El 7 de noviembre de 1683, Algernon Sidney solicitó en primer término ver el acta que podía costarle la vida. La respuesta del tribunal fue taxativa: no. En el estrado, el coronel acababa de escuchar un pliego de cargos que aglutinaba diversos hechos: pretender la muerte de Carlos II, urdir una insurrección, recabar apoyos en Escocia y haber plasmado por escrito que el pueblo gozaba de la potestad de revocar el poder delegado en el rey. Sidney arguyó que tales extremos no eran idénticos y que mal podía responder ante un documento que no se le exhibía. El juez George Jeffreys le conminó a declararse culpable o inocente, o a formular una excepción jurídica. Sidney recabó asistencia letrada y un aplazamiento. Tras este cruce dialéctico, acabó consignando su declaración de «no culpable». El tribunal fijó la vista para dos semanas después.
El 21 de noviembre, al reanudarse las sesiones, Sidney se personó con un texto legal transcrito de su mano y reiteró la solicitud de una copia del auto de procesamiento. Sostenía que la ley amparaba su derecho; los magistrados resolvieron lo contrario. Impetró asimismo letrados defensores, pero el tribunal solo los concedía a aquel litigante que articulara previamente una cuestión de derecho que los jueces considerasen digna de consideración. El juicio comenzó, pues, con una contienda procesal: Sidney aseveraba hallarse desprovisto de los elementos indispensables para su defensa, al tiempo que Jeffreys presentaba tales restricciones como las reglas ordinarias aplicables a cualquier reo de traición.
La relación de la acusación principió con deponentes que habían oído hablar de un alzamiento, mas ninguno de los cuales incriminaba a Sidney por conocimiento directo. Rumsey dio cuenta de cuanto había escuchado de boca de West y de Goodenough: un sanedrín conspirativo habría congregado al duque de Monmouth, al conde de Essex, a Lord Howard, al coronel Sidney, a Hampden y a Lord Russell. Constataba que otros aludían a Escocia, si bien hubo de admitir que, sobre aquellas pláticas concretas, West poseía mejores noticias que él. Keeling declaró que Goodenough le había hecho entrega de ciertos papeles destinados a movilizar partidarios y que oyó asociar el nombre de Sidney a la empresa; puntualizó, no obstante, que no conocía en persona al coronel.
La piedra angular del ministerio fiscal fue el testimonio de Lord Howard, a quien la acusación situaba en el corazón de la trama. Relató que a mediados de enero, tras el fracaso de una tentativa previa, Monmouth, Sidney y él habrían resuelto erigir una junta reducida. Correspondía a Monmouth contactar con Lord Russell y con Salisbury; a Sidney, con Essex y Hampden. Howard afirmó haber concurrido a una reunión en casa de Hampden, y ulteriormente a otra en la morada de Lord Russell, donde se debatió el modo de acercar a la disidencia inglesa con partidarios escoceses. Incapaz de precisar las fechas exactas, recordaba el período, los asistentes y las materias tratadas.
A juicio de Howard, Sidney habría sugerido a Aaron Smith como enlace, asumiendo el cometido de despacharlo. Howard aseveró haberle visto sacar unas sesenta guineas asegurando que estaban destinadas a Smith, aunque ignoraba si llegó a entregárselas. Respecto a la misión en Escocia, Howard dijo haber obtenido parte de sus noticias del propio Sidney, quien le habría participado más tarde que Smith había alcanzado los aledaños de Newcastle. La fiscalía añadió que varios escoceses —Sir John Cockram, los Campbell y el comisario Monro— habían recalado en Londres con el pretexto de negocios vinculados a las Carolinas. Algunos de ellos se habrían ocultado al divulgarse la existencia de la conjura. El fiscal esgrimió su llegada y sus desplazamientos como indicios de cargo.
Un segundo pilar de la acusación procedía de un escritorio. A finales de junio, Sir Philip Lloyd, provisto de una orden emanada del rey y del Consejo, procedió al registro del domicilio de Sidney. Declaró haber hallado diversos papeles sobre una mesa, en el aposento donde el coronel solía escribir. Lloyd propuso a Sidney estampar su sello sobre el legajo para conjurar cualquier suplantación; Sidney rehusó. El oficial selló entonces el cofre de su propia mano y dispuso su traslado a la secretaría ministerial. En el juicio, identificó entre aquellos folios un manuscrito político.
Tres personas comparecieron para cotejar la caligrafía. Sheppard había visto rubricar a Sidney endosos de letras de cambio. Carey y Cooke no habían presenciado la redacción del manuscrito: cotejaban las hojas con firmas y endosos que les eran familiares. Todos juzgaron que la letra guardaba semejanza con la de Sidney. El fiscal dispuso la lectura pública de extensos pasajes donde el autor disertaba sobre el poder del pueblo, los límites impuestos a la corona y el derecho de resistencia. A ojos de la acusación, este texto dotaba de sentido doctrinal al proyecto insurreccional narrado por Howard. Para Sidney, la autoría material no estaba acreditada, y el hallazgo de páginas sueltas en su despacho no demostraba ni su fecha ni su destino.
Sidney arremetió a continuación contra la trabazón de los testimonios. Recordó que Howard era el único en atribuirle una participación directa en las reuniones. Las restantes declaraciones, argüía, concernían a una conjura general o transmitían decires de terceros. La ley prescribía, a su juicio, la concurrencia de dos testigos contestes para dar por probado un mismo acto de traición; no cabía amalgamar una presunta junta secreta y un manuscrito de fecha incierta para fabricar la prueba de un designio unívoco. Impugnó asimismo la tesis según la cual una disertación teórica acerca de la deposición de un monarca equivalía a maquinar su asesinato.
La defensa citó a varios testigos con el fin de socavar la veracidad de Howard. Lord Anglesey testificó que, con anterioridad a sus declaraciones contra Sidney, Howard había asegurado al padre de Lord Russell que su hijo era hombre virtuoso, ajeno por completo a todo complot y desconocedor de designio homicida alguno. Lord Clare declaró haberle escuchado ponderar la inocencia de Sidney. Philip Howard refirió que su pariente había reputado inicialmente la historia de la trama como quimérica o urdida. El doctor Burnet testificó que, al día siguiente de desvelarse el complot, Howard alzó los brazos al cielo jurando bajo juramento que nada sabía y que el asunto le antojaba ridículo. Estas deposiciones enfrentaban abiertamente el testimonio vertido en estrados con los desmentidos precedentes de Howard.
Tras la última intervención del procurador general, Jeffreys tomó la palabra en nombre del tribunal. Instruyó al jurado sobre el derecho que reputaba de aplicación, recapituló las pruebas de cargo y analizó las objeciones de Sidney y la credibilidad de Howard. A su entender, las retractaciones anteriores del testigo no invalidaban su deposición: un hombre comprometido bien pudo haber comenzado por disimular cuanto sabía. En cuanto al manuscrito, el magistrado lo enlazó con el plan sedicioso descrito por los testigos. Los postulados políticos imputados a Sidney se erigían, en este razonamiento, en la confirmación del designio perseguido en las asambleas. Jeffreys concluyó confiando al arbitrio de los jurados la resolución de si juzgaban probada la acusación. Antes de que se retiraran a deliberar, Withins apostilló que, de no mediar la delación de Keeling, solo Dios sabía si aún continuarían con vida. El jurado abandonó la sala; al cabo de media hora escasa, regresó con un veredicto de culpabilidad.
El 26 de noviembre, Sidney fue conducido de nuevo para escuchar la sentencia. Impugnó una vez más la composición del jurado e impetró que se le permitiese exponer sus tachas. La corte le replicó que debió formularlas antes de la juramentación de los miembros del tribunal legilamento. La condena prescrita para el delito de alta traición comprendía la horca, la evisceración y el descuartizamiento. Sidney respondió con una plegaria: de tener que ser vengada su sangre inocente, dijo, recayera la culpa sobre quienes lo habían perseguido. El monarca conmutó todas las penas por la decapitación. Borrow refiere que Sidney fue conducido a un cadalso erigido en Tower Hill y decapitado.