Auf die dreiunddreißig Artikel, die ihm die königlichen Räte vorlegten, erwiderte Thomas Seymour zunächst nichts. Man hielt ihm seine Untertanenpflicht vor; schließlich bequemte er sich zu einer Antwort auf die ersten drei Punkte, weigerte sich jedoch beharrlich, das Dokument zu unterzeichnen. Hinter diesem Schriftstück standen sein Neffe, der junge Eduard VI., und sein eigener Bruder, der Lordprotektor Somerset. Der Gefangene im Tower war kein von außen herangetragener Feind: Er entstammte dem innersten Kreis des regierenden Hauses.
Thomas Seymour, Lord von Sudeley und Bruder des Herzogs von Somerset, hatte nach dem Ableben Heinrichs VIII. dessen Witwe Catherine Parr geehelicht. Die Königinwitwe brachte einen herausragenden Rang und die unmittelbare Nähe zur königlichen Familie in diese Verbindung ein; Seymour selbst bekleidete das Amt des Lordadmirals und war Teil einer Brüderschaft, deren Ältester die Regentschaft für den minderjährigen König führte. Doch bot diese familiäre Bindung dem Admiral keinen Schutz. In den Aufzeichnungen George Borrows verflechten sich die Rivalitäten des Hauses Seymour mit den Anklagepunkten des Hochverrats; das Urteil sollte im Parlament gesprochen werden, ohne dass ein Geschworenengericht zusammentrat.
Die Quelle nennt Anne Stanhope, die Gemahlin des Herzogs von Somerset, als treibende Kraft, welche das Misstrauen zwischen den Brüdern geschürt habe. Sie soll ihren Gatten davon überzeugt haben, der Admiral trachte ihm nach dem Leben; der Graf von Warwick wiederum habe diese Zwietracht befördert, froh über jeden Schatten, der auf das Ansehen des Protektors fiel. Diese Beweggründe sind Deutungen Borrows, dessen Darstellung eine merkliche Parteilichkeit aufweist. Verbürgt bleibt, dass Thomas am 16. Januar 1549 festgesetzt und im Tower verwahrt wurde. Vier Monate zuvor war Catherine Parr verstorben. Ihre Tochter Mary hatte am 30. August 1548 das Licht der Welt erblickt; sechs Tage darauf erlag die Königinwitwe nach den Chroniken von Historic Royal Palaces dem Kindbettfieber. Ihre letzte Ruhestätte fand sie in der Kirche von Sudeley. Als die schweren Pforten des Towers hinter Seymour ins Schloss fielen, war das vater- und mutterlose Kind noch keine fünf Monate alt.
Die Akte umfasste dreiunddreißig Artikel wegen Hochverrats und anderer Vergehen. Man legte ihm zur Last, er habe gedroht, für das „schwärzeste Parlament“ zu sorgen, das England je erlebt habe; er habe die Hand der Prinzessin Elizabeth begehrt und diesen Plan selbst nach dem ausdrücklichen Verbot des Staatsrates weiterverfolgt. Die Anklageartikel sahen in diesem ehelichen Streben einen Angriff auf die Thronfolge: Eine Vermählung mit einer königlichen Erbin hätte das empfindliche Machtgefüge um den Knabenkönig ins Wanken gebracht. Zudem warf man ihm vor, Catherine heimlich geheiratet und sodann, ohne diesen Umstand zu offenbaren, ein königliches Schreiben erwirkt zu haben, das die Witwe zur Ehe drängte, wofür er auch die Fürsprache des Protektors erbeten hatte. Wäre Catherine kurz nach Heinrichs Tod schwanger geworden, so hieß es weiter, hätte die Vaterschaft zweifelhaft bleiben und dem verstorbenen König oder Seymour zugeschrieben werden können, was die Erbfolge zerrüttet hätte. Borrow verzeichnet diesen Argwohn als Klagepunkt der Anklage, nicht als erwiesene Tatsache.
Zu den schwersten Vorwürfen gehörte die Andeutung, Seymour habe Catherine vergiftet, um den Weg für eine Verbindung mit Elizabeth freizumachen; Beweise, die diesen Giftmord belegten, führt Borrow indessen nicht an. Daneben rechneten die Artikel mit geheimen Rüstungen an Volk und Geld ab, mit Umtrieben, um Einfluss auf den jungen König zu gewinnen, und mit gewaltsamen Plänen zur Machtergreifung. Die Anklage konstruierte eine stufenweise Eskalation: Seymour habe zunächst Eduard dazu bewegen wollen, das bestehende Regiment zu verwerfen und ihm die Regentschaft zu übertragen; daraufhin sollte eine zu Lande und zu Wasser zusammengezogene Streitmacht ihm den Griff nach der Krone ermöglichen. Dies ist das gedankliche Gerüst der Ankläger, wie Borrow es überliefert, kein geschichtlich beglaubigter Plan.
Die drei unvollständigen, nicht unterschriebenen Antworten hielten den Fortgang des Verfahrens nicht auf. Borrow erwähnt ihre Existenz, verschweigt jedoch ihren Wortlaut. Der Kronrat trat vor den jungen König. Der Kanzler trug den Fall vor, worauf jeder der Räte das Wort ergriff. Der Protektor, leiblicher Bruder des Beschuldigten, bekundete, diese Kunde bereite ihm tiefen Schmerz, doch müsse die Wohlfahrt des Königs über jedem Band des Blutes stehen. Wäre er selbst solcher Frevel schuldig, so fügte er hinzu, hielte er sich nicht für würdig zu leben. Eduard VI. entgegnete, er sehe schwere Beschuldigungen vor sich und erachte es als billig, dass der Rat der geforderten Gerechtigkeit ihren Lauf lasse. Borrow vermerkt, die Ratsherren hätten dem Monarchen sogleich ihren Dank abgestattet.
Das Parlament trat zusammen, und die Lords entschieden sich für eine Bill of Attainder – die Verurteilung auf dem Wege eines bloßen Gesetzgebungsaktes. Die Lesungen im Oberhaus fanden vom 25. bis zum 27. Februar statt. Mit Zustimmung der Peers bat der Protektor, sich „aus natürlichem Mitleid“ zurückziehen zu dürfen, wie die Ratsnotizen vermerken. Sein Fernbleiben hinderte die übrigen Lords nicht an ihrer Einhelligkeit. Am selben Tag entsandte das Oberhaus den Master of the Rolls, Sir James Hales, und den Serjeant Molineux zu den Gemeinen. Man ließ anfragen, ob das Unterhaus dem Verfahren der oberen Kammer beitreten wolle; bejahendenfalls würden jene Adligen, die gegen den Admiral Zeugnis abgelegt hatten, persönlich erscheinen und mündlich aussagen. Die Gemeinen antworteten, man werde die Angelegenheit prüfen und alsbald Entschließung fassen. Da die Antwort auf sich warten ließ, wurden die Boten am 2. März erneut vorstellig, diesmal verstärkt durch Serjeant Hale, den Solicitor des Königs. Die Abgeordneten wählten daraufhin den Weg, ihren Bescheid durch den Sprecher und eine Abordnung dem Rat zu überbringen: Sie verlangten, die Beweise und die Zeugen in geordneter Form zu hören. Die Lords vertagten sich, trugen dem Protektor auf, die Antwort zur nächsten Sitzung einzubringen, und trieben das Verfahren ungeachtet dessen auf dem Wege der Bill voran.
Nach vollendeter Attainder traten der Kanzler und die Räte am 17. März in Westminster vor den König. Sie nahmen den Bericht des Bischofs von Ely entgegen, der mit anderen zum Gefangenen gesandt worden war, um ihn zu unterweisen und geistlich zu trösten. Der Rat bestimmte die Vollstreckung auf den folgenden Mittwoch, zwischen neun und zwölf Uhr am Vormittag auf dem Tower Hill, und verfügte, Leib und Haupt seien innerhalb der Festungsmauern beizusetzen. Der Bischof sollte zu ihm zurückkehren, um ihn darauf vorzubereiten, „der Gerechtigkeit Genüge zu tun“ und das Urteil mit Ergebenheit zu tragen, wie es die von Borrow bewahrte Formel festhält. Das Urteil nahm nun die Gestalt von Zeit und Ort an. Unter diesem Befehl verzeichnet Borrow eine Reihe von Namen: Kanzler Rich, Warwick, Paget und die übrigen Räte. Auch Somerset findet sich darunter. Jener Mann, der sich bei der Zustimmung der Peers hatte zurückziehen wollen, zählte nun zu den Unterzeichnern des Todesurteils. Dem Bischof von Ely fiel eine letzte Pflicht zu: dem Verurteilten den gefassten Beschluss zu künden und ihn auf das Sterben vorzubereiten. Eine Antwort auf die Anklageartikel forderte niemand mehr ein.
Am 20. März 1549 fiel Thomas Seymours Haupt auf dem Tower Hill, wie es das von Historic Royal Palaces bestätigte Datum festhält. Die kleine Mary, das Kind Catherines und Seymours, lag noch in den Windeln. Ihr Oheim hatte das Band des Blutes öffentlich dem Amt des Protektors untergeordnet; für das Kind bedeutete dieser Entschluss, dass ihm nunmehr beide Elternteile genommen waren.