Am 7. November 1683 verlangte Algernon Sidney zuvörderst Einsicht in jene Schrift, die ihn das Leben kosten konnte. Die Erwiderung des Gerichts war ein Nein. An den Schranken hatte der Oberst soeben eine Anklageschrift vernommen, die mehrere Handlungen miteinander verband: das Trachten nach dem Tode Karls II., die Rüstung zum Aufstand, das Werben um Beistand in Schottland sowie die schriftliche Behauptung, das Volk dürfe die an den König übertragene Gewalt wieder an sich reißen. Sidney wandte ein, diese Punkte seien keineswegs gleichartig, und er könne sich nicht zu einer Urkunde einlassen, die man ihm vorenthalte. Richter George Jeffreys hieß ihn, sich entweder förmlich für schuldig oder nicht schuldig zu bekennen oder aber eine Rechtseinrede zu erheben. Sidney bat um Rechtsbeistand und um Aufschub. Nach einigem Wortwechsel plädierte er schließlich auf „nicht schuldig“. Der Gerichtshof bestimmte den Beginn der Verhandlung auf zwei Wochen später.
Als Sidney am 21. November erneut vorgeführt wurde, hatte er eigenhändig eine Gesetzesstelle abgeschrieben und forderte abermals eine Abschrift der Anklageschrift ein. Er hielt daran fest, dass das Gesetz ihm dies zugestehe; die Richter jedoch verneinten dies. Auch bat er um Verteidiger, doch gewährte das Gericht solchen Beistand nur jenem, der zuvor eine Rechtsfrage aufwarf, welche die Richter für verhandlungswürdig erachteten. So hub der Prozess mit einem Streit über das Verfahren an: Sidney beteuerte, ihm fehlten die unerlässlichen Mittel zur Verteidigung, wogegen Jeffreys diese Beschränkungen als die gewöhnliche Ordnung darstellte, welcher jeder des Hochverrats Angeklagte unterliege.
Der Vortrag der Anklage begann mit Männern, die von einer Erhebung gesprochen hatten, Sidney jedoch nicht allesamt aus eigener Anschauung benennen konnten. Rumsey berichtete, was er von West und Goodenough vernommen haben wollte: Ein enger Rat habe den Herzog von Monmouth, den Grafen von Essex, Lord Howard, Oberst Sidney, Hampden und Lord Russell vereint. Er wusste wohl, dass andere über Schottland sprachen, musste indessen einräumen, dass West über diese besonderen Unterredungen genauer unterrichtet gewesen sei als er selbst. Keeling sagte aus, Goodenough habe ihm Papiere zur Aushebung von Mannschaften übergeben, und er habe Sidneys Namen im Zusammenhang mit dem Unternehmen nennen hören; gleichwohl stellte er klar, dass er den Oberst gar nicht kenne.
Das Kernstück der Anklage bildete das Zeugnis von Lord Howard, einem jener Männer, die er selbst ins Herz des Vorhabens rückte. Er trug vor, Mitte Januar, nach dem Scheitern einer früheren Unternehmung, seien Monmouth, Sidney und er übereingekommen, einen geheimen Rat zu bilden. Monmouth sollte an Lord Russell und Salisbury herantreten, Sidney an Essex und Hampden. Howard gab an, einer Zusammenkunft bei Hampden und hernach einer weiteren im Hause von Lord Russell beigewohnt zu haben, wo darüber beraten worden sei, wie die englischen Widersacher mit den schottischen Parteigängern zusammenzuführen wären. Die genauen Tage vermochte er nicht zu bestimmen; wohl aber erinnerte er den Zeitraum, die anwesenden Personen und die verhandelten Gegenstände.
Laut Howard habe Sidney Aaron Smith als Boten vorgeschlagen und es übernommen, diesen abzufertigen. Howard behauptete, gesehen zu haben, wie Sidney an die sechzig Guineen hervorgezogen und erklärt habe, sie seien für Smith bestimmt. Ob er sie ihm indessen tatsächlich aushändigte, wusste er nicht zu sagen. Was die Reise nach Schottland betraf, so gab Howard an, einen Teil seiner Kunde von Sidney selbst empfangen zu haben, der ihm später berichtet habe, Smith sei bis in die Gegend von Newcastle gelangt. Die Anklagebehörde fügte hinzu, mehrere Schotten — Sir John Cockram, die Campbells sowie Kommissar Monro — seien unter dem Vorwand von Geschäften, die Carolina beträfen, nach London gekommen. Einige von ihnen hätten sich verborgen gehalten, als die Verschwörung ruchbar geworden sei. Der Kronanwalt führte ihre Ankunft und ihr Umherziehen als Indizien zur Stützung der Beschuldigung an.
Ein zweiter Strang der Anklage nahm seinen Ausgang an einem Schreibtisch. Ende Juni hatte Sir Philip Lloyd, versehen mit einem Befehl des Königs und des Geheimen Rates, Sidneys Wohnstatt durchsucht. Er berichtete, er habe etliche Papiere auf einem Tisch vorgefunden, in jenem Gemach, worin der Oberst für gewöhnlich zu schreiben pflegte. Lloyd bot Sidney an, sein Siegel darauf zu drücken, um einer Verwechslung oder Unterschiebung vorzubeugen; Sidney schlug dies aus. Daraufhin versiegelte der Beamte das Behältnis eigenhändig und ließ es in die Kanzlei schaffen. Bei der Verhandlung erkannte er unter diesen Blättern ein politisches Manuskript wieder.
Drei Männer wurden aufgerufen, um den Schriftzug wiederzuerkennen. Sheppard hatte gesehen, wie Sidney Indossamente auf Wechselbriefe gesetzt hatte. Carey und Cooke hatten der Niederschrift des Manuskripts nicht beigewohnt; sie verglichen die Blätter lediglich mit Unterschriften und Vermerken, die ihnen geläufig waren. Alle drei erachteten den Schriftzug demjenigen Sidneys für ähnlich. Der Kronanwalt ließ längere Abschnitte verlesen, worin der Verfasser die Gewalt des Volkes, die dem Könige gesetzten Schranken und das Recht zum Widerstand erörterte. Für die Anklage verlieh dieser Text dem von Howard geschilderten Aufstandsplan erst seinen eigentlichen Sinn. Für Sidney hingegen war die Echtheit der Handschrift keineswegs erwiesen, und das bloße Auffinden der Seiten in seiner Schreibstube belege weder deren Abfassungszeit noch deren Bestimmung.
Sodann griff Sidney den inneren Zusammenhang der Zeugenaussagen an. Er rief in Erinnerung, dass einzig Howard seine Teilnahme an den Zusammenkünften bezeuge. Die übrigen Aussagen hätten lediglich eine allgemeine Verabredung betroffen oder gäben Äußerungen Dritter wieder. Das Gesetz verlange zur Feststellung ein und derselben Verratshandlung unweigerlich zwei Zeugen; man könne nicht eine bloß behauptete Zusammenkunft und ein undatiertes Manuskript zusammenfügen, um daraus den Beweis für ein einheitliches Vorhaben zu zimmern. Ebenso trat er der Behauptung entgegen, ein schriftlich niedergelegter Gedanke über die Absetzung eines Königs sei der Vorbereitung seines Mordes gleichzusetzen.
Die Verteidigung ließ mehrere Zeugen vorladen, um Howards Glaubwürdigkeit zu erschüttern. Lord Anglesey bekundete, Howard habe noch vor seinem Zeugnis gegen Sidney dem Vater von Lord Russell versichert, dessen Sohn sei tugendhaft, er halte ihn in keinerlei Komplott verstrickt und wisse von keinem mörderischen Plan. Lord Clare sagte aus, er habe ihn Sidneys Unschuld preisen hören. Philip Howard gab an, sein Verwandter habe die Mär von der Verschwörung anfänglich für undenkbar oder schlicht erfunden gehalten. Doktor Burnet bezeugte, Howard habe tags nach dem Bekanntwerden die Hände gen Himmel erhoben und geschworen, er wisse von alledem nichts und halte den ganzen Handel für lächerlich. Diese Bekundungen stellten die vor Gericht getätigte Aussage und Howards vormalige Beteuerungen in einen scharfen Widerspruch zueinander.
Nach dem Schlusswort des Generalanwalts ergriff Jeffreys im Namen des Gerichts das Wort. Er legte den Geschworenen das Recht dar, das er für maßgeblich erachtete, fasste die Belastungsmomente zusammen und prüfte die Einwände Sidneys sowie die Glaubwürdigkeit Howards. Dessen frühere Leugnungen schienen ihm das spätere Zeugnis nicht zu entwerten: Ein selbst verstrickter Mann habe anfänglich wohl verheimlichen mögen, was er wusste. Das Manuskript rückte der Richter an die in den Zeugenaussagen beschriebene Erhebung heran. Die Sidney zugeschriebenen politischen Grundsätze wurden in dieser Gedankenführung zur Bestätigung jenes Vorsatzes, den man bei den geheimen Räten verfolgt habe. Jeffreys schloss damit, dass er es den Geschworenen anheimstellte, ob sie die Anklage für erwiesen hielten. Ehe sie sich zurückzogen, fügte Richter Withins an, ohne Keelings Enthüllung wisse allein Gott, ob sie alle überhaupt noch am Leben wären. Die Geschworenen traten ab; etwa eine halbe Stunde später kehrten sie zurück und sprachen Sidney schuldig.
Am 26. November ward Sidney abermals vorgeführt, um sein Urteil zu vernehmen. Er rügte aufs Neue die Besetzung der Geschworenenbank und bat darum, seine Bedenken vortragen zu dürfen. Der Gerichtshof beschied ihn, er hätte derlei vor der Vereidigung der Geschworenen vorbringen müssen. Die für Hochverrat vorgesehene Strafe war das Hängen, Ausweiden und Vierteilen. Sidney erwiderte mit einem Gebet: Wenn sein unschuldiges Blut gerächt werden solle, so möge die Schuld auf jene zurückfallen, die ihn verfolgt hätten. Der König erließ alle Strafen mit Ausnahme der Enthauptung. Borrow berichtet, Sidney sei auf ein Schafott auf dem Tower Hill geführt und dort enthauptet worden.