Am 9. Februar 1638 klagte Sir John Banks John Lilburn an, die Aussage verweigert, sein Erscheinen nicht ordnungsgemäß eingetragen und den Eid vor der Sternkammer verworfen zu haben. Eine im Anschluss verlesene Aussage Chillingtons bezeichnete Lilburn und John Wharton als Urheber von Traktaten gegen die Bischöfe, die in Rotterdam gedruckt worden seien. Lilburn verlangte, sich selbst verteidigen zu dürfen. Er trug vor, Chillington, der beim Verbreiten verbotener Schriften ergriffen worden war, habe seine eigene Freiheit dadurch erkauft, dass er andere Männer denunzierte; er bestritt, den Versand jener Werke geleitet zu haben, und forderte, sein Ankläger möge ihm von Angesicht zu Angesicht gegenübertreten. Wharton versuchte das Wort zu ergreifen, um die von den Prälaten auferlegten Eide anzufechten. Die Lords geboten ihm, auf die Sache zu antworten; er jedoch setzte seine Anklage fort. Der Gerichtshof verlachte ihn und gebot ihm schließlich Schweigen. Beide verweigerten den allgemeinen Eid.
Im Jahre 1636 hatte Lilburn London verlassen, um eine Schrift des Arztes John Bastwick gegen das bischöfliche Regiment nach Holland zu überbringen. Bastwick lag wegen seiner Veröffentlichungen im Gatehouse-Gefängnis ein. Lilburn kehrte mit diesem Pamphlet, der sogenannten »Merry Liturgy«, und ähnlichen Schriften zurück und vertrieb sie im Verborgenen. Diesen Gang leugnete er nicht; wohl aber bestritt er die rechtliche Einstufung und die gegen ihn vorgebrachten Einzelheiten. Die Anklage verknüpfte seine Person mit der John Whartons, eines betagten Druckers, dessen Werkstatt und Beziehungen zu den Buchhändlern Gegenstand derselben Untersuchung waren.
Am 11. oder 12. Dezember 1637 ging Lilburn mit John Chilburne, Whartons Bedienstetem, durch die Soper Lane, als ein Häscher samt vier Gehilfen ihn festnahm. Am folgenden Tag um die Mittagsstunde ward er in das Gatehouse geführt; keine drei Tage später überstellte man ihn auf Befehl des Kronrats in die Fleet. Die Obrigkeit eröffnete ihm, er werde festgehalten, weil er Bücher aus Holland herbeigeschafft habe. Aus der Haft richtete er eine Bittschrift auf Entlassung an das Gericht. Man beschied ihm, er müsse zuvor von Sir John Banks, dem Attorney General, verhört werden.
Das Verhör, das Lilburn selbst überliefert hat, hob mit Fragen nach den Druckern, den Geldern und jenen Personen an, denen er in Amsterdam und Rotterdam begegnet war. Er räumte ein, einen gewissen Hargust getroffen zu haben und Edmund Chillington zu kennen. Er bestritt, die Schriften verschifft zu haben, und wandte ein, dass die Fragen nach anderen Männern über den ursprünglichen Haftgrund hinausgingen. Auf die Frage, ob er John Wharton kenne, zögerte er ob des vollen Namens, benannte ihn dann aber als Buchbinder und Drucker. Man hielt ihm die eidesstattliche Erklärung Chillingtons vor, wonach er Tausende von Exemplaren finanziert oder in Auftrag gegeben habe. Lilburn erklärte diese Aussage für falsch.
Der bedeutsamste Zwischenfall der Befragung betraf das Schriftstück, das man ihm zur Unterschrift vorlegte. Der Schreiber hatte seine Antworten zusammengefasst und reichte ihm das Blatt, das nun sein förmliches Protokoll bilden sollte. Lilburn hielt dagegen, der Text gebe seine Worte nicht getreu wieder. Er forderte die Feder, um seine eigene Fassung niederzuschreiben; Banks jedoch entwand sie ihm nach wenigen Worten mit dem Bemerken, die Antwort genüge. Lilburn blieb in Haft. Später erhob er in der Kanzlei der Sternkammer Einspruch dagegen, dass man von ihm ein Erscheinen und eine Gerichtsgebühr verlangte, ohne dass ihm eine Vorladung zugestellt oder eine förmliche Klage überreicht worden wäre. Ein Schreiber erwiderte, das Verhör gehe voran; die Klageschrift werde erst danach verfasst.
Nun verlagerte sich der Streit vom Gehalt der Schriften auf die Rechtsform des Verfahrens. Die Gerichtsbeamten verlangten von Lilburn einen Eid dahin gehend, alle an ihn gerichteten Fragen ausnahmslos zu beantworten. Er begehrte, den Gegenstand der Eidesleistung zuvor zu erfahren. Seiner Auffassung nach hätte eine solche Verpflichtung die Richter ermächtigt, ihn nicht allein über seine eigenen Taten, sondern auch über die Verstrickung Dritter auszufragen. Die Chronik bewahrt seine Weigerung und jene Whartons, der vorbrachte, die Bischöfe hätten ihn wegen desselben Eidesverbots binnen zwei Jahren bereits in fünf Kerkern gehalten. Beide wurden streng verwahrt und von jedem Beistand ihrer Vertrauten abgeschnitten, bis sie erneut vor die Richter treten sollten.
Am 13. Februar führte eine weitere Aussage Chillingtons die Schriften im Einzelnen auf: Lilburn habe verschiedene Werke Bastwicks drucken lassen, darunter die »Answer to Sir John Banks’s Information« und die »Litany«; Wharton habe den Druck einer »Breviate« gegen die Bischöfe sowie der »Sixteen New Queries« bezahlt. Lilburn trat diesen Vorwürfen aufs Neue entgegen. Der Bericht überliefert die Aussage und seine Erwiderung, schweigt jedoch von einer Gegenüberstellung mit Chillington.
Das Schriftstück lag den Richtern vor, doch sein Urheber erschien nicht, um sich den Einreden der Angeklagten zu stellen. Lilburns Bericht zufolge berief sich das Gericht auf Präzedenzfälle jener Männer, die der Beherbergung katholischer Priester beschuldigt worden waren und den Eid verweigert hatten. Lilburn wandte ein, ihre Sache sei mit der seinigen keineswegs vergleichbar; zudem sei der Tatbestand keineswegs rechtskräftig erwiesen. Der Hof stützte sich auf die Aussage und auf die Verweigerung des Eides. Lilburn und Wharton wurden zu einer Geldstrafe von je fünfhundert Pfund verurteilt. Über Lilburn verhängte man die Geißelung und den Pranger; Wharton, dem Bericht nach ein Greis von fünfundachtzig Jahren, entging den Ruten, ward aber gleichfalls zum Pranger verurteilt. Auch Wharton erhob seine Stimme gegen die Bischöfe; seine Zurufe unterbrachen mehrfach die Verhandlung. Nach Urteilsverkündung gewährte man ihnen zunächst leichtere Haft innerhalb der Gefängnismauern. Doch drangen Whartons Schmähungen gegen das Episkopat bis an den Kronrat; die Männer wurden abermals zusammengelegt, diesmal in strengste Einzelhaft. Nach etwa drei Wochen erwirkte der hinfällige Wharton durch ein Gnadengesuch die vorläufige Entlassung bis zur nächsten Gerichtsperiode. Lilburn blieb im Kerker.
Am 18. April 1638 wurde Lilburn nach Westminster geführt. Borrow berichtet, dass man ihn durch die Straßen bis zum Pranger peitschte. Mit blutigem Rücken und den Hals in ein viel zu enges Holz gezwängt, stand er fast zwei Stunden in der sengenden Sonne. Er redete zum Volk wider die Bischöfe und wider jenes Urteil, das ohne Angesicht des Zeugen gefällt worden war. Der Vorsteher der Fleet befahl, ihn zum Schweigen zu bringen und schließlich zu knebeln. Seiner Stimme beraubt, stampfte Lilburn mit den Füßen auf das Holz. Nach dem Lösen der Fesseln führten die Wächter ihn in die Haft zurück, wo ein Wundarzt seine Striemen versorgte. Seine Niederschrift schließt mit einer Unterschrift, die, wie er festhielt, mit seinem eigenen Blute gezeichnet war.
Borrows Bericht folgt Lilburns weiterem Lebensweg: Im Jahre 1640 entließ ihn das Parlament auf Ehrenwort und erklärte sein erstes Urteil für tyrannisch und widerrechtlich. Diese Rehabilitierung bändigte seinen Widerstandsgeist nicht. Lilburn diente im Heer des Parlaments, stritt mit seinen Oberen und geißelte nunmehr dieselben Gewalten, die er mit der Waffe verteidigt hatte. Er wurde verbannt, kehrte ohne Erlaubnis zurück und ward am Old Bailey freigesprochen. Borrow zeigt ihn schließlich in seinem letzten Lebensjahr, da er sich den Quäkern anschloss, bevor er verstarb.