法廷の第一の諮問は、ヘンリー・ガーネットみずからが導火線に火を放ったか否かではなかった。ガイ・フォークスはすでに議事堂の地下で火薬樽とともに捕縛され、一味の男たちは逃走の果てに討ち取られるか、あるいは捕らえられて刑に服していた。遅れて召喚されたガーネットに課せられた容疑は、謀議を教唆したこと、とりわけその全容を知りながら告発を怠った点にあった。イングランドにおけるイエズス会の管区長であった彼が何に手を染めたのかを突き止めるため、審問官らは錯綜する風説、往復書簡、そして極めて繊細な境界線に踏み込まねばならなかった。すなわち、司祭は告解の場において何を聞き知り、国王に対していかなる沈黙を守ることが許されるのかという問いである。
一六〇五年十月二十六日、モンティーグル卿の許に、開会間近の議会への出席を見合わせるよう忠告する一通の匿名書簡が届いた。そこには「恐るべき打撃」が予告されていたものの、誰がいかなる手管でそれを下すかは記されていなかった。ジェームズ一世の命による再度の捜索が行われた十一月四日の宵、トマス・ナイヴェットの手勢がウェストミンスターの地下でフォークスと火薬を発見し、その夜のうちに捕縛した。翌十一月五日の議会開会式を狙ったこの凶行は、まさに火蓋が切られる寸前に露見したのである。
逃亡した一味はミッドランズ地方で気勢を上げようと図ったが、追撃を受けたケイツビーとパーシーは討ち死にし、生き残った者たちも悉く捕縛された。その逃走の隊列にガーネットの姿はなかった。検察側は彼を、陰謀者らを唆した黒幕であり、国王弑逆を正当化する教義を説き、血判状の誓いを結ばせた首魁であると断じた。これは、陰謀の全責任をイエズス会に帰そうとする検察官の意図に基づく筋書きであった。公判においてガーネットは、一味との接触や知り得た事実の秘匿こそ認めたものの、計画の立案者たることは断固として否定した。
生き残った首謀者たちの裁判は一月にウェストミンスターで結審していた。一六〇六年三月二十八日、ギルドホールの別設法廷に引き出されたガーネットに対し、検察は過去の謀議、海外への司祭派遣、スペイン勢力の引き入れ工作といった長大な前歴を列挙した。これら前触れのすべては、火薬陰謀事件が一部の暴徒による単独行ではなく、イエズス会の深謀遠慮の帰結であると論証するためのものであった。雄弁を尽くしたその論告も、それ自体がガーネットの関知の度合いや時期を直ちに立証するものではなかった。
疑惑の最も濃い接点は、ケイツビーが発したとされる問いに端を発していた。検察の主張によれば、ケイツビーがカトリックの大義のために無辜の民を犠牲にすることは許されるかと問うた際、ガーネットは正当化され得ると答えたという。これに対しガーネットは、その対話の解釈に異議を唱えた。あれはあくまで一般論としての神学的問いに答えたに過ぎず、襲撃計画への青信号を与えたものではないと反論したのである。
論点は、ガーネットが計画を察知した時期のみにとどまらなかった。彼は、詳細の一部は告解の秘蹟において聞かされたものだと述べた。これを露顕させることは、宗教上破るべからざる誓約に背くことになる。しかし糾弾者らにとっては、そのような宗教上の義務といえども、国王と国家を存亡の危機に晒すことの口実にはなり得なかった。ガーネットの言によれば、グリーンウェル神父から計画を聞かされた際、彼は激しく動揺し、ケイツビーをその企図から引き戻すよう強く命じたという。一方の検察は、彼が一味を幇助し続け、企ての成功を祈願していたと主張した。こうして裁判は、告解の秘匿特権と、知悉しながらも命令は下していないと言い張る男の道義的責任との対立に発展した。
法廷は、彼がケイツビーやグリーンウェルと交わした対話の時期、告解室の外での会合、そして計画の進捗を知った際に取った行動について詰問を重ねた。彼は事態を知るに至った事実そのものは否定しなかったが、情報の出所、自身の意図、そして負うべき責任の所在は峻別されるべきであると頑なに主張した。
ソールズベリー伯は、二人の証人が立ち聞きしたというガーネットとイエズス会士ホールとの密談を引き合いに出した。そこで交わされた祈りの文言が、陰謀の成就を願った証左として糾弾されたのである。ガーネットはその祈りを唱えた事実こそ認めたが、それは当時危惧されていたカトリックへの弾圧法規を恐れてのことであったと釈明した。解釈は真っ向から衝突した。法廷側にとっては、時宜を得て唱えられた祈りは陰謀への加担の証拠であり、彼にとっては、決して虐殺を容認する祈祷ではなかった。
検察側は、公判を待たずロンドン塔で獄死したフランシス・トレシャムの書簡を読み上げた。検察によれば、もはや自筆能わぬほど衰弱したトレシャムが、死の床で従僕に口述筆記させたものであり、そこにはガーネットとは十六年間会っておらず、先の告発を取り消したい旨が記されていた。これに対しガーネットは、近年トレシャムと再会していた事実を認め、死に際の撤回について問われると、瀕死の男が「曖昧語法（エキヴォケーション）」を用いたのではないかと推し量った。続いてアン・ヴォーが証言台に立った。彼女の証言によれば、国王即位以来、自身の邸宅でガーネットとトレシャムを迎えて三、四度会食を共にしており、それ以前にも幾度かあったという。彼女の記憶では、ガーネットは常に平静を保ち祈りを捧げるよう諭していた。また前年の夏には、ノーサンプトンシャーのトレシャム邸やエリスでも両官が顔を合わせていたと証言した。ガーネットもこの証言を是認した。これらの私的な交わりは、十六年間会っていないという書簡の虚偽を暴いたものの、ガーネットが議事堂爆破を命じた決定打とはなり得なかった。
ガーネットはまた、反乱を扇動し海外の支援を求めたとする容疑にも弁明した。スペインによる介入の是非を相談され、推薦状を送ったことは認めた。しかしそれらの手立ては同胞の救援を目的としたものであり、国王の弑逆を企てたものではないと弁じた。それでもなお、血なまぐさい凶行に身を投じようとしていた者たちの真意を秘匿していた事実は認めざるを得なかった。管区長として他のイエズス会士を指導統督する立場にありながら、みずから否認したはずの兇挙を未然に阻止しなかった点について、法廷の厳しい追及が下された。
公判の終幕にあたり、これまでの審問調書が朗読された。審問官らは過去の供述、押収された書簡、そしてホールやヴォーの証言を突きつけ、彼の言辞の矛盾を突いた。ガーネットは陪審員らに対し、単なる憶測に基づいて断罪することのないよう懇願し、陰謀に直接関与した覚えはないと言明し続けた。陪審員が評議のために退廷した時間は、十五分に満たなかった。下された評決は「有罪」。判決言渡しを前に申し開きはあるかと問われ、ガーネットはただ国王の慈憐と神の憐れみとに身を委ねると答えた。
五月三日、彼はセント・ポール大聖堂の傍らに設営された処刑台へと引かれていった。彼を教誨した聖職者らは、いまだ露見していない他の陰謀を告発するよう促した。彼は、すでに死の用意は調っていると応じた。公の告別において、知り得た事実を隠蔽した罪について国王の赦免を乞い、同時に、もし計画が成就していたならばみずからもこれを憎悪したであろうと述べて陰謀の本質を弾劾した。その余の点については法廷に提出された供述書の通りであるとし、火薬を仕掛けた下手人として処刑されるのではないと訴えた。
祈りを捧げる間、彼は幾度となく言葉を切り、周囲を見回しては耳に届く野次や問いかけに応答した。記録官が今や死に臨む時であると告げると、ガーネットは、もはや曖昧な言葉弄しはしておらず、自白した以上のことは何も知らないと答えた。そして、足場が落とされる前に声をかけてほしいと請うたが、待っている結末は一つのみであると告げられた。やがて、彼は絞首台の露と消えた。