La primera cuestión que ocupaba al tribunal no era dilucidar si Harry Garnet había prendido la mecha. Guy Fawkes había sido hallado junto a la pólvora en los sótanos del Parlamento; otros hombres habían huido, algunos cayeron abatidos y los supervivientes fueron condenados. Garnet comparecía más tarde, acusado de haber alentado la conspiración y, sobre todo, de haber tenido noticia de ella sin denunciarla. Ostentaba el cargo de superior de los jesuitas en Inglaterra, pero, para determinar sus actos, los comisionados debían desentrañar una maraña de conversaciones, cartas y una frontera sumamente delicada: ¿qué llega a saber un sacerdote en confesión y qué le es lícito callar ante el rey?
El 26 de octubre de 1605, lord Monteagle recibió una misiva anónima en la que se le aconsejaba no acudir a la inminente apertura del Parlamento. Advertía de un «golpe terrible» sin precisar los ejecutores ni el método. Jacobo I ordenó registrar el edificio. Durante la segunda inspección, en la noche del 4 de noviembre, los hombres de Thomas Knyvett descubrieron a Fawkes y los barriles de pólvora bajo Westminster; el reo fue detenido esa misma noche. La conjura tenía por blanco la solemne apertura de las Cámaras prevista para el día siguiente, 5 de noviembre, pero se desbarató antes de que pudiera consumarse.
Los fugitivos intentaron sumar apoyos en las Midlands. Catesby y Percy resultaron muertos durante la persecución; otros acabaron entre rejas. Garnet no cabalgaba con ellos. La fiscalía lo retrató como el verdadero instigador de los conjurados, artífice de la doctrina que declaraba lícito el tiranicidio y director de sus juramentos. Esta semblanza emanaba de unos procuradores resueltos a achacar a la Compañía de Jesús la autoría intelectual de todo el complot. A lo largo del juicio, Garnet admitió ciertos contactos y haber ocultado lo que había sabido; no obstante, negó con firmeza haber sido el artífice del plan.
La vista judicial contra los cabecillas supervivientes se había celebrado en Westminster en enero. El 28 de marzo de 1606, en el Guildhall de Londres, Garnet compareció ante una nueva comisión. La acusación desgranó una prolija cronología de conspiraciones precedentes, sacerdotes enviados al continente y supuestos empeños por propiciar una invasión española. La totalidad de estos antecedentes servía a la tesis de que la conspiración de la pólvora no era la empresa aislada de un puñado de caballeros, sino la culminación de una política urdida por los jesuitas. Tal argumentación poseía un indudable vigor retórico; sin embargo, no demostraba por sí sola qué sabía Garnet con exactitud, ni en qué fecha.
El nexo más turbio arrancaba con una consulta planteada por Catesby. A decir de la fiscalía, este había inquirido si era legítimo sacrificar a inocentes en aras de la causa católica, a lo que Garnet habría respondido que tal extremo podía ser lícito. Garnet rebatió la interpretación que se daba a aquel intercambio: sostuvo haber contestado a una hipótesis teórica de carácter general, sin extender jamás una autorización para el atentado.
La dificultad del caso no radicaba únicamente en averiguar cuándo se había enterado Garnet del proyecto. El jesuita alegaba haber recibido ciertos pormenores bajo el sigilo de la confesión sacramental. Revelarlos habría vulnerado, según su doctrina, un deber religioso ineludible; para sus acusadores, semejante mandato divino no podía amparar el abandono del rey y del reino a la destrucción. Garnet aseguró que, tras oír al padre Greenwell referirse a la trama, quedó profundamente consternado y le rogó que disuadiera a Catesby de su empresa. La acusación replicaba que había continuado prestando auxilio a los traidores y rezado por el buen éxito del designio. El proceso enfrentó así el secreto inviolable del confesionario con la responsabilidad de un súbdito que reconocía haber estado al corriente, si bien rehusaba admitir haberlo ordenado.
La corte le interrogó con minuciosidad acerca de las fechas de sus pláticas con Catesby y Greenwell, sus encuentros fuera del fuero sagrado y su proceder al advertir que los preparativos seguían su curso. El encausado no negó haber alcanzado dicho conocimiento; insistió, empero, en que no debían confundirse el origen de sus noticias, sus intenciones personales y su grado de responsabilidad penal.
El conde de Salisbury sacó a relucir una conversación mantenida entre Garnet y el jesuita Hall, oída por dos testigos apostados al efecto. En ella se mencionaba una plegaria, circunstancia que la corona empleó como indicio de que Garnet había implorado a Dios la victoria de la trama. El reo reconoció el rezo, pero adujo que sus temores obedecían entonces a la inminente promulgación de nuevas leyes contra los católicos. Las lecturas de los hechos resultaban irreconciliables: a ojos del tribunal, una oración proferida en el momento oportuno acreditaba su complicidad; según él, no entrañaba beneplácito alguno hacia la matanza.
La acusación ordenó dar lectura a una epístola de Francis Tresham, fallecido en la Torre antes de comparecer ante la corte. Según los fiscales, al encontrarse postrado e imposibilitado para escribir, Tresham la había dictado a su criado en sus últimas horas: afirmaba en ella no haber visto a Garnet en dieciséis años y declaraba retractarse de su primera delación. Garnet admitió haber vuelto a ver a Tresham; requerido sobre el móvil de aquel desmentido agónico, aventuró que el moribundo quizá había recurrido al arte de la «equivocación». Se llamó a continuación a Anne Vaux. La testigo relató haber acogido a Garnet y a Tresham a su mesa en tres o cuatro ocasiones desde la entronización del monarca, además de otras tantas con anterioridad; recordó asimismo que el padre jesuita les exhortaba siempre a la mesura y la oración. Situó asimismo otros encuentros en la hacienda de Tresham, en Northamptonshire, y en Erith durante el estío precedente. Garnet ratificó este testimonio. Estas estancias desmentían la ausencia de trato durante dieciséis años, si bien no probaban que el superior jesuita hubiese dado orden de volar el Parlamento.
Garnet hubo de responder asimismo a los cargos de haber promovido una insurrección y solicitado socorro militar en cortes extranjeras. Concedió que se le había consultado respecto a una posible intervención de España y que remitió cartas de recomendación. Defendió que tales gestiones procuraban el amparo de los católicos y no el magnicidio de su soberano; con todo, reconoció haber silenciado los propósitos de hombres a los que sabía resueltos a perpetrar una acción sangrienta. Los jueces le afearon no haber impedido aquello que decía reprobar, teniendo en cuenta que ostentaba, en calidad de superior, autoridad efectiva sobre los demás miembros de su orden.
Hacia el término de la sesión, se dio lectura pública a las actas de sus interrogatorios. Los magistrados le confrontaron con sus manifestaciones previas, su correspondencia y las deposiciones de Hall y de Vaux. Garnet suplicó a los jurados que no fundamentasen una condena en meras presunciones y reiteró que jamás había participado de manera directa en el complot. El jurado deliberó menos de un cuarto de hora. Lo declaró culpable de alta traición. Al preguntársele si tenía algo que manifestar antes de oír la sentencia de muerte, Garnet se encomendó a la piedad regia y a la infinita misericordia divina.
El 3 de mayo fue conducido al cadalso alzado en las inmediaciones de la catedral de San Pablo. Los ministros protestantes que le habían exhortado volvieron a instarle a desenmascarar cualquier otra conjura secreta. Replicó que ya se hallaba preparado para morir. En su postrera alocución pública, imploró el perdón del rey por haber mantenido en la sombra lo que había llegado a sus oídos. Condenó con firmeza el designio del atentado, afirmando que lo habría aborrecido con el alma si hubiese triunfado. En cuanto al resto, se remitió a las confesiones leídas en el proceso, sin presentarse en momento alguno como el ejecutor que dispuso la pólvora.
Mientras rezaba, interrumpió su oración en repetidas ocasiones para dirigir la mirada a su alrededor y replicar a los comentarios del gentío. El magistrado le recordó que sus minutos estaban contados; Garnet aseveró que no empleaba equívoco alguno y que ignoraba más datos que los ya manifestados. Solicitó que se le diese aviso antes de que el verdugo retirara el apoyo bajo sus pies. Se le respondió con frialdad que no aguardara más que un único desenlace. Acto seguido, fue ahorcado.