El 22 de diciembre de 1588, Enrique de Guisa encontró bajo su servilleta una nota que le advertía del peligro. Escribió debajo que el rey no se atrevería a atacarlo. A la mañana siguiente, el duque entró en el castillo de Blois para asistir a un consejo donde, según el relato de Chateaubriand, hombres armados aguardaban tras una puerta.
Desde la apertura de los Estados Generales en Blois, Enrique III y Enrique de Guisa se disputaban la dirección del reino. Guisa era el jefe de la Liga y había alcanzado un poder que el monarca consideraba amenazante. Chateaubriand le atribuye diversos designios: renunciar a su cargo de teniente general, obtener de los Estados la espada de condestable y adueñarse a continuación de las fuerzas del reino; en otro pasaje del capítulo, el cardenal de Guisa imagina que el rey sería depuesto y recluido mientras su hermano se ceñía la corona. El propio autor reconoce que los planes mudaban con frecuencia. No ofrece un programa único acordado por todas las facciones, sino que muestra ambiciones rivales en torno al trono.
El rey, por su parte, preparaba la ejecución extrajudicial del duque. En un consejo privado, Enrique III habría declarado que no podía obtener justicia ordinaria contra un hombre lo bastante poderoso como para someter a juicio a sus propios jueces. Chateaubriand, citando a Pasquier, refiere que uno o dos consejeros propusieron el encarcelamiento y un proceso en debida regla. Los demás consideraron que, ante un crimen de lesa majestad, el castigo debía preceder al juicio. El soberano optó por esta última solución: la decisión de eliminar a Guisa no pasaría, por tanto, por una vista judicial.
Chateaubriand describe unos preparativos consumados por etapas. Enrique III fingía desear retirarse del mundo y hacía acondicionar celdas para capuchinos sobre su aposento. Asimismo, acostumbraba al cardenal de Guisa a acudir al castillo para discutir sobre el mantenimiento del mariscal de Matignon en su cargo en Guyena. A los ojos del monarca, tales muestras de debilidad habían adormecido el recelo de Guisa. Al mismo tiempo, el rey recibía avisos sobre las maquinaciones atribuidas al cabecilla de la Liga: el duque de Épernon le remitía cartas, y tanto el duque de Mayenne como el de Aumale enviaban noticias mediante emisarios. La crónica consigna también que Enrique III esgrimió estas advertencias en una declaración pública en febrero de 1589.
La reina madre, Catalina de Médici, habría instado personalmente a su hijo a precaverse. El 10 de noviembre, lo mandó llamar para hablarle de cuanto concernía a su vida, su honor y su Estado. Dos hombres presentes en la estancia habrían permanecido a cierta distancia; en el instante en que el rey salía, oyeron que Catalina le encarecía no postergar más la resolución ni dejarse sorprender como le había sucedido en las barricadas de París. La narración sitúa luego a Guisa en la terraza del castillo, agitado durante más de dos horas tras enterarse de aquella entrevista.
El 23 de diciembre no fue la primera fecha prevista para el homicidio. Los consejeros reales habían demorado la ocasión, mientras Guisa, alertado en repetidas ocasiones, titubeaba ante la idea de abandonar Blois. Tres días antes, había preguntado a sus allegados si debía partir hacia Orleans. Sus pareceres diferían: algunos le exhortaban a permanecer para sacar partido de los Estados Generales; otros temían la cólera del rey. Chateaubriand refiere que Mendreville le urgió a sublevarse en fuerza, y atribuye al duque la respuesta de que no huiría, aun cuando la muerte entrase por la ventana. La víspera del asesinato, el duque de Elbeuf le previno de nuevo; Guisa desestimó la advertencia aludiendo con desdén a las amenazas que ya había recibido con anterioridad.
Entretanto, el rey había dispuesto el dispositivo. En la noche del 22, hizo convocar a señores principales, miembros del consejo y a los cuarenta y cinco gentileshombres de su guardia. El capitán de los guardias, Larchant, recibió la orden de situarse al paso del duque, bajo el pretexto de presentarle una súplica relativa a los sueldos de la tropa. Debía después cerrar los accesos, apostando hombres en la escalera y junto a la galería de los Ciervos. Los hombres convocados tomarían luego posición en el aposento regio, el viejo gabinete y los pasadizos, conforme a las órdenes que el rey les impartiría al amanecer.
A las cuatro de la madrugada del 23 de diciembre, Enrique III se levantó y encerró a Duhalde, y luego a los guardias que se presentaban, en las celdas destinadas a los capuchinos. Los consejeros llegaron por un pasadizo estrecho y oblicuo, habilitado a través del aposento del rey; la antigua puerta había sido cegada. El monarca liberó entonces a sus hombres y los hizo regresar en silencio, por temor a despertar a la reina madre, enferma y alojada en el piso inferior. Les expuso el peligro que atribuía a Guisa y les requirió que le sirvieran. Respondieron prestos que estaban dispuestos a matar al duque.
El mariscal de Aumont había vacilado al principio, pues Enrique III había jurado reconciliación al duque pocas semanas antes. Se le persuadió de que Guisa había sido el primero en conculcar aquel compromiso. El rey escogió entonces a ocho gentileshombres armados con puñales y les asignó como jefe a Loignac, que solo portaba espada. Otros hombres, apostados en el viejo gabinete, debían herir al duque a su entrada si lograba burlar a los primeros atacantes. La orden prescribía herir en cuanto el duque pasase de la sala del consejo al viejo gabinete. El rey aguardó en unos aposentos con vistas a los jardines, pero Chateaubriand lo retrata incapaz de estarse quieto y carcomido por la inquietud ante el desenlace de la emboscada.
Guisa dormía aún cuando sus criados lo despertaron hacia las ocho. Se le anunció que el soberano se disponía a partir. En la terraza, Lasalle le suplicó que no prosiguiera. D’Aubencourt le advirtió a su vez. El duque continuó su camino. Larchant le entregó entonces la petición concertada, fingiendo aguardar la paga de unos guardias prestos a volverse contra él. En el consejo, el duque tomó asiento frente a la lumbre. Chateaubriand, recogiendo el testimonio de Pasquier, relata que dijo sentir frío y una punzada en el corazón; brotándole asimismo unas gotas de sangre de la nariz. Los testigos del suceso no vieron en ello un presagio manifiesto.
El rey mandó llamar a Guisa al viejo gabinete. Nambu, ujier de cámara encargado de custodiar el paso, se negó al principio a franquear la entrada al mensajero, hasta que el rey le ordenó abrir. El duque se levantó, tomó su capa y sus guantes, saludó a los miembros del consejo y cruzó la antecámara, donde los guardias se habían alzado para acompañarlo. En el estrecho corredor, se volvió. Montléry el Mayor se abalanzó entonces sobre él y le asestó una puñalada. Otros gentileshombres lo alcanzaron sucesivamente con sus armas. El relato de Chateaubriand recoge que llamaba amigos a sus agresores y que luego imploraba misericordia; tales palabras proceden de las antiguas crónicas con las que el autor hilvana su escena. Pese a las heridas recibidas, el duque habría arrastrado a sus adversarios de un confín a otro de la estancia antes de desplomarse sobre el lecho del rey.
El cardenal de Guisa, retenido en el consejo, oyó los alaridos de su hermano e intentó levantarse. El mariscal de Aumont le ordenó permanecer inmóvil: el rey precisaba de él. El cardenal y el arzobispo de Lyon fueron arrestados acto seguido y confinados en las celdas de los capuchinos, para ser trasladados más tarde a la torre de Moulins. Enrique III entró a contemplar al duque, ya cadáver según la crónica, y le propinó un puntapié en el rostro. Chateaubriand refiere asimismo las palabras que el soberano habría pronunciado ante el cuerpo inerte.
Al día siguiente, 24 de diciembre, el cardenal de Guisa fue ultimado en la torre de Moulins por cuatro hombres que la crónica dice asalariados al efecto. No fue una ejecución decretada por tribunal alguno, sino el segundo asesinato de una operación ejecutada en nombre del rey. Tras ambas muertes, Enrique III hizo detener a varios miembros del linaje y a personas del entorno del duque, entre ellos la duquesa de Nemours, su hijo, el príncipe de Joinville y el arzobispo de Lyon. Otros señores de la Liga huyeron precipitadamente de Blois; las tiendas cerraron sus puertas. Chateaubriand añade que los despojos fueron consumidos y sus cenizas aventadas a las aguas del río.
En Blois, el poder soberano había resuelto que Enrique de Guisa no conocería proceso ni celda; el destino de su hermano, asesinado al día siguiente, no hizo sino consumar aquella determinación.