg zur Umkehr. Wenn er den unter der vorigen Herrschaft verbreiteten Irrtümern abschwöre, die Vorherrschaft des Papstes anerkenne und sich wieder mit der katholischen Kirche vereinige, könne er der königlichen Gnade und des päpstlichen Segens teilhaftig werden und in seine Würden wiedereingesetzt werden. Hooper wies dies von sich. Er erklärte, er könne denjenigen nicht als Haupt der Kirche anerkennen, dessen Lehren in seinen Augen denen Christi zuwiderliefen. Er fügte hinzu, dass er sich der Gnade der Königin für jedes Vergehen unterwerfe, das er unwissentlich begangen haben mochte, nicht jedoch um den Preis dessen, was er vor Gott als sein Gewissen erachtete.
Die Drohung blieb nicht verhüllt. Man warnte Hooper, die Königin werde jenen keine Gnade gewähren, die sich der päpstlichen Gerichtsbarkeit verweigerten. Ein drittes Mal vor Gardiner und die Kommissare geladen, beharrte er auf seinem Standpunkt. Seine Degradierung und die Übergabe an den weltlichen Arm wurden verfügt. In der Gefängniskapelle von Newgate vollzog der Bischof von London die vorgeschriebene Zeremonie. Achtzehn Monate verharrte Hooper in Haft und litt unter schweren Ischiasbeschwerden, die Borrow dieser langen Einkerkerung zuschreibt.
Es wurde beschlossen, das Urteil in Gloucester zu vollstrecken. Diese Rückkehr barg eine besondere Grausamkeit in sich: Hooper sollte in jener Diözese sterben, in der er gelehrt hatte, vor den Augen derer, denen er einst die Lehren gepredigt hatte, deren Widerruf man nun von ihm forderte. Eine Eskorte königlicher Wachen führte ihn in die Stadt und quartierte ihn bei der Ankunft in einer Herberge ein.
Sir Anthony Kingston, einer der zur Beaufsichtigung der Hinrichtung bestellten Kommissare, suchte ihn auf. Er war ein vormaliger Freund. Borrow schildert, wie er beim Anblick Hoopers in Tränen ausbrach. Kingston beschwor ihn, den einzigen Ausweg zu ergreifen, den er noch sah: seine Überzeugungen zu verleugnen, um das nackte Leben zu retten. Hooper erwiderte, er wolle von den Lehren, die er in diesem Bistum verkündet habe, nicht abweichen. Vielmehr bat er seinen Freund, dafür zu beten, dass er bis zum Ende standhaft bleibe.
Am selben Abend übergaben die Wachen Hooper den Sheriffs von Gloucester. Der Bürgermeister und die Ratsherren erschienen, um ihn zu begrüßen. Er rief ihnen ins Gedächtnis, was er sie gelehrt hatte, und bat darum, ein rasches, loderndes Feuer möge sein Ende beschleunigen; zugleich ermahnte er sie, sich durch sein Schicksal nicht entmutigen zu lassen. Sie sollten sich vielmehr freuen, dass es ihm vergönnt sei, für eine Sache zu leiden, die er für ruhmvoll hielt. Nach diesem Besuch zog er sich in eine Kammer zurück und schlief für eine Weile. Danach erhob er sich, um in der Stille zu beten und Betrachtungen anzustellen.
Am Morgen der Hinrichtung ließen die Kommissare ihn auffordern, sich bereitzumachen. Etwa eine Stunde später führte man ihn von der Herberge zur Richtstätte, angetan mit einem Gewand, das ihm sein Wirt geliehen hatte, einen Hut auf dem Haupte und einen Stab in der Hand. Infolge der Ischiasbeschwerden hinkte er mühsam einher. Eine dichte Menschenmenge hatte sich eingefunden. Borrow berichtet, dass fast aus allen Augen Tränen flossen. Hooper bemerkte, dass das Volk vielleicht gekommen sei, um noch einmal seine Stimme zu vernehmen; einst habe er ihnen verkündet, was er für Gottes Wort hielt, und weil er sich weigere, dies zu leugnen, sei er verurteilt. Man gestattete ihm jedoch nicht, zu der Menge zu sprechen.
Er kniete nieder zum Gebet. Ein Kästchen wurde herbeigebracht, von dem es hieß, es enthalte einen Begnadigungsbrief unter der Bedingung seines Widerrufs. Hooper verlangte, man solle es fortschaffen. Lord Chandos befahl, mit dem Richtwerk fortzufahren, doch der Verurteilte erbat sich die Frist aus, sein Gebet zu beenden. Er stand auf, entkleidete sich bis auf das Hemd und barg das Schießpulver, das ihm ein Wächter in einer Blase zugesteckt hatte, zwischen den Schenkeln und unter den Achseln. Dann band man ihn an den Pfahl. Er forderte die Anwesenden auf, mit ihm das Vaterunser zu beten.
Als der Scharfrichter ihn um Verzeihung bat, erwiderte Hooper, er habe ihm niemals ein Unrecht getan. Der Mann erklärte, man habe ihn geheißen, das Feuer zu entzünden. „Daran sündigst du nicht an mir“, sprach Hooper zu ihm und forderte ihn auf, seines Amtes zu walten. Er klemmte sich ein Bund Schilfrohr unter jeden Arm und wies an, wohin das übrige zu legen sei. Die Reisigbündel waren noch feucht und wollten nicht recht brennen; das Feuer brauchte lange, um die Schilfhalme um seinen Leib zu erfassen, und die Marter zog sich qualvoll hin. Hooper betete. Der Wind wehte heftig; nach Borrows Bericht verbrannten zuerst die unteren Gliedmaßen, während die Flammen den Oberkörper kaum berührten. Man musste ein neues Feuer mit weiteren Reisigbündeln entfachen. Da war es, dass er um mehr Holz flehte.
Die Menge kam seinem Ruf nach und trug weiteres Reisig herbei; endlich griffen die Flammen auf den oberen Teil seines Körpers über. Borrow berichtet, Hooper habe daraufhin wiederholt ausgerufen: „Herr Jesu, erbarme dich meiner!“, und danach: „Nimm meinen Geist auf!“ Der Chronist schätzt, dass die Todesqual fast eine Stunde währte. Seine Zunge schwoll derart an, dass er kein Wort mehr hervorbringen konnte; doch seine Lippen bewegten sich unentwegt fort. Schließlich sank er vor den Augen des Volkes in sich zusammen.