La première question de la cour n’était pas de savoir si Harry Garnet avait allumé la mèche. Guy Fawkes avait été trouvé avec la poudre sous le Parlement; d’autres hommes s’étaient enfuis, certains avaient été tués, les survivants condamnés. Garnet comparaissait plus tard, accusé d’avoir encouragé le complot et surtout de l’avoir connu sans le dénoncer. Il était le supérieur des jésuites en Angleterre, mais, pour établir ce qu’il avait fait, les commissaires devaient démêler des conversations, des lettres et une frontière délicate : qu’apprend un prêtre dans une confession, et que peut-il taire au roi ?
Le 26 octobre 1605, lord Monteagle reçut une lettre anonyme qui lui conseillait de ne pas se rendre à l’ouverture prochaine du Parlement. Elle annonçait un « coup terrible » sans dire qui frapperait ni comment. Jacques Ier ordonna des recherches. Lors de la seconde fouille, dans la soirée du 4 novembre, les hommes de Thomas Knyvett découvrirent Fawkes et la poudre sous Westminster; il fut arrêté cette nuit-là. Le complot visait l’ouverture du Parlement prévue le lendemain, 5 novembre, mais avait été découvert avant qu’il pût être déclenché.
Les fugitifs cherchèrent à rallier des appuis dans les Midlands. Catesby et Percy furent tués lors de la poursuite; d’autres furent arrêtés. Garnet n’était pas sur la route. L’accusation le décrivit comme l’inspirateur des conspirateurs, maître de la doctrine qui rendait le meurtre licite et organisateur de leurs serments. Ce portrait venait de procureurs qui voulaient imputer aux jésuites la responsabilité de tout le complot. Au cours du procès, Garnet reconnut certains contacts et la dissimulation de ce qu’il avait appris; il nia avoir été un artisan du projet.
Le procès des survivants s’était tenu à Westminster en janvier. Le 28 mars 1606, à Guildhall, Garnet se retrouva devant une autre commission. L’accusation reprit une longue chronologie de complots antérieurs, de prêtres envoyés à l’étranger et d’efforts supposés pour obtenir une invasion espagnole. Tous ces précédents servaient à soutenir que le complot de poudre n’était pas une initiative de quelques gentilshommes, mais l’aboutissement d’une politique jésuite. Cette histoire avait une force oratoire; elle ne prouvait pas à elle seule ce que Garnet savait, ni à quel moment.
Le lien le plus trouble commençait par une question de Catesby. Selon l’accusation, Catesby avait demandé si l’on pouvait sacrifier des innocents pour la cause catholique, et Garnet lui avait répondu que cela pourrait être permis. Garnet contesta l’usage qu’on faisait de cet échange : il disait avoir répondu à une proposition générale, non donné le feu vert à l’attentat.
La difficulté ne tenait pas seulement au moment où Garnet avait appris le projet. Il disait en avoir reçu certains détails dans une confession sacramentelle. Les révéler aurait violé, selon lui, une obligation religieuse; pour ses accusateurs, ce devoir ne pouvait justifier de laisser le roi et le royaume exposés. Garnet affirma qu’après avoir entendu Greenwell parler du complot, il avait été bouleversé et lui avait demandé de détourner Catesby de son entreprise. L’accusation soutenait qu’il avait continué à aider les conspirateurs et prié pour le succès du projet. Le procès opposait ainsi le secret du confessionnal à la responsabilité d’un homme qui reconnaissait avoir su, sans admettre avoir commandé.
La cour l’interrogea sur les moments où il avait parlé avec Catesby et Greenwell, sur leurs rencontres hors du confessionnal et sur ce qu’il avait fait lorsqu’il comprit que le projet avançait. Il ne nia pas que la connaissance lui était venue; il soutenait que sa source, ses intentions et sa responsabilité ne se confondaient pas.
Le comte de Salisbury revint sur une conversation entre Garnet et le jésuite Hall, entendue par deux témoins. Un détail de prière y avait été mentionné, puis repris à charge comme preuve que Garnet avait demandé le succès du complot. Garnet reconnut la prière, mais soutint qu’il craignait alors des lois nouvelles contre les catholiques. Les interprétations se heurtaient : pour la cour, une prière prononcée au bon moment confirmait l’adhésion; pour lui, elle n’était pas une approbation du massacre.
L’accusation fit lire une lettre de Francis Tresham, mort dans la Tour avant le procès. Selon les procureurs, trop faible pour écrire, Tresham l’avait dictée à son serviteur dans ses dernières heures : il affirmait ne pas avoir vu Garnet depuis seize ans et voulait retirer sa première accusation. Garnet reconnut avoir revu Tresham; interrogé sur cette rétractation, il suggéra que l’agonisant avait peut-être voulu « équivoquer ». Anne Vaux fut appelée à son tour. Elle dit avoir reçu Garnet et Tresham à dîner chez elle trois ou quatre fois depuis l’arrivée du roi, et plusieurs fois auparavant; elle se souvenait que Garnet leur conseillait le calme et la prière. Elle les situa aussi chez Tresham, dans le Northamptonshire, et à Erith l’été précédent. Garnet confirma ses déclarations. Les visites démentaient la lettre sur les seize années, sans établir pour autant que Garnet avait donné l’ordre de faire sauter le Parlement.
Garnet répondit aussi aux accusations d’avoir préparé une insurrection et d’avoir cherché des soutiens à l’étranger. Il admit qu’on l’avait consulté au sujet d’une intervention espagnole et qu’il avait envoyé des lettres de recommandation. Il soutint que ces démarches visaient le secours des catholiques, non la destruction du roi; il reconnut toutefois avoir tu les intentions d’hommes qu’il savait engagés dans une action sanglante. La cour lui reprocha de n’avoir pas empêché ce qu’il disait désapprouver, alors qu’il détenait, comme supérieur, une autorité sur les autres jésuites.
À la fin de l’audience, les textes de ses interrogatoires furent lus en public. Les commissaires lui opposèrent ses déclarations antérieures, ses lettres et les témoignages de Hall et de Vaux. Garnet demanda au jury de ne pas le condamner sur de simples présomptions et répéta qu’il n’avait pas directement pris part au complot. Le jury se retira moins d’un quart d’heure. Il le déclara coupable. À la question de savoir ce qu’il pouvait dire avant le jugement, Garnet se remit à la miséricorde du roi et de Dieu.
Le 3 mai, il fut conduit à l’échafaud dressé près de Saint-Paul. Les ministres qui l’avaient exhorté l’invitèrent à dénoncer tout autre complot. Il répondit qu’il s’était préparé à mourir. Dans sa déclaration publique, il demanda pardon au roi pour avoir caché ce qu’il avait appris. Il condamna la visée du complot, affirmant qu’il l’aurait détestée si elle avait abouti. Il renvoya aux confessions produites au procès pour le reste, sans se présenter comme l’homme qui avait placé la poudre.
Pendant qu’il priait, il s’interrompit à plusieurs reprises pour regarder autour de lui et répondre à ce qu’il entendait. Le recorder lui rappela qu’il allait mourir; Garnet répondit qu’il n’équivoquait pas et n’en savait pas davantage que ce qu’il avait confessé. Il demanda qu’on l’avertît avant qu’on le laissât tomber. On lui répondit qu’il ne devait attendre qu’un seul dénouement. Puis il fut pendu.