Le 9 février 1638, Sir John Banks accusa John Lilburn d’avoir refusé de répondre, de ne pas avoir inscrit sa comparution et de refuser le serment de la Chambre étoilée. Une déposition de Chillington, lue ensuite, désignait Lilburn et John Wharton comme imprimeurs à Rotterdam de traités contre les évêques. Lilburn demanda à se défendre. Il raconta que Chillington, arrêté alors qu’il distribuait des livres, avait acheté sa propre liberté en désignant d’autres hommes; il nia avoir organisé l’envoi des ouvrages et réclama que son accusateur comparaisse devant lui. Wharton tenta de prendre la parole contre les serments imposés par les évêques. Les lords lui demandèrent de répondre à la question; il poursuivit sa critique. La cour rit, puis le fit taire. Tous deux refusèrent le serment général.
En 1636, Lilburn avait quitté Londres pour porter en Hollande un texte du médecin John Bastwick contre les évêques. Bastwick était détenu au Gatehouse pour ses écrits. Lilburn revint avec son pamphlet, la « Merry Liturgy », et d’autres brochures semblables, qu’il distribua clandestinement. Il ne niait pas cette mission; il contestait ensuite la qualification et les détails avancés contre lui. L’affaire associait son nom à celui de John Wharton, imprimeur plus âgé dont l’atelier et les relations avec les vendeurs de livres se trouvaient pris dans la même enquête.
Le 11 ou le 12 décembre 1637, Lilburn marchait dans Soper Lane avec John Chilburne, serviteur de Wharton, lorsqu’un poursuivant et quatre assistants l’arrêtèrent. Vers midi le lendemain, il fut conduit au Gatehouse; moins de trois jours plus tard, il fut transféré à la Fleet par ordre du Conseil. Les autorités lui dirent qu’il était détenu pour avoir envoyé des livres depuis la Hollande. Depuis sa prison, il présenta une pétition pour obtenir sa liberté. On lui répondit qu’il devait d’abord être examiné par Sir John Banks, l’attorney general.
L’interrogatoire, dont Lilburn livre lui-même le récit, commença par les imprimeurs, l’argent et les personnes qu’il avait rencontrées à Amsterdam et Rotterdam. Il reconnut avoir vu un certain Hargust et connaître Edmund Chillington. Il nia avoir envoyé les livres et protesta que les questions sur les autres hommes l’entraînaient hors du motif annoncé de sa détention. Quand on lui demanda s’il connaissait John Wharton, il hésita sur son nom complet, puis reconnut le relieur et imprimeur. On lui opposa l’affidavit de Chillington, qui l’accusait d’avoir financé ou fait imprimer des milliers d’exemplaires. Lilburn répondit que cette déclaration était fausse.
L’épisode le plus net de l’examen fut la feuille qu’on lui demanda de signer. Le greffier avait résumé ses réponses et lui tendait ce qui devait devenir son interrogatoire. Lilburn soutint que le texte ne rapportait pas ce qu’il avait répondu. Il demanda la plume afin d’écrire sa version; Banks la lui reprit après quelques mots, jugeant sa réponse suffisante. Lilburn resta en prison. Plus tard, au bureau de la Chambre étoilée, il protesta qu’on lui demandait de comparaître et de payer un droit d’entrée sans lui avoir signifié de citation ni présenté de bill. Un clerc lui répondit que l’examen viendrait d’abord et que l’accusation serait rédigée ensuite.
Le conflit se déplaça alors du contenu des pamphlets vers la procédure. Les officiers voulurent faire jurer Lilburn de répondre à toutes les questions qu’on lui poserait. Il demanda à connaître d’avance l’objet du serment. À ses yeux, un engagement à répondre à tout ce que le tribunal pourrait demander aurait servi à l’interroger non seulement sur son rôle, mais sur celui d’autres personnes. Le récit conserve son refus, puis celui de Wharton, qui affirma que les évêques l’avaient déjà détenu dans cinq prisons en deux ans pour son refus du même serment. Ils furent enfermés sans accès à leurs amis en attendant leur retour devant la cour.
Le 13 février, une autre déposition de Chillington énuméra les ouvrages : Lilburn aurait imprimé plusieurs titres de Bastwick, dont l’« Answer to Sir John Banks’s Information » et la « Litany »; Wharton aurait payé l’impression d’une « Breviate » sur les évêques et des « Sixteen New Queries ». Lilburn contesta de nouveau ces imputations. Le récit rapporte la déposition et sa réponse, mais ne donne pas accès à une confrontation contradictoire avec Chillington.
L’affidavit restait devant la cour; son auteur ne venait pas répondre aux objections des accusés. Selon le récit de Lilburn, il invoqua des précédents concernant des hommes accusés d’avoir hébergé des prêtres catholiques et qui avaient refusé de répondre sous serment. Lilburn protesta que leur cause et la sienne n’étaient pas comparables; il soutenait aussi que les faits reprochés n’avaient pas été pleinement établis. La cour s’appuya sur l’affidavit et sur leur refus de prêter serment. Lilburn et Wharton furent condamnés à une amende de cinq cents livres chacun. Lilburn devait être fouetté et mis au pilori; Wharton, âgé de quatre-vingt-cinq ans selon le récit, fut épargné du fouet mais condamné au pilori. Wharton protesta lui aussi contre les évêques; ses interventions interrompirent plusieurs fois les questions de la cour. Après la sentence, on les remit quelque temps en liberté à l’intérieur de la prison. Mais les paroles de Wharton contre les évêques parvinrent au Conseil; les deux hommes furent de nouveau enfermés ensemble, cette fois au secret. Environ trois semaines plus tard, Wharton, très affaibli, obtint après une pétition une liberté temporaire jusqu’au terme judiciaire suivant. Lilburn demeura enfermé.
Le 18 avril 1638, Lilburn fut mené à Westminster. Borrow rapporte qu’on le fouetta dans les rues jusqu’au pilori. Son dos blessé, le cou maintenu dans une ouverture trop basse, il resta exposé près de deux heures sous le soleil. Il parla à la foule contre les évêques et contre le jugement rendu sans que son accusateur l’affrontât. Le gardien de la Fleet ordonna qu’on le fasse taire, puis qu’on le bâillonne. Lilburn ne pouvait plus parler; il frappa du pied contre le bois. Après l’avoir libéré, les officiers le ramenèrent en prison, où le chirurgien vint panser ses blessures. Son récit s’achève sur une signature qu’il disait écrite avec une partie de son sang.
La notice de Borrow suit ensuite la vie de Lilburn : en 1640, le Parlement lui accorda une liberté surveillée, puis déclara sa première condamnation tyrannique et illégale. Ce redressement n’empêcha pas de nouveaux conflits. Lilburn servit dans l’armée parlementaire, se querella avec ses supérieurs et critiqua à son tour les institutions qu’il avait aidé à défendre. Il fut exilé, revint sans autorisation, puis acquitté à l’Old Bailey. Borrow le montre devenu quaker avant sa mort, cette même année.