1683年11月7日，阿尔杰农·西德尼首先要求过目足以夺其性命之起诉状。法庭断然拒绝。被告席上的这位上校方才听罢数罪并举的控词：图谋查理二世之性命、策动叛乱、向苏格兰谋求奥援，并著文宣称民众得收回托付于国王之权力。西德尼抗辩称，此数项罪名绝非一事，且案由既未宣示于己，自无从答辩。首席法官乔治·杰弗里斯勒令其明确认罪与否，或正式提出法律异议。西德尼请求延期并寻求律师襄助。几经争辩，他最终只得答以“无罪”。法庭遂定于两周后开庭鞫讯。
11月21日再度出庭时，西德尼抄录了一纸成文法条，仍旧恳请核发起诉状抄件。他坚称法度赋其此权；众法官则坚称绝无此理。他又恳请聘请辩护律师，然而法庭有例在先：唯有被告先行提出经法官认定确有研讨价值之法律争议点，方准律师介入。审判遂在诉讼程序之龃龉中揭开帷幕：西德尼坚称己身缺乏自卫之必要卷宗，杰弗里斯则斥之为大逆罪审理中之通行常规。
检方之陈述始于数名曾论及叛乱之人，然此辈非皆亲见西德尼其人。拉姆齐转述得自韦斯特与古迪纳夫之风闻：称曾有一密谋小集团纠集蒙茅斯公爵、埃塞克斯伯爵、霍华德勋爵、西德尼上校、汉普登及罗素勋爵。他固知有人论及苏格兰事宜，却亦不得不承认，对此等密谋之内情，韦斯特知之甚详于己。基林则供称，古迪纳夫曾授其统合人手之文书，且耳闻西德尼之名牵涉其中；但他明确说明，自己素不相识上校。
检方之核心杀手锏，乃霍华德勋爵之证供，此人自陈位列密谋之中枢。据其供称，1月中旬，在前次图谋受挫之后，蒙茅斯、西德尼与他三人合意设立一核心评议会。蒙茅斯负责延揽罗素勋爵与索尔兹伯里；西德尼则负责联络埃塞克斯与汉普登。霍华德自称曾参与汉普登邸之聚会，随后又赴罗素勋爵宅邸，密议如何促成英格兰反对派与苏格兰党人合流。他无从指正确切日期，仅依稀记得时节、在场人等及所议之事。
按霍华德之辞，系西德尼提议以亚伦·史密斯为信使，并自任差遣之职。霍华德断言曾见其取出约六十枚畿尼金币，言明充作史密斯之资用。但他终究不知金币是否确已交割。至于苏格兰之行，霍华德称部分消息源自西德尼亲口所言，据称西德尼随后告知史密斯已抵纽卡斯尔邻近一带。检方复补充称，数名苏格兰人——约翰·科克伦爵士、坎贝尔家族成员及门罗专员——曾假借卡罗莱纳殖民地商贸之名潜至伦敦；密谋败露之时，数人便隐匿无踪。检察官遂以此辈之抵埠行踪作为印证控罪之蛛丝马迹。
指控之另一支脉源于一间书房。6月下旬，菲利普·劳埃德爵士奉国王与枢密院之手令搜查西德尼宅第。他声称在西德尼平日著述之书房案几上搜获若干纸卷。劳埃德曾邀西德尼在木箱封缄处加盖私印以防调包，西德尼拂袖拒绝。官差遂自施印缄，移送国务秘书厅。及至庭审，他自这批纸页中指认出一份政论手稿。
法庭传召三人辨识字迹。谢泼德曾目睹西德尼在汇票背后背书签名。凯里与库克并未亲历该手稿之撰写，仅凭涉案纸页与平素所识之签名背书比对勘验。三人皆以为笔迹与西德尼酷肖。公诉人当庭宣读手稿长篇段落，其中畅论民众之主权、君权之边界以及抵抗之合法性。在检方视之，此篇文字恰为霍华德所指控之暴动蓝图提供了理论注脚；在西德尼视之，笔迹既未坐实，且书房留有只字片纸，既不足以证其撰作之年岁，亦不足以明其行世之意图。
西德尼随即直捣证词逻辑之断层。他力陈全案唯有霍华德一人指认其置身密会。其余证词，或言及大体筹划，或辗转贩售他人之口舌。他援引律条辩称，大逆重罪必当二证并立以定一案；断无可将捕风捉影之集会与年月莫辨之残稿混为一谈，拼凑同谋之确据。他复驳斥所谓“纸上论及废立君权即同等于谋逆弑君”之苛论。
辩方随后传召数名要人，以撼动霍华德供词之信誉。安格尔西勋爵出庭证实，霍华德在转为污点证人之前，曾向罗素勋爵之父信誓旦旦，赞其子品德端方，断非党附阴谋之流，亦不知晓弑君之妄动。克莱尔勋爵亦称曾闻霍华德力陈西德尼清白无辜。菲利普·霍华德则言及其族兄起初断言阴谋之说绝无可能，纯属捏造。伯内特博士指证，密谋揭晓次日，霍华德曾举手向天起誓，称己身一无所知，斥全案滑稽之至。辩方由此将公堂指控与霍华德昔日之矢口否认并置案前。
在副检察长作结案陈词之后，杰弗里斯代表法庭开示法则。他向陪审团阐明其自认适格之法理，提纲挈领铺陈检方控据，旋即批驳西德尼之抗辩并评骘霍华德之信誉。在他看来，证人此前之矢口否认不足以推翻今日之供词：盖利害牵涉之人，初时隐匿实情乃人之常情。至于手稿，法官将其紧密附会于证词所涉之起事密谋。依此逻辑，归于西德尼名下之政治主张，俨然成为密会图谋之文字铁证。杰弗里斯终将裁决大权付诸陪审团，由其定夺指控是否坐实。陪审团退席之前，威辛斯法官更添一句：若非基林告密，天晓得吾辈今日安在。陪审团退庭；约半小时后折返，宣告西德尼罪名成立。
11月26日，西德尼被押解上堂听取判决。他再度就陪审团之遴选提出异议，力求陈词辩驳。法庭驳回称，异议理应在陪审员宣誓就职之前提出。依律大逆罪当处绞刑、剖腹、肢解之极刑。西德尼以祈祷答之：倘若己身之无辜鲜血必待昭雪，愿此罪责尽归构陷之徒。国王下诏宽宥其他酷刑，改施斩首。据鲍罗记载，西德尼最终被押赴塔山刑场，引颈受戮。