Le 7 novembre 1683, Algernon Sidney demanda d’abord à voir l’acte qui pouvait lui coûter la vie. La réponse du tribunal fut non. À la barre, le colonel venait d’entendre une accusation qui rassemblait plusieurs actes : vouloir la mort de Charles II, préparer une insurrection, solliciter des appuis en Écosse et écrire que le peuple pouvait reprendre le pouvoir délégué au roi. Sidney protesta que ces chefs n’étaient pas identiques et qu’il ne pouvait répondre à un acte qu’on ne lui montrait pas. Le juge George Jeffreys lui ordonna de plaider ou de faire une exception juridique. Sidney demanda conseil et un délai. Après ces échanges, il finit par plaider « non coupable ». La cour fixa le procès deux semaines plus tard.
Le 21 novembre, lorsqu’il revint, Sidney avait recopié un texte de loi et demandait encore une copie de l’acte d’accusation. Il soutenait que la loi lui en donnait le droit; les juges répondirent que non. Il demanda aussi des avocats, mais le tribunal n’en accordait qu’à celui qui formulait d’abord un point de droit que les juges jugeaient digne d’être débattu. Le procès s’ouvrait donc sur une dispute de procédure : Sidney affirmait ne pas avoir les éléments nécessaires pour se défendre, tandis que Jeffreys présentait ces restrictions comme les règles ordinaires applicables à un accusé de trahison.
Le récit de la poursuite commença par des hommes qui avaient parlé d’un soulèvement, mais qui ne désignaient pas tous Sidney par connaissance directe. Rumsey raconta ce qu’il avait entendu de West et de Goodenough : un petit conseil aurait réuni le duc de Monmouth, le comte d’Essex, Lord Howard, le colonel Sidney, Hampden et Lord Russell. Il savait que d’autres parlaient de l’Écosse, mais dut reconnaître que, sur ces échanges précis, West en savait davantage que lui. Keeling dit que Goodenough lui avait remis des papiers destinés à organiser des hommes et qu’il avait entendu le nom de Sidney associé à l’entreprise; il précisa pourtant qu’il ne connaissait pas le colonel.
La pièce maîtresse de l’accusation fut le témoignage de Lord Howard, l’un des hommes qu’il plaçait au cœur du projet. Il raconta qu’au milieu de janvier, après l’échec d’une entreprise antérieure, Monmouth, Sidney et lui auraient convenu de former un conseil restreint. Monmouth devait s’adresser à Lord Russell et à Salisbury; Sidney, à Essex et à Hampden. Howard dit avoir assisté à une réunion chez Hampden, puis à une autre chez Lord Russell, où l’on discuta de la manière de rapprocher les opposants anglais de partisans écossais. Il ne put fixer les dates exactes; il se souvenait de la période, des personnes présentes et des sujets débattus.
Selon Howard, Sidney aurait proposé Aaron Smith comme messager et se serait chargé de l’envoyer. Howard affirma l’avoir vu sortir environ soixante guinées en disant qu’elles étaient destinées à Smith. Mais il ne savait pas s’il les lui avait remises. Pour le voyage en Écosse, Howard disait tenir une partie de ses renseignements de Sidney lui-même, qui lui aurait ensuite rapporté que Smith était allé jusqu’aux environs de Newcastle. La poursuite ajouta que plusieurs Écossais — Sir John Cockram, les Campbell et le commissaire Monro — étaient venus à Londres sous couvert d’affaires liées à la Caroline. Certains se seraient cachés lorsque l’existence du complot fut révélée. Le procureur invoqua leur arrivée et leurs déplacements comme indices à l’appui de l’accusation.
Une seconde branche de l’accusation partait d’un bureau. À la fin de juin, Sir Philip Lloyd, muni d’un mandat du roi et du Conseil, avait fouillé le domicile de Sidney. Il dit avoir trouvé plusieurs papiers sur une table, dans la pièce où le colonel écrivait d’ordinaire. Lloyd proposa à Sidney d’y apposer son sceau pour empêcher une substitution; Sidney refusa. L’officier scella alors le coffre lui-même et le fit porter au secrétariat. Au procès, il identifia parmi ces feuilles un manuscrit politique.
Trois hommes furent appelés à reconnaître l’écriture. Sheppard avait vu Sidney écrire des endossements sur des lettres de change. Carey et Cooke n’avaient pas observé la rédaction de ce manuscrit : ils comparaient les feuilles à des signatures et endossements qu’ils connaissaient. Tous estimaient l’écriture semblable à celle de Sidney. Le procureur fit lire de longs passages où l’auteur discutait du pouvoir du peuple, des limites imposées au roi et du droit de résistance. Pour l’accusation, ce texte donnait un sens au projet de soulèvement décrit par Howard. Pour Sidney, l’écriture n’était pas prouvée et la présence de pages dans son bureau ne démontrait ni leur date ni leur destination.
Sidney attaqua ensuite le lien entre les témoignages. Il rappela que Howard était le seul à décrire sa participation aux réunions. Les autres dépositions, disait-il, avaient porté sur une organisation générale, ou rapportaient des propos tenus par des tiers. La loi exigeait, selon lui, deux témoins pour établir un même acte de trahison; on ne pouvait additionner une réunion alléguée et un manuscrit de date inconnue pour fabriquer la preuve d’un même dessein. Il contesta aussi la thèse selon laquelle une opinion écrite sur la déposition d’un roi équivalait à préparer son meurtre.
La défense fit comparaître plusieurs personnes pour fragiliser la parole de Howard. Lord Anglesey rapporta qu’avant de témoigner contre Sidney, Howard avait assuré au père de Lord Russell que son fils était vertueux, qu’il ne le croyait mêlé à aucun complot et qu’il ne connaissait pas de projet meurtrier. Lord Clare dit l’avoir entendu louer l’innocence de Sidney. Philip Howard raconta que son parent avait d’abord tenu l’histoire du complot pour impossible ou fabriquée. Le docteur Burnet affirma que, le lendemain de la révélation, Howard avait levé les mains vers le ciel en jurant qu’il ignorait tout et jugeait l’affaire ridicule. Ces témoignages plaçaient donc côte à côte le récit du procès et les dénégations antérieures de Howard.
Après la dernière intervention du solliciteur général, Jeffreys prit la parole au nom de la cour. Il exposa aux jurés le droit qu’il estimait applicable, reprit les éléments de l’accusation, puis examina les objections de Sidney et la crédibilité de Howard. Les dénégations antérieures de ce témoin ne lui paraissaient pas détruire sa déposition : un homme compromis pouvait avoir commencé par dissimuler ce qu’il savait. Quant au manuscrit, le juge le rapprochait du projet d’insurrection décrit dans les témoignages. Les principes politiques attribués à Sidney devenaient, dans ce raisonnement, une confirmation du dessein poursuivi lors des réunions. Jeffreys termina en laissant aux jurés le soin de décider s’ils croyaient l’accusation établie. Avant leur retrait, Withins ajouta que, sans la révélation de Keeling, Dieu savait s’ils seraient encore en vie. Les jurés se retirèrent; environ une demi-heure plus tard, ils revinrent et déclarèrent Sidney coupable.
Le 26 novembre, Sidney fut amené pour entendre sa sentence. Il contesta encore la composition du jury et demanda qu’on lui laisse présenter ses objections. La cour lui répondit qu’il aurait dû les faire avant que les jurés soient assermentés. La condamnation prévue pour la haute trahison était la pendaison, la mutilation et le démembrement. Sidney répondit par une prière : si son sang innocent devait être vengé, dit-il, que la responsabilité retombe sur ceux qui l’avaient poursuivi. Le roi remit toutes les peines sauf la décapitation. Borrow rapporte que Sidney fut conduit sur un échafaud à Tower Hill et décapité.