Die erste Frage des Gerichts galt keineswegs dem Umstand, ob Henry Garnet selbst die Lunte an das Pulver gelegt hatte. Guy Fawkes war mit den Fässern unter dem Parlamentsgebäude ergriffen worden; andere waren geflohen, einige im Gefecht gefallen, die Überlebenden bereits verurteilt. Garnet stand erst später vor seinen Richtern, angeklagt, den Anschlag begünstigt und vor allem darum gewusst zu haben, ohne Anzeige zu erstatten. Er bekleidete das Amt des Superiors der Jesuiten in England, doch um seine Taten zu ermessen, mussten die Kommissare ein schwer entwirrbares Geflecht aus Gesprächen, Briefen und einer heiklen Grenze freilegen: Was erfährt ein Priester im Beichtstuhl, und was darf er dem König verschweigen?
Am 26. Oktober 1605 erhielt Lord Monteagle ein anonymes Schreiben, das ihm dringend anriet, der bevorstehenden Eröffnung des Parlaments fernzubleiben. Es kündigte einen »schrecklichen Schlag« an, ohne freilich zu nennen, wer ihn führen werde oder auf welche Weise. Jakob I. befahl Nachforschungen. Bei einer zweiten Durchsuchung in den Abendstunden des 4. November stießen die Männer des Thomas Knyvett unter den Gewölben von Westminster auf Fawkes und das Schießpulver; noch in derselben Nacht wurde er festgenommen. Der Anschlag galt der für den folgenden Tag, den 5. November, anberaumten feierlichen Parlamentseröffnung, ward jedoch vereitelt, ehe das Werk vollbracht werden konnte.
Die Flüchtigen suchten in den Midlands Beistand an sich zu ziehen. Catesby und Percy fanden auf der Flucht den Tod; andere fielen den Häschern lebend in die Hände. Garnet befand sich nicht auf der Landstraße. Die Anklage zeichnete ihn gleichwohl als den geistigen Urheber der Verschwörer, als Meister jener Lehre, die den Tyrannenmord erlaube, und als Urheber ihrer Eide. Dies war das Bild der königlichen Ankläger, die den Jesuiten die Urheberschaft an der gesamten Konspiration zur Last legen wollten. Im Verlaufe des Verfahrens räumte Garnet gewisse Kontakte sowie das Verschweigen des Erfahrenen ein; ein Rädelsführer des Anschlags gewesen zu sein, bestritt er indessen entschieden.
Der Prozess gegen die überlebenden Verschwörer hatte im Januar zu Westminster stattgefunden. Am 28. März 1606 fand sich Garnet in der Londoner Guildhall vor einer neuerlichen Kommission ein. Die Anklagebehörde holte weit aus und rekapitulierte eine lange Kette früherer Verschwörungen, ins Ausland entsandter Priester und mutmaßlicher Bemühungen um eine spanische Invasion. All diese Präzedenzfälle sollten den Beweis erbringen, dass der Pulververrat kein isoliertes Unternehmen einiger Edelleute gewesen sei, sondern der folgerichtige Endpunkt einer jesuitischen Politik. Diese Geschichtskonstruktion entfaltete erhebliche rednerische Wucht; sie bewies für sich genommen freilich noch nicht, was Garnet gewusst hatte und zu welcher Stunde.
Die verfänglichste Verbindung knüpfte sich an eine Frage Catesbys. Den Vorwürfen der Anklage zufolge hatte Catesby sich erkundigt, ob es für die katholische Sache gestattet sei, auch Unschuldige zu opfern, worauf Garnet erwidert haben soll, solches könne unter Umständen erlaubt sein. Garnet verwahrte sich gegen die Auslegung dieses Wortwechsels: Er habe lediglich auf einen allgemein gehaltenen Lehrsatz geantwortet, keineswegs aber die Bahn für ein Attentat freigegeben.
Die Schwierigkeit lag nicht allein in dem Zeitpunkt, zu dem Garnet von dem Vorhaben Kunde erhielt. Er beteuerte, gewisse Einzelheiten unter dem unverbrüchlichen Siegel der sakramentalen Beichte empfangen zu haben. Diese preiszugeben, hätte nach seiner Überzeugung eine heilige religiöse Pflicht verletzt; nach Ansicht seiner Richter durfte eine solche Pflicht niemals rechtfertigen, König und Reich ins Verderben laufen zu lassen. Garnet versicherte, er sei zutiefst erschüttert gewesen, als Greenwell ihm von der Verschwörung sprach, und habe diesen beschworen, Catesby von seinem Beginnen abzubringen. Die Anklage beharrte darauf, er habe den Verschwörern weiter Vorschub geleistet und für das Gelingen des Anschlags gebetet. So stieß in diesem Prozess das Geheimnis des Beichtstuhls hart auf die Verantwortung eines Mannes, der zwar einräumte, gewusst, doch stets leugnete, befohlen zu haben.
Der Gerichtshof befragte ihn eingehend über die Gelegenheiten, da er mit Catesby und Greenwell verhandelt hatte, über Zusammenkünfte außerhalb des Beichtstuhls und über seine Handlungen in dem Augenblick, als ihm schwante, dass der Plan reifte. Er leugnete nicht, Kenntnis erlangt zu haben; er hielt jedoch daran fest, dass Quelle, Gesinnung und Schuld nicht in eins fielen.
Der Graf von Salisbury kam auf eine Unterredung zwischen Garnet und dem Jesuiten Hall zurück, die von zwei Zeugen belauscht worden war. Ein beiläufig erwähntes Gebet wurde ihm zur Last gelegt, als handele es sich um den Beweis, Garnet habe den Himmel um den Erfolg des Unternehmens angefleht. Garnet gab das Gebet zu, beteuerte jedoch, er habe damals lediglich neue Bedrückungen und Gesetze gegen die Katholiken gefürchtet. Hier prallten zwei unvereinbare Auslegungen aufeinander: Für das Gericht bestätigte ein zur rechten Zeit gesprochenes Gebet das Einverständnis mit der Tat; für ihn war es keine Billigung des Blutbads.
Die Anklage ließ daraufhin einen Brief von Francis Tresham verlesen, der vor dem Prozess im Tower verstorben war. Nach Darstellung der Ankläger war Tresham in seinen letzten Stunden zu schwach zum Schreiben gewesen und hatte das Blatt seinem Diener diktiert: Darin beteuerte er, Garnet seit sechzehn Jahren nicht gesehen zu haben, und widerrief seine frühere Bezichtigung. Garnet gab zu, Tresham sehr wohl wiedergesehen zu haben; auf diesen Widerruf befragt, deutete er an, der Sterbende habe womöglich von der »Äquivokation«, der sittlich erlaubten Zweideutigkeit, Gebrauch gemacht. Sodann wurde Anne Vaux vor die Schranken gerufen. Sie sagte aus, Garnet und Tresham seit der Thronbesteigung des Königs drei- oder viermal zum Mahle empfangen zu haben, und mehrfach zuvor; sie entsann sich, dass Garnet ihnen stets zu Mäßigung und Gebet geraten habe. Sie bestätigte weitere Begegnungen auf Treshams Landsitz in Northamptonshire sowie im vergangenen Sommer zu Erith. Garnet bestätigte diese Aussagen. Damit straften die Zusammenkünfte den Brief bezüglich der sechzehn Jahre zwar Lügen, lieferten jedoch keinen Beweis dafür, dass Garnet den Befehl erteilt hatte, das Parlament in die Luft zu sprengen.
Garnet rechtfertigte sich überdies gegen den Vorwurf, einen Aufstand vorbereitet und um Beistand an fremden Höfen geworben zu haben. Er gab zu, hinsichtlich einer spanischen Intervention befragt worden zu sein und Empfehlungsschreiben ausgestellt zu haben. Er beteuerte, diese Schritte hätten der Linderung der Not der Katholiken gedient, nicht dem Untergang des Monarchen; freilich räumte er ein, die Absichten von Männern verschwiegen zu haben, von denen er wusste, dass sie ein blutiges Werk planten. Das Gericht hielt ihm vor, er habe dasjenige nicht verhütet, was er nun missbilligen wolle, wiewohl ihm als Superior die geistliche Aufsicht über die anderen Jesuiten zukam.
Am Ende der Verhandlung wurden die Protokolle seiner Verhöre öffentlich verlesen. Die Kommissare hielten ihm seine früheren Aussagen, seine Briefe sowie die Zeugnisse von Hall und Vaux entgegen. Garnet appellierte an die Geschworenen, ihn nicht auf bloße Vermutungen hin zu verurteilen, und wiederholte, an der eigentlichen Verschwörung nicht unmittelbar beteiligt gewesen zu sein. Die Geschworenen zogen sich für weniger als eine Viertelstunde zurück. Sie erkannten auf schuldig. Auf die Frage, was er vor der Verkündung des Urteils noch vorzubringen habe, befahl sich Garnet der Gnade des Königs und Gottes an.
Am 3. Mai wurde er zum Schafott geführt, das unweit der St.-Pauls-Kathedrale errichtet worden war. Die Geistlichen, die ihn ermahnten, forderten ihn auf, etwaige weitere Umtriebe zu offenbaren. Er erwiderte, er habe sich auf das Sterben bereitet. In seiner öffentlichen Erklärung bat er den König um Vergebung dafür, dasjenige verschwiegen zu haben, was ihm zu Ohren gekommen war. Er verdammte das Ziel der Verschwörung und bekräftigte, er hätte sie verabscheut, wäre sie vollbracht worden. Im Übrigen verwies er auf seine vor Gericht verlesenen Bekenntnisse, ohne sich als jener Mann darzustellen, der das Pulver gelegt hatte.
Während des Gebets hielt er mehrfach inne, blickte um sich und antwortete auf die Zurufe, die an sein Ohr drangen. Der Stadtrichter mahnte ihn, dass er nunmehr dem Tode ins Auge blicke; Garnet erwiderte, er gebrauche keine Zweideutigkeiten und wisse nichts weiter als das, was er bekannt habe. Er bat darum, gewarnt zu werden, ehe man ihn fallen ließe. Man antwortete ihm, er habe nur noch einen einzigen Ausgang zu gewärtigen. Daraufhin ward er gehängt.