La fosse ne fut pas découverte au premier examen de la maison. Le 14 août 1849, des policiers entrèrent au 3, Miniver Place, à Bermondsey; le 17, après avoir déplacé deux lourdes dalles d’une cuisine arrière, ils trouvèrent le corps de Patrick O’Connor sous la terre et la chaux. Frederick et Maria Manning furent ensuite jugés pour meurtre. Le compte rendu rapporte leurs condamnations à mort, mais n’établit ni l’heure de la mort ni, à lui seul, tout ce qui s’était passé dans la maison.
Avant même d’entendre les témoins, la cour dut trancher une question de statut. L’avocat de Maria demanda qu’elle soit jugée par un jury composé en partie d’étrangers, soutenant qu’elle était une alien. L’accusation répondit que son mariage avec un sujet britannique de naissance avait changé sa situation. Le Lord Chief Baron retint ce raisonnement : le statut de Maria, selon la loi qu’il cita, était désormais celui d’une personne naturalisée. La demande de jury spécial fut rejetée. Il s’agissait alors de son statut, non de sa culpabilité.
Patrick O’Connor travaillait aux douanes comme jaugeur et logeait depuis près de cinq ans chez les sœurs Harmes, à Greenwood Street. Le 8 août, Pierce Walsh l’accompagna chez eux. Maria demanda pourquoi il n’était pas venu dîner; O’Connor répondit qu’il ne connaissait pas sa lettre. Après avoir parlé d’affaires et fumé la pipe, il se sentit mal. Les Manning lui offrirent du brandy et de l’eau; il n’en but pas. Il reprit ses esprits et quitta la maison avec Walsh vers onze heures et quart, en bonne santé apparente.
Le lendemain, plusieurs témoins le situèrent près du pont de Londres, en direction de Bermondsey. Deux douaniers l’aperçurent vers cinq heures moins le quart; un autre le vit à quelques minutes de là, près de Miniver Place, vers cinq heures dix. Ces observations plaçaient O’Connor sur la route de la maison, sans montrer qu’il y était entré. James Younghusband déclara toutefois l’avoir aperçu vers cinq heures et quart sur le pont, marchant très lentement vers la Cité et s’arrêtant; il ne l’avait vu qu’une demi-minute depuis un omnibus. Ce témoignage complique l’itinéraire que les autres témoins semblaient dessiner, et le compte rendu ne permet pas de résoudre ce déplacement. Il ne reparut pas à son logement. Lorsque des collègues s’enquirent de lui, Maria donna des réponses qui varièrent sur la dernière fois où elle l’avait vu et sur l’heure de ses visites à son logement. Anna Harmes, elle, raconta l’avoir reçue le jeudi et le vendredi soir, seule dans la chambre d’O’Connor, chaque fois pendant plus d’une heure.
Le compte rendu ne rapporte aucun témoin de la mort. La première recherche dans la maison ne donna rien. Quand les policiers revinrent, Barnes aperçut une marque humide entre les bords de deux dalles. Avec Burton, il les souleva. Sous le mortier se trouvait de la terre; à environ trente centimètres, le pied d’un homme apparut. Le corps était enfoui sur le ventre, nu, les jambes repliées et attachées, et recouvert de chaux. Les policiers le sortirent de la fosse et le déposèrent dans la cuisine de devant.
Le chirurgien Lockwood retira de la bouche un dentier qu’un dentiste reconnut comme celui qu’il avait fourni à O’Connor. Il observa aussi une balle sous la peau au-dessus de l’œil droit, une ouverture dans le crâne et de nombreuses fractures. Les blessures étaient assez importantes pour provoquer la mort; la blessure par balle aurait, elle aussi, fini par tuer. Le médecin ne put dire quand elles avaient été infligées. Il estima que le corps se trouvait sous terre depuis au moins une semaine, en tenant compte de la chaux qui accélérait sa décomposition. Le rapport permettait d’identifier la victime et de décrire les blessures, mais pas de dater précisément la mort ni d’en reconstituer l’ordre.
La fosse ne fut qu’une partie de l’enquête matérielle. Un maçon de la maison des Manning témoigna qu’en juillet Frederick avait acheté un boisseau de chaux, présenté comme un moyen de tuer les limaces du jardin. Un ouvrier la porta dans la cuisine arrière, à sa demande. Quelques jours après la livraison, Frederick commanda aussi un grand levier de fer. L’employé qui le livra expliqua que Manning, mécontent qu’il soit visible, l’avait fait envelopper dans du papier brun. L’arme ne fut pas retrouvée dans la maison; un médecin dit qu’un instrument de ce genre pouvait causer certaines des blessures, tout en reconnaissant qu’il ne pouvait les attribuer à lui seul. William Massey, étudiant en médecine qui avait logé chez les Manning, rapporta que Frederick lui avait demandé quel produit pourrait assez engourdir une personne pour lui faire écrire. Juste avant ou juste après, selon son souvenir, Manning avait parlé de faire signer à O’Connor un billet de 500 livres. Massey croyait Maria présente lors de la question sur les drogues; il rapporta aussi des questions sur la partie la plus vulnérable de la tête et le bruit d’un pistolet à air. Ces propos établissent ce que Massey déclara, non qu’un projet ait été exécuté.
Maria acheta une petite pelle à poussière le 8 août. Deux jours plus tard, la jeune Hannah Firman, âgée de douze ans, vint nettoyer la maison. Elle remarqua près du placard à charbon un panier qui lui sembla avoir contenu de la chaux. Elle rapporta également qu’on lui demanda de laver le panier, mais ne sut pas dire ce qu’elle avait vu d’autre. Les policiers ne retrouvèrent pas de pelle dans la maison le jour où le corps fut découvert. Ces objets éclairaient l’enquête sans prouver seuls leur usage.
Une autre suite d’indices concernait les affaires d’O’Connor. Il détenait des actions de chemin de fer transmissibles par certificat. En juillet et au début d’août, il en avait acheté chez des courtiers; les numéros de plusieurs certificats retrouvés dans les bagages de Maria correspondaient à ceux enregistrés pour O’Connor. Elle avait pourtant demandé à un courtier quelles actions elle pourrait revendre à Paris sans le contrôle de son mari. Celui-ci lui avait conseillé des titres français. Maria expliqua plus tard que certaines actions lui appartenaient et que d’autres avaient été achetées pour elle par O’Connor. Les certificats établissaient des liens entre leurs opérations financières, pas à eux seuls l’origine de chaque titre.
Le 11 août, Frederick se rendit chez un négociant en actions en compagnie de John Bassett. Bassett prépara un transfert portant le nom d’O’Connor et l’homme présenta les titres comme si le nom lui appartenait. Le commis Hammond vit Bassett lui remettre cent livres en billet, un billet de cinq livres et cinq souverains. Un courtier qui se trouvait dans la pièce vit le transfert signé par l’inconnu, mais ne reconnut pas ensuite Manning. Le commis des transferts dit qu’aucun transfert ultérieur de ces actions n’apparaissait dans les registres. John Blatchford, avocat d’O’Connor, déclara que la signature n’était pas celle du défunt. Webb Shillibeer, avocat qui n’avait jamais vu l’écriture d’O’Connor, jugea que la signature ressemblait fortement à l’écriture du corps du document. Hammond, lui, identifia Manning comme l’homme qui avait reçu l’argent. La preuve réunissait document, transaction et témoignages de portée différente.
Après la disparition d’O’Connor, les Manning vendirent leurs meubles à Charles Bainbridge. Frederick dit au marchand qu’il envoyait sa femme à la campagne, puis dormit deux nuits chez lui et partit en cab avec des bagages. Maria avait déjà quitté Miniver Place le 13 août. Un cocher la conduisit à une gare avec deux boîtes et des paniers; sur les étiquettes, elle donna le nom de Smith et l’adresse d’un voyageur pour Paris. Des témoins la situèrent ensuite à Édimbourg. La police y trouva dans ses effets des certificats d’actions, des billets et des souverains.
Frederick fut arrêté à Jersey. En chemin, il déclara que Maria avait tiré sur O’Connor, puis l’avait enterré. Il répéta cette accusation à un second policier, ajoutant un récit de dîner, de dispute et de coup de feu. Ces paroles étaient celles d’un homme en garde à vue, rapportées par les policiers; elles ne furent pas confirmées par un témoin de la scène. Elles contredisaient aussi l’état du corps : les médecins avaient décrit de nombreuses blessures à la tête, dont une balle, mais n’avaient pas identifié une séquence certaine. La cour ne pouvait traiter l’accusation du mari comme une confession de Maria.
Les déclarations de Maria variaient elles aussi. Après son arrestation, elle nia le meurtre et dit qu’O’Connor avait été « le meilleur ami » qu’elle eût à Londres, qu’il avait agi envers elle comme un père. Elle affirma l’avoir perdu de vue après le mercredi précédant sa disparition, puis expliqua être allée le chercher quand il ne vint pas dîner. Les sœurs Harmes la plaçaient pourtant chez lui le jeudi et le vendredi, et les certificats d’actions trouvés parmi ses affaires reliaient leurs transactions. De telles contradictions pouvaient nourrir le soupçon; elles n’équivalaient pas à une observation du meurtre.
Le jury déclara Frederick et Maria coupables. Le procès ne donne pas les motifs détaillés du jury et ne permet pas de répartir exactement les gestes de chacun. Il établit cependant une chaîne de circonstances : O’Connor se dirige vers la maison et disparaît; son corps est caché sous le sol; le couple achète de la chaux et des outils; des certificats liés à ses actions et un transfert contesté apparaissent dans une opération financière où Frederick reçoit de l’argent; tous deux quittent Londres avant l’arrestation. La peine de mort fut prononcée contre chacun. Le rapport s’arrête là. Il donne un verdict commun, mais pas une scène complète du meurtre ni l’histoire judiciaire qui suivit la condamnation.