Il primo quesito posto dalla corte non mirava ad accertare se Harry Garnet avesse materialmente acceso la miccia. Guy Fawkes era stato colto in flagrante accanto alla polvere da sparo sotto il Parlamento; altri complici erano fuggiti, taluni erano caduti nello scontro, i superstiti già condannati. Garnet compariva alla sbarra più tardi, accusato di aver fomentato la congiura e, soprattutto, di averne avuto contezza senza farne denuncia. Era il superiore dei gesuiti in Inghilterra: per ricostruire i suoi atti, i commissari regi dovevano sbrogliare una matassa di colloqui, missive e una linea di confine oltremodo sottile: che cosa apprende un sacerdote in confessione, e che cosa gli è lecito tacere al proprio re?
Il 26 ottobre 1605 Lord Monteagle ricevette una lettera anonima che gli sconsigliava di presenziare all'imminente cerimonia d'apertura del Parlamento. Vi si preannunciava un «colpo terribile», senza precisare chi avrebbe colpito né con quali mezzi. Giacomo I dispose accurate perquisizioni. Durante la seconda ispezione, la sera del 4 novembre, gli uomini di Thomas Knyvett scovarono Fawkes e i barili di polvere nei sotterranei di Westminster; l'arresto scattò quella notte stessa. Il piano mirava all'inaugurazione dell'assemblea fissata per l'indomani, 5 novembre, ma fu sventato un istante prima di essere innescato.
I fuggiaschi tentarono di raccogliere sostenitori nelle Midlands. Catesby e Percy rimasero uccisi durante l'inseguimento; altri furono catturati. Garnet non si trovava lungo quella strada. L'accusa lo dipinse come l'ispiratore morale dei cospiratori, maestro di quella dottrina che rendeva legittimo il regicidio e artefice dei loro giuramenti. Era il ritratto tracciato da una pubblica accusa risoluta ad addossare ai gesuiti l'intera responsabilità della trama. Nel corso dell'udienza, Garnet ammise alcuni contatti e l'omessa rivelazione di quanto giunto a sua conoscenza; negò tuttavia di essere stato l'architetto del piano.
Il giudizio contro i superstiti si era celebrato a Westminster in gennaio. Il 28 marzo 1606, a Guildhall, Garnet fu tradotto dinanzi a un altro collegio giudicante. L'accusa riesumò una lunga cronologia di sedizioni passate, di sacerdoti inviati oltremanica e di presunte manovre per propiziare un'invasione spagnola. Tali antecedenti servivano a corroborare la tesi secondo cui la congiura delle polveri non fosse l'atto isolato di pochi gentiluomini, bensì il coronamento d'una politica gesuitica. Una ricostruzione di indubbia efficacia oratoria, che da sola non bastava però a provare cosa Garnet sapesse, né in quale momento ne fosse stato ragguagliato.
Il punto più insidioso traeva origine da un quesito sollevato da Catesby. A detta dell'accusa, questi avrebbe domandato se fosse lecito sacrificare degli innocenti per la causa cattolica, e Garnet gli avrebbe risposto che la cosa poteva ritenersi ammissibile. L'imputato contestò l'uso strumentale di quel colloquio: affermò di aver replicato a un principio teologico generale, non di aver concesso il proprio beneplacito all'attentato.
Il nodo non riguardava soltanto il momento in cui Garnet aveva appreso del disegno criminoso. Egli dichiarò di averne ricevuti i particolari sotto il sigillo sacramentale della confessione. Rivelarli avrebbe costituito, a suo dire, la violazione di un dovere sacro; per gli accusatori, tale vincolo non poteva autorizzare alcuno a lasciare la persona del re e l'intero reame sull'orlo della rovina. Garnet sostenne che, dopo aver ascoltato le parole di Greenwell sul complotto, ne era rimasto sconvolto e lo aveva scongiurato di distogliere Catesby dall'impresa. La corona replicò che egli aveva seguitato ad assistere i congiurati, pregando per il successo dell'opera. Il processo oppose così il silenzio del confessionale alla responsabilità di un uomo che ammetteva di sapere, pur negando di aver mai impartito ordini.
I giudici lo incalzarono sui momenti in cui si era intrattenuto con Catesby e Greenwell, sugli incontri avvenuti al di fuori del sacramento e sulla sua condotta allorché comprese che il disegno procedeva. L'imputato non negò di esserne venuto a conoscenza; ribadì però che la fonte, le intenzioni e le colpe non potevano essere confuse.
Il conte di Salisbury rievocò una conversazione tra Garnet e il gesuita Hall, intercettata da due testimoni. Vi si menzionava un particolare relativo a una preghiera, addotto poi dall'accusa a riprova del fatto che Garnet avesse invocato l'esito fausto della congiura. Garnet riconobbe di aver pregato, ma sostenne che il suo timore era rivolto all'inasprimento delle leggi contro i cattolici. Si fronteggiavano due visioni inconciliabili: per la corte, un'orazione pronunciata in quel frangente confermava la complicità; per l'imputato, non costituiva affatto un'approvazione del massacro.
L'accusa diede quindi lettura di una lettera di Francis Tresham, perito nella Torre prima del processo. Secondo i magistrati, Tresham, ormai privo di forze per scrivere, l'aveva dettata al proprio servitore nelle ultime ore di vita: vi asseriva di non vedere Garnet da sedici anni e intendeva così ritrattare le prime accuse. Garnet riconobbe invece d'aver incontrato Tresham in tempi recenti; interrogato su tale ritrattazione, insinuò che il moribondo avesse forse inteso «equivocare». Fu quindi chiamata a deporre Anne Vaux. La donna dichiarò d'aver ospitato Garnet e Tresham a cena nella propria dimora tre o quattro volte dall'ascesa del re, e svariate volte prima; ricordava che Garnet li esortava alla calma e alla preghiera. Ne collocò la presenza anche nella tenuta di Tresham, nel Northamptonshire, e a Erith l'estate precedente. Garnet confermò queste dichiarazioni. Quegli incontri smentivano la tesi dei sedici anni, senza tuttavia dimostrare che il prelato avesse ordinato di far saltare il Parlamento.
Garnet replicò inoltre alle imputazioni di aver preparato una sollevazione armata e brigato per ottenere appoggi esteri. Ammise di essere stato consultato circa un intervento spagnolo e di aver vergato lettere di raccomandazione. Sostenne che tali passi miravano al sollievo dei cattolici, non alla rovina del re; riconobbe tuttavia di aver taciuto i propositi di uomini che sapeva risoluti a un'azione di sangue. La corte gli contestò di non aver impedito ciò che affermava di disapprovare, benché godesse, in qualità di superiore, di piena autorità sugli altri gesuiti.
Sul finire dell'udienza fu data pubblica lettura dei verbali d'interrogatorio. I commissari gli rinfacciarono le precedenti ammissioni, la corrispondenza epistolare e le testimonianze di Hall e della Vaux. Garnet scongiurò la giuria di non pronunciare una condanna sulla base di mere presunzioni, ribadendo di non aver preso parte direttamente al complotto. I giurati si ritirarono per meno di un quarto d'ora. Il verdetto fu di colpevolezza. Invitato a dichiarare se avesse qualcosa da opporre alla sentenza capitale, Garnet si rimise alla clemenza del sovrano e alla misericordia di Dio.
Il 3 maggio fu condotto al patibolo eretto nei pressi della cattedrale di Saint Paul. I ministri di culto che lo avevano esortato lo invitarono a svelare ogni eventuale altra trama. Rispose di essersi preparato a morire. Nella sua pubblica dichiarazione domandò perdono al re per aver celato quanto aveva saputo. Condannò le finalità del complotto, asserendo che lo avrebbe esecrato qualora fosse andato a compimento. Per il resto rimandò alle confessioni rese al processo, rifiutando di farsi passare per l'uomo che aveva disposto la polvere.
Mentre pregava, si interruppe a più riprese per volgere lo sguardo intorno e replicare a ciò che udiva tra la folla. Il recorder gli rammentò che la morte era imminente; Garnet replicò di non fare uso di equivoci e di non sapere nulla più di quanto già confessato. Chiese che gli fosse fatto un cenno prima che la botola si aprisse. Gli risposero che non doveva attendersi altro che l'esito fatale. Quindi fu impiccato.