El 9 de febrero de 1638, sir John Banks acusó a John Lilburn de haber rehusado contestar, de no haber registrado su comparecencia y de rechazar el juramento de la Cámara Estrellada. A continuación se dio lectura a una declaración de Chillington, la cual señalaba a Lilburn y a John Wharton como impresores en Róterdam de tratados contra los obispos. Lilburn solicitó defenderse. Relató que Chillington, detenido cuando distribuía libros, había comprado su propia libertad delatando a otros hombres; negó haber organizado el envío de las obras y exigió que su acusador compareciese en su presencia. Wharton intentó tomar la palabra contra los juramentos impuestos por los prelados. Los lores le requirieron que respondiese a la pregunta formulada; él prosiguió con sus censuras. El tribunal rio primero y luego le impuso silencio. Ambos se negaron al juramento general.
En 1636, Lilburn había partido de Londres para llevar a Holanda un texto del médico John Bastwick contra los obispos. Bastwick se hallaba recluido en Gatehouse por causa de sus escritos. Lilburn regresó con el folleto de marras, la «Merry Liturgy», y otros opúsculos semejantes que distribuyó en la clandestinidad. No negaba semejante cometido; impugnaba, no obstante, la calificación jurídica y los detalles alegados en su contra. El caso unía su suerte a la de John Wharton, impresor de mayor edad cuyo taller y trato con los libreros quedaron atrapados en las redes de la misma pesquisa.
El 11 o el 12 de diciembre de 1637, mientras Lilburn caminaba por Soper Lane junto a John Chilburne, criado de Wharton, un corchete de la corte y cuatro alguaciles lo apresaron. Hacia el mediodía siguiente fue conducido a Gatehouse; menos de tres días más tarde, por orden del Consejo, fue transferido a la prisión de Fleet. Las autoridades le hicieron saber que se hallaba detenido por haber remitido libros desde Holanda. Desde su celda elevó una petición para obtener la libertad. Se le respondió que antes debía ser examinado por sir John Banks, el fiscal general del rey.
El interrogatorio, del cual Lilburn dejó testimonio de su propio puño, dio comienzo inquiriendo sobre los impresores, los caudales y las personas que había frecuentado en Ámsterdam y Róterdam. Admitió haber visto a un tal Hargust y conocer a Edmund Chillington. Negó haber enviado los libros y protestó al advertir que las preguntas sobre terceros lo apartaban del motivo formal de su detención. Al requerírsele si conocía a John Wharton, vaciló sobre su nombre completo para reconocer después al encuadernador e impresor. Se le exhibió el afidávit de Chillington, que lo incriminaba por financiar u ordenar la tirada de millares de ejemplares. Lilburn contestó que dicha declaración era por entero mendaz.
El pasaje más elocuente del interrogatorio sobrevino con la hoja que se le instó a suscribir. El actuario había compendiado sus respuestas y le alargaba lo que debía constituir su declaración formal. Lilburn sostuvo que el texto traicionaba el tenor exacto de sus palabras. Pidió la pluma para asentar su versión; Banks se la arrebató tras unas pocas líneas, dando su respuesta por suficiente. Lilburn continuó en presidio. Con posterioridad, en la escribanía de la Cámara Estrellada, protestó porque se le exigía comparecer y abonar ciertos derechos de registro sin habérsele cursado emplazamiento ni librado libelo acusatorio. Un oficial le replicó que primero se procedería al examen y que el pliego de cargos se redactaría después.
La contienda se desplazó entonces del contenido de los libelos al rigor del procedimiento. Los oficiales conminaron a Lilburn a jurar que contestaría a cuantas preguntas se le formulasen. Requirió conocer con antelación el objeto de semejante juramento. A su juicio, comprometerse a responder sobre cuanto la corte tuviese a bien indagar solo serviría para someterle a pesquisas no solo acerca de sus propios actos, sino sobre los de terceros. El relato consigna su negativa, seguida por la de Wharton, quien adujo que los obispos lo habían encerrado ya en cinco cárceles a lo largo de dos años por idéntica resistencia al juramento. Ambos quedaron incomunicados, sin acceso a sus allegados, a la espera de comparecer de nuevo ante los jueces.
El 13 de febrero, otra declaración testifical de Chillington pormenorizó los títulos: Lilburn habría impreso varias obras de Bastwick, entre ellas la «Answer to Sir John Banks’s Information» y la «Litany»; Wharton habría sufragado la impresión de un «Breviate» contra los prelados y de las «Sixteen New Queries». Lilburn rebatió una vez más estas imputaciones. La crónica refiere la deposición y su réplica, pero nada indica que gozara de un careo contradictorio con Chillington.
El afidávit permanecía sobre la mesa del tribunal; su signatario no se personó para rebatir las excepciones de los reos. Según la relación de Lilburn, se invocaron precedentes relativos a individuos procesados por ocultar a sacerdotes católicos y que habían rehusado declarar bajo juramento. Lilburn clamó que su causa y la de aquellos en nada resultaban asimilables; sostuvo asimismo que los hechos incriminados distaban de hallarse legalmente acreditados. El tribunal se fundó en el afidávit y en la contumacia al prestar juramento. Lilburn y Wharton fueron condenados a una pena pecuniaria de quinientas libras cada uno. Lilburn debía ser azotado y expuesto en la picota; Wharton, que contaba ochenta y cinco años según la crónica, quedó eximido del flagelo pero condenado a la picota. Wharton alzó de nuevo su queja contra los prelados; sus clamores interrumpieron reiteradamente las amonestaciones de la corte. Pronunciado el fallo, se les otorgó cierta soltura dentro del recinto carcelario. No obstante, las diatribas de Wharton llegaron a oídos del Consejo: ambos reos fueron recluidos de nuevo juntos, esta vez en rigurosa incomunicación. Cerca de tres semanas más tarde, Wharton, muy quebrantado en salud, obtuvo merced a una súplica la libertad bajo fianza hasta el siguiente término judicial. Lilburn continuó entre rejas.
El 18 de abril de 1638, Lilburn fue conducido a Westminster. Borrow refiere que se le propinaron azotes por las calles hasta el pie de la picota. Con las espaldas desgarradas y la cerviz sujeta a un cepo demasiado bajo, permaneció expuesto al sol casi dos horas. Dirigió la palabra a la multitud congregada contra los obispos y contra la sentencia dictada sin que su delator se atreviera a mirarle a la cara. El carcelero de Fleet mandó que se le acallase y luego que fuese amordazado. Impedido de articular palabra, Lilburn golpeó con brío la madera con los pies. Tras desatarlo, la escolta lo reintegró a la prisión, donde el cirujano acudió a vendarle las llagas. Su memoria concluye con una rúbrica que, según afirmaba, trazó en parte con su propia sangre.
La semblanza de Borrow sigue ulteriormente el curso de los días de Lilburn: en 1640, el Parlamento le otorgó una libertad condicional, para declarar más tarde que su primera condena había sido tiránica e ilegal. Esta reparación no conjuró nuevos lances. Lilburn combatió en las tropas parlamentarias, riñó con sus mandos y terminó por censurar con igual vehemencia las mismas instituciones que había contribuido a salvaguardar. Marchó al destierro, regresó sin licencia y fue finalmente absuelto en Old Bailey. Borrow lo evoca convertido a la fe de los cuáqueros antes de su muerte, acontecida en ese mismo año.