A los treinta y tres artículos que le presentaron los consejeros del rey, Thomas Seymour no respondió en un primer momento. Se invocó su lealtad; terminó por contestar a los tres primeros, pero se negó a firmar. Tras aquellos pliegos se hallaban su sobrino, el joven Eduardo VI, y su propio hermano, el protector Somerset. El prisionero de la Torre no era un enemigo venido de fuera: pertenecía a la familia que gobernaba.
Thomas Seymour, lord de Sudeley y hermano del duque de Somerset, había desposado a Catalina Parr tras la muerte de Enrique VIII. La reina viuda aportaba a esta unión un rango excepcional y la cercanía de la familia real; Seymour, por su parte, era lord almirante y miembro de una estirpe cuyo primogénito regía en nombre del joven Eduardo VI. Esta proximidad no había protegido al almirante. En la relación de George Borrow, las rivalidades de la casa Seymour acompañan a los cargos de alta traición; el asunto debía resolverse en el Parlamento, sin comparecencia ante un jurado.
La fuente presenta a Anne Stanhope, esposa del duque de Somerset, como una de las personas que atizaron las sospechas entre los hermanos. Habría persuadido a su marido de que el almirante conspiraba contra su vida; el conde de Warwick habría alentado esta discordia, complacido al ver desacreditado al protector. Tales intenciones son interpretaciones de Borrow, cuyo tono toma partido. Lo que el relato constata es que Thomas fue arrestado el 16 de enero de 1549 y encerrado en la Torre. Cuatro meses antes, había perdido a Catalina Parr. Su hija Mary había nacido el 30 de agosto de 1548; seis días más tarde, la reina viuda moría de fiebre puerperal, según la cronología admitida por Historic Royal Palaces. Fue sepultada en la capilla de Sudeley. Cuando las puertas de la Torre se cerraron tras Seymour, la criatura que acababa de perder a su madre aún no tenía cinco meses.
El expediente contenía treinta y tres artículos por alta traición y otros crímenes. Entre ellos, se le reprochaba haber declarado que provocaría «el parlamento más negro» jamás visto en Inglaterra, haber pretendido casarse con la princesa Isabel y haber persistido en ese empeño después de que el Consejo se lo prohibiera. Los artículos vinculaban esta ambición matrimonial con la sucesión: una alianza con una heredera real habría podido alterar el equilibrio en torno al joven monarca. Asimismo, se le recriminaba haberse casado en secreto con Catalina y, sin revelar esta unión, haber obtenido del rey una carta apremiando a la reina viuda a desposarlo, recabando también la intervención del protector. Añadían que, si Catalina hubiese concebido poco después de la muerte de Enrique VIII, la criatura habría podido tenerse por vástago del difunto rey o de Seymour, a riesgo de perturbar la sucesión. Borrow refiere esta sospecha como un agravio de la acusación, no como una conclusión probada.
Una de las imputaciones más graves sugería que Seymour había envenenado a Catalina para poder desposar a Isabel; Borrow no aporta pruebas que acrediten dicho homicidio. Los artículos añadían preparativos de hombres y caudales, tentativas de influir en el monarca y un violento designio de apoderarse del poder. Describían una progresión: Seymour habría debido primero persuadir a Eduardo de deponer al gobierno establecido para confiarle a él la administración; más tarde, una fuerza reunida por mar y por tierra le habría permitido aspirar a la corona. Esta es la articulación de los cargos tal como la reproduce Borrow, no un plan corroborado.
Las tres respuestas sin firmar no detuvieron el curso del procedimiento. Borrow menciona su existencia sin divulgar su contenido. El Consejo acudió ante el joven rey. El canciller expuso el caso y, a continuación, cada uno de los consejeros tomó la palabra. El protector, hermano del acusado, manifestó que la noticia le causaba un hondo dolor, pero que debía anteponer la seguridad del rey a los vínculos de sangre. Si él mismo fuese culpable de semejantes crímenes, añadió, no se juzgaría digno de vivir. Eduardo VI respondió que advertía graves cargos y que le parecía razonable que el Consejo administrara la justicia solicitada. Borrow consigna que los consejeros se lo agradecieron de inmediato.
El Parlamento se hallaba reunido y los pares optaron por un bill of attainder, una condena por acto legislativo. Las lecturas de los lores concluyeron entre el 25 y el 27 de febrero. Con la anuencia de sus pares, el protector solicitó retirarse «por natural compasión», según la anotación del consejo. Su retirada no impidió el asentimiento de los demás pares. Aquel mismo día, los lores enviaron a los Comunes al canciller del registro, sir James Hales, y al sargento Molineux. Les inquirieron si adoptarían el procedimiento seguido por la cámara alta; de ser así, los nobles que habían testificado contra el almirante acudirían a deponer en persona, de viva voz. Los Comunes respondieron que examinarían la cuestión y harían saber con presteza su determinación. Al no llegar respuesta, los emisarios fueron enviados de nuevo el 2 de marzo, esta vez con el sargento Hale, procurador del rey. Los diputados decidieron entonces hacer llegar su respuesta al Consejo por medio del presidente y de varios de sus miembros: deseaban oír debidamente las pruebas y a los testigos. Los lores aplazaron la sesión, encargaron al protector que expusiera la réplica en la siguiente reunión y, acto seguido, prosiguieron la causa mediante el bill.
Tras el attainder, el 17 de marzo, el canciller y los consejeros se reunieron con el rey en Westminster. Escucharon el informe del obispo de Ely, enviado junto a otros ante el recluso para instruirlo y confortarlo. El Consejo fijó la ejecución para el miércoles siguiente, entre las nueve de la mañana y el mediodía, en Tower Hill, y ordenó que su cuerpo y su cabeza fuesen sepultados en la Torre. El prelado debía regresar junto a él para prepararlo a «padecer la justicia» con paciencia, según la fórmula conservada por Borrow. La sentencia adoptaba ya la forma precisa de una hora y un lugar. Al pie de esta orden, Borrow reproduce una nómina de nombres: el canciller Rich, Warwick, Paget y los demás consejeros. Somerset figura también entre ellos. Quien había pedido apartarse en el momento de la aprobación de los pares se hallaba ahora entre los firmantes de la ejecución. El obispo de Ely recibió entonces un segundo cometido: comunicar al condenado la resolución recién adoptada y prepararlo para la muerte. Ya no volvía para recabar respuesta alguna a los artículos.
El 20 de marzo de 1549, Thomas Seymour fue decapitado en Tower Hill, según la fecha confirmada por Historic Royal Palaces. La pequeña Mary, hija de Catalina y de Seymour, era aún un lactante. Su tío había subordinado públicamente el vínculo fraterno a su dignidad de protector; para la niña, aquella decisión dejaba ya a ambos progenitores muertos.